More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_0553 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0553  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 
341 aa  667    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1233  Holliday junction DNA helicase RuvB  96.77 
 
 
341 aa  650    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2205  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 
341 aa  667    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0966  Holliday junction DNA helicase RuvB  82.85 
 
 
344 aa  561  1.0000000000000001e-159  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2371  Holliday junction DNA helicase RuvB  83.87 
 
 
339 aa  556  1e-157  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1105  Holliday junction DNA helicase RuvB  82.56 
 
 
357 aa  552  1e-156  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0530572  normal  0.598113 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0693  Holliday junction DNA helicase RuvB  82.11 
 
 
341 aa  553  1e-156  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.418287  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3176  Holliday junction DNA helicase RuvB  72.27 
 
 
345 aa  486  1e-136  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2637  Holliday junction DNA helicase RuvB  72.29 
 
 
346 aa  483  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3609  Holliday junction DNA helicase RuvB  72.29 
 
 
347 aa  482  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3221  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.69 
 
 
346 aa  477  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3516  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.69 
 
 
346 aa  477  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1213  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.91 
 
 
346 aa  465  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1104  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.26 
 
 
348 aa  462  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.911797  normal  0.299108 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0149  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.15 
 
 
369 aa  462  1e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1702  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.62 
 
 
346 aa  464  1e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131783  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1645  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.62 
 
 
346 aa  464  1e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.919299  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4768  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.64 
 
 
356 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0423  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.21 
 
 
342 aa  459  9.999999999999999e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0559678  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6906  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.54 
 
 
348 aa  458  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.745573  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5235  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.64 
 
 
356 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.500344  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5310  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.35 
 
 
388 aa  455  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.807584 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3069  Holliday junction DNA helicase RuvB  72.93 
 
 
343 aa  453  1.0000000000000001e-126  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.672447  normal  0.509611 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1292  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.8 
 
 
349 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0751  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.94 
 
 
351 aa  451  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.753333 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1089  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.64 
 
 
350 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.267927  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4269  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.8 
 
 
348 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.812802  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4803  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.93 
 
 
349 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0731  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.22 
 
 
348 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2117  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.56 
 
 
352 aa  449  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.302913  normal  0.384387 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1638  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.47 
 
 
348 aa  449  1e-125  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104926 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4167  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.19 
 
 
360 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.165335  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0333  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.18 
 
 
338 aa  446  1.0000000000000001e-124  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.693851  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2724  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.1 
 
 
348 aa  444  1e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3787  Holliday junction DNA helicase RuvB  72.29 
 
 
359 aa  443  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32763  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3521  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.51 
 
 
347 aa  443  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2138  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.35 
 
 
342 aa  442  1e-123  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4436  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.16 
 
 
344 aa  441  1e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0133  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.85 
 
 
350 aa  434  1e-120  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.526371  normal  0.412568 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0786  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.47 
 
 
348 aa  429  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756358  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1216  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.07 
 
 
348 aa  427  1e-118  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.814264 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2422  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.84 
 
 
352 aa  427  1e-118  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3832  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.94 
 
 
351 aa  424  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2904  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.85 
 
 
347 aa  422  1e-117  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0215191  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0483  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.58 
 
 
352 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1880  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.29 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00242586  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4657  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.22 
 
 
354 aa  415  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2719  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.77 
 
 
347 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1584  Holliday junction DNA helicase RuvB  60 
 
 
356 aa  415  9.999999999999999e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0383381  normal  0.43268 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01831  Holliday junction DNA helicase B  61.92 
 
 
336 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.144977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1780  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.92 
 
 
336 aa  409  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000115623  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1326  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.92 
 
 
336 aa  408  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0442858  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0956  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.92 
 
 
336 aa  409  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00553774  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1953  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.92 
 
 
336 aa  409  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.128474  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0423  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.93 
 
 
355 aa  410  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.110252 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2090  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.92 
 
 
336 aa  409  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000376613  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1772  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.92 
 
 
336 aa  409  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0145511  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01819  hypothetical protein  61.92 
 
 
336 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2596  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.92 
 
 
336 aa  409  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0158351  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3954  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.93 
 
 
363 aa  407  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0150024 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4237  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.7 
 
 
354 aa  404  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.913769  normal  0.279005 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4060  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.55 
 
 
358 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.49 
 
 
336 aa  406  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00769793  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2211  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.58 
 
 
341 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00690451 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0499  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.62 
 
 
356 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.456698  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0820  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.16 
 
 
358 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.163531  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3694  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.93 
 
 
356 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.500554  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1077  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.81 
 
 
338 aa  403  1e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.413326  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4407  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.61 
 
 
353 aa  402  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2338  Holliday junction DNA helicase RuvB  60 
 
 
341 aa  403  1e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0746  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.57 
 
 
338 aa  403  1e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0364799  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2533  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.55 
 
 
344 aa  402  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.26511  normal  0.321859 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0615  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.37 
 
 
355 aa  402  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2557  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.51 
 
 
363 aa  402  1e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.829542  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1227  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.93 
 
 
361 aa  404  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3346  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.83 
 
 
354 aa  403  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.729811  hitchhiker  0.00070323 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0327  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.35 
 
 
355 aa  402  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.382015 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2104  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.09 
 
 
334 aa  398  9.999999999999999e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1217  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.43 
 
 
348 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.743844  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2053  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.51 
 
 
336 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0123486  normal  0.169016 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1223  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.28 
 
 
345 aa  398  9.999999999999999e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15164  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1246  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.43 
 
 
348 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0500  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.74 
 
 
357 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.951437  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1820  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.09 
 
 
336 aa  398  9.999999999999999e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0486722  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0391  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.74 
 
 
357 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.234892  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1410  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.49 
 
 
353 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.585511  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0376  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.74 
 
 
357 aa  400  9.999999999999999e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2234  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.98 
 
 
353 aa  399  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0930  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.31 
 
 
337 aa  398  9.999999999999999e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08899e-19 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2108  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.51 
 
 
336 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.252002  normal  0.279118 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2344  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.04 
 
 
345 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4093  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.83 
 
 
354 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1354  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.51 
 
 
336 aa  398  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473129 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51780  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.79 
 
 
352 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000261912 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1230  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.51 
 
 
336 aa  398  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0225142  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2048  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.51 
 
 
336 aa  398  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79761  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1939  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.38 
 
 
334 aa  395  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00566974  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4541  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.79 
 
 
352 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4070  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.14 
 
 
354 aa  397  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0512  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.68 
 
 
356 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>