More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4167 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1292  Holliday junction DNA helicase RuvB  94.52 
 
 
349 aa  642    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4269  Holliday junction DNA helicase RuvB  95.97 
 
 
348 aa  656    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.812802  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4167  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 
360 aa  709    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.165335  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6906  Holliday junction DNA helicase RuvB  91.81 
 
 
348 aa  627  1e-178  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.745573  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4803  Holliday junction DNA helicase RuvB  91.98 
 
 
349 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3521  Holliday junction DNA helicase RuvB  91.64 
 
 
347 aa  612  9.999999999999999e-175  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2724  Holliday junction DNA helicase RuvB  90.06 
 
 
348 aa  582  1.0000000000000001e-165  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5235  Holliday junction DNA helicase RuvB  77.91 
 
 
356 aa  532  1e-150  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.500344  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4768  Holliday junction DNA helicase RuvB  77.91 
 
 
356 aa  532  1e-150  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1104  Holliday junction DNA helicase RuvB  78.74 
 
 
348 aa  533  1e-150  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.911797  normal  0.299108 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0731  Holliday junction DNA helicase RuvB  77.87 
 
 
348 aa  528  1e-149  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5310  Holliday junction DNA helicase RuvB  77.33 
 
 
388 aa  530  1e-149  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.807584 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0751  Holliday junction DNA helicase RuvB  75.78 
 
 
351 aa  525  1e-148  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.753333 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3069  Holliday junction DNA helicase RuvB  79.94 
 
 
343 aa  527  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.672447  normal  0.509611 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2637  Holliday junction DNA helicase RuvB  79.2 
 
 
346 aa  519  1e-146  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1702  Holliday junction DNA helicase RuvB  76.9 
 
 
346 aa  516  1.0000000000000001e-145  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131783  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1645  Holliday junction DNA helicase RuvB  76.9 
 
 
346 aa  516  1.0000000000000001e-145  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.919299  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3516  Holliday junction DNA helicase RuvB  75.51 
 
 
346 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3221  Holliday junction DNA helicase RuvB  75.51 
 
 
346 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0133  Holliday junction DNA helicase RuvB  74.57 
 
 
350 aa  516  1.0000000000000001e-145  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.526371  normal  0.412568 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1213  Holliday junction DNA helicase RuvB  76.9 
 
 
346 aa  512  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3609  Holliday junction DNA helicase RuvB  76.32 
 
 
347 aa  513  1e-144  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1638  Holliday junction DNA helicase RuvB  76.38 
 
 
348 aa  509  1e-143  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104926 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3176  Holliday junction DNA helicase RuvB  74.57 
 
 
345 aa  508  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4436  Holliday junction DNA helicase RuvB  79.62 
 
 
344 aa  499  1e-140  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3787  Holliday junction DNA helicase RuvB  76.22 
 
 
359 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32763  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2117  Holliday junction DNA helicase RuvB  73.07 
 
 
352 aa  489  1e-137  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.302913  normal  0.384387 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0149  Holliday junction DNA helicase RuvB  76.27 
 
 
369 aa  482  1e-135  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1089  Holliday junction DNA helicase RuvB  72.37 
 
 
350 aa  474  1e-132  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.267927  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0333  Holliday junction DNA helicase RuvB  73.31 
 
 
338 aa  468  1.0000000000000001e-131  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.693851  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2138  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.64 
 
 
342 aa  468  1.0000000000000001e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0423  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.65 
 
 
342 aa  461  9.999999999999999e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0559678  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0553  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.19 
 
 
341 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1233  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.77 
 
 
341 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2205  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.19 
 
 
341 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1105  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.74 
 
 
357 aa  448  1e-125  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0530572  normal  0.598113 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2371  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.03 
 
 
339 aa  449  1e-125  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0786  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.42 
 
 
348 aa  446  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756358  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0693  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.87 
 
 
341 aa  441  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.418287  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1216  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.09 
 
