More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_4768 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011757  Mchl_5235  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 
356 aa  703    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.500344  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5310  Holliday junction DNA helicase RuvB  97.19 
 
 
388 aa  684    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.807584 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4768  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 
356 aa  703    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0731  Holliday junction DNA helicase RuvB  88.18 
 
 
348 aa  608  1e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0751  Holliday junction DNA helicase RuvB  88.41 
 
 
351 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.753333 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1104  Holliday junction DNA helicase RuvB  85.71 
 
 
348 aa  589  1e-167  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.911797  normal  0.299108 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4436  Holliday junction DNA helicase RuvB  88.59 
 
 
344 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3787  Holliday junction DNA helicase RuvB  87.07 
 
 
359 aa  550  1e-155  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32763  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6906  Holliday junction DNA helicase RuvB  78.39 
 
 
348 aa  541  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.745573  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4269  Holliday junction DNA helicase RuvB  77.78 
 
 
348 aa  533  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.812802  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0133  Holliday junction DNA helicase RuvB  77.43 
 
 
350 aa  530  1e-149  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.526371  normal  0.412568 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1638  Holliday junction DNA helicase RuvB  77.81 
 
 
348 aa  526  1e-148  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104926 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1292  Holliday junction DNA helicase RuvB  77.19 
 
 
349 aa  524  1e-147  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4803  Holliday junction DNA helicase RuvB  77.22 
 
 
349 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2637  Holliday junction DNA helicase RuvB  77.01 
 
 
346 aa  518  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4167  Holliday junction DNA helicase RuvB  77.91 
 
 
360 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.165335  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3521  Holliday junction DNA helicase RuvB  77.78 
 
 
347 aa  519  1e-146  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3516  Holliday junction DNA helicase RuvB  75.44 
 
 
346 aa  511  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3221  Holliday junction DNA helicase RuvB  75.44 
 
 
346 aa  512  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3176  Holliday junction DNA helicase RuvB  75.15 
 
 
345 aa  512  1e-144  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3609  Holliday junction DNA helicase RuvB  75.07 
 
 
347 aa  509  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2724  Holliday junction DNA helicase RuvB  78.07 
 
 
348 aa  504  1e-141  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1702  Holliday junction DNA helicase RuvB  74.18 
 
 
346 aa  495  1e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131783  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1645  Holliday junction DNA helicase RuvB  74.18 
 
 
346 aa  495  1e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.919299  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1213  Holliday junction DNA helicase RuvB  74.18 
 
 
346 aa  492  9.999999999999999e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3069  Holliday junction DNA helicase RuvB  74.85 
 
 
343 aa  494  9.999999999999999e-139  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.672447  normal  0.509611 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0149  Holliday junction DNA helicase RuvB  74.92 
 
 
369 aa  492  9.999999999999999e-139  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2117  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.09 
 
 
352 aa  474  1e-133  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.302913  normal  0.384387 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2205  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.64 
 
 
341 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0553  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.64 
 
 
341 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1089  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.96 
 
 
350 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.267927  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2371  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.64 
 
 
339 aa  459  9.999999999999999e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0333  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.94 
 
 
338 aa  458  9.999999999999999e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.693851  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1233  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.35 
 
 
341 aa  457  1e-127  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0423  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.17 
 
 
342 aa  452  1.0000000000000001e-126  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0559678  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1105  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.71 
 
 
357 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0530572  normal  0.598113 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0693  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.17 
 
 
341 aa  447  1.0000000000000001e-124  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.418287  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2138  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.67 
 
 
342 aa  444  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0966  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.97 
 
 
344 aa  439  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2422  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.81 
 
 
352 aa  440  9.999999999999999e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0786  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.37 
 
 
348 aa  431  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756358  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0956  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.67 
 
 
336 aa  421  1e-117  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00553774  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01831  Holliday junction DNA helicase B  64.37 
 
 
336 aa  421  1e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.144977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1780  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.37 
 
 
336 aa  421  1e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000115623  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1772  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.37 
 
 
336 aa  421  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0145511  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01819  hypothetical protein  64.37 
 
 
336 aa  421  1e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2090  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.37 
 
 
336 aa  421  1e-116  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000376613  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.62 
 
 
336 aa  419  1e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00769793  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2211  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.98 
 
 
341 aa  419  1e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00690451 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2362  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.29 
 
 
337 aa  418  1e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00859369  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1326  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.37 
 
 
336 aa  420  1e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0442858  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1953  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.37 
 
 
336 aa  421  1e-116  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.128474  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2719  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.38 
 
 
347 aa  420  1e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2596  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.37 
 
 
336 aa  421  1e-116  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0158351  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3832  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.61 
 
 
351 aa  419  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2557  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.61 
 
 
363 aa  419  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.829542  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2776  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.92 
 
 
334 aa  420  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00115584  normal  0.033156 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0930  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.38 
 
 
337 aa  415  9.999999999999999e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08899e-19 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1889  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.92 
 
 
337 aa  416  9.999999999999999e-116  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1230  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.62 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0225142  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2254  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.2 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.442395  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2053  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.62 
 
 
336 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0123486  normal  0.169016 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4060  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.65 
 
 
358 aa  417  9.999999999999999e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2143  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.63 
 
 
334 aa  415  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000101223  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1839  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.62 
 
 
334 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.174268  normal  0.184781 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2145  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.74 
 
 
334 aa  417  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2048  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.62 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79761  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2075  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.55 
 
 
337 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0615  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.38 
 
 
355 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2030  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.63 
 
 
334 aa  415  9.999999999999999e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000959876  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3346  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.58 
 
 
354 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.729811  hitchhiker  0.00070323 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2108  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.62 
 
 
336 aa  416  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.252002  normal  0.279118 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003922  holliday junction DNA helicase RuvB  63.8 
 
 
355 aa  415  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000262975  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1354  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.62 
 
 
336 aa  417  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473129 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1436  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.63 
 
 
334 aa  412  1e-114  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000380468  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0500  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.26 
 
 
357 aa  412  1e-114  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.951437  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4541  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.18 
 
 
352 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.69 
 
 
334 aa  413  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1534  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.17 
 
 
336 aa  412  1e-114  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1449  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.86 
 
 
336 aa  412  1e-114  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0483  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.18 
 
 
352 aa  413  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01601  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.19 
 
 
334 aa  413  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1584  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.65 
 
 
356 aa  412  1e-114  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0383381  normal  0.43268 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1880  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.97 
 
 
356 aa  412  1e-114  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00242586  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2533  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.16 
 
 
344 aa  412  1e-114  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.26511  normal  0.321859 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2344  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.06 
 
 
345 aa  412  1e-114  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1216  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.18 
 
 
348 aa  412  1e-114  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.814264 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2034  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.27 
 
 
338 aa  414  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0438556  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2904  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.78 
 
 
347 aa  413  1e-114  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0215191  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0423  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.44 
 
 
355 aa  411  1e-114  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.110252 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1902  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.69 
 
 
334 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000022467  hitchhiker  0.0000432146 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2076  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.69 
 
 
334 aa  412  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000131363  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51780  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.18 
 
 
352 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000261912 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2420  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.63 
 
 
334 aa  413  1e-114  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00322281  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0993  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.46 
 
 
339 aa  413  1e-114  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0776035  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1957  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.69 
 
 
334 aa  414  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0904224  normal  0.777155 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02690  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.65 
 
 
334 aa  408  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000554774  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4093  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.33 
 
 
354 aa  408  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2042  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.08 
 
 
334 aa  409  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000113724  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1939  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.08 
 
 
334 aa  410  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00566974  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>