 
348 aa  442  1e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.814264 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2719  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.36 
 
 
347 aa  439  9.999999999999999e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0966  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.86 
 
 
344 aa  438  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2904  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.23 
 
 
347 aa  438  9.999999999999999e-123  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0215191  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2422  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.47 
 
 
352 aa  439  9.999999999999999e-123  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4060  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.15 
 
 
358 aa  425  1e-118  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0483  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.05 
 
 
352 aa  425  1e-118  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3346  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.77 
 
 
354 aa  425  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.729811  hitchhiker  0.00070323 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3316  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.5 
 
 
337 aa  425  1e-118  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0423  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.35 
 
 
355 aa  423  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.110252 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0930  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.91 
 
 
337 aa  421  1e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08899e-19 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1077  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.42 
 
 
338 aa  419  1e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.413326  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0500  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.65 
 
 
357 aa  421  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.951437  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2557  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.2 
 
 
363 aa  418  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.829542  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0391  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.41 
 
 
357 aa  418  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.234892  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2211  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.88 
 
 
341 aa  419  1e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00690451 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0376  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.41 
 
 
357 aa  418  1e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0615  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.51 
 
 
355 aa  420  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1902  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.89 
 
 
334 aa  419  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000022467  hitchhiker  0.0000432146 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1413  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.02 
 
 
338 aa  414  9.999999999999999e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000447105  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3832  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.65 
 
 
351 aa  417  9.999999999999999e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1939  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.8 
 
 
334 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00566974  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1584  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.5 
 
 
356 aa  417  9.999999999999999e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0383381  normal  0.43268 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2344  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.14 
 
 
345 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1880  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.5 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00242586  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2076  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.89 
 
 
334 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000131363  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1957  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.59 
 
 
334 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0904224  normal  0.777155 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3124  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.5 
 
 
346 aa  412  1e-114  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2042  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.89 
 
 
334 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000113724  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.59 
 
 
334 aa  414  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2044  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.89 
 
 
334 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00121057  hitchhiker  0.0000000744022 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2338  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.22 
 
 
341 aa  414  1e-114  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0746  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.19 
 
 
338 aa  414  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0364799  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1839  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.8 
 
 
334 aa  412  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.174268  normal  0.184781 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1227  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.11 
 
 
361 aa  413  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003922  holliday junction DNA helicase RuvB  63.61 
 
 
355 aa  412  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000262975  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0993  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.73 
 
 
339 aa  411  1e-114  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0776035  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0473  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.89 
 
 
343 aa  413  1e-114  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0886015  normal  0.698539 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36690  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.19 
 
 
352 aa  408  1e-113  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2048  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.84 
 
 
336 aa  408  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79761  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01601  Holliday junction DNA helicase RuvB  63 
 
 
334 aa  409  1e-113  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2173  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.49 
 
 
338 aa  409  1e-113  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2254  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.19 
 
 
336 aa  409  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.442395  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2419  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.59 
 
 
334 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000499721  normal  0.0284883 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1230  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.84 
 
 
336 aa  408  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0225142  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01559  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.8 
 
 
345 aa  411  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192423  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4093  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.64 
 
 
354 aa  409  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2234  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.58 
 
 
353 aa  410  1e-113  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1348  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.37 
 
 
335 aa  409  1e-113  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000729469  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1354  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.84 
 
 
336 aa  408  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473129 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2303  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.59 
 
 
334 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00841978  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1780  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.52 
 
 
336 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000115623  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4237  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.33 
 
 
354 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.913769  normal  0.279005 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1889  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.74 
 
 
337 aa  406  1.0000000000000001e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1410  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.84 
 
 
353 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.585511  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0956  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.84 
 
 
336 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00553774  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1704  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.15 
 
 
343 aa  407  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0360063  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2090  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.52 
 
 
336 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000376613  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51780  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.95 
 
 
352 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000261912 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0512  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.74 
 
 
356 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2596  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.52 
 
 
336 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0158351  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>