More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2371 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2371  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 
339 aa  667    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1105  Holliday junction DNA helicase RuvB  82.61 
 
 
357 aa  558  1e-158  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0530572  normal  0.598113 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0553  Holliday junction DNA helicase RuvB  83.87 
 
 
341 aa  556  1e-157  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2205  Holliday junction DNA helicase RuvB  83.87 
 
 
341 aa  556  1e-157  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1233  Holliday junction DNA helicase RuvB  82.99 
 
 
341 aa  549  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0693  Holliday junction DNA helicase RuvB  81.71 
 
 
341 aa  550  1e-155  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.418287  normal  0.607101 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0966  Holliday junction DNA helicase RuvB  82.74 
 
 
344 aa  545  1e-154  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3176  Holliday junction DNA helicase RuvB  74.09 
 
 
345 aa  489  1e-137  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2637  Holliday junction DNA helicase RuvB  72.29 
 
 
346 aa  478  1e-134  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3221  Holliday junction DNA helicase RuvB  72.62 
 
 
346 aa  474  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3609  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.99 
 
 
347 aa  476  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3516  Holliday junction DNA helicase RuvB  72.62 
 
 
346 aa  474  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0149  Holliday junction DNA helicase RuvB  73.04 
 
 
369 aa  476  1e-133  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4768  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.64 
 
 
356 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5235  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.64 
 
 
356 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.500344  normal  0.0770622 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1089  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.08 
 
 
350 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.267927  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1702  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.12 
 
 
346 aa  457  1e-127  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131783  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4269  Holliday junction DNA helicase RuvB  70 
 
 
348 aa  454  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.812802  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0423  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.75 
 
 
342 aa  454  1e-127  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0559678  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1645  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.12 
 
 
346 aa  457  1e-127  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.919299  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6906  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.27 
 
 
348 aa  454  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.745573  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5310  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.05 
 
 
388 aa  455  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.807584 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1213  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.22 
 
 
346 aa  455  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1104  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.68 
 
 
348 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.911797  normal  0.299108 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0786  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.86 
 
 
348 aa  451  1.0000000000000001e-126  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.756358  normal  0.239148 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1638  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.67 
 
 
348 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.104926 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4803  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.43 
 
 
349 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1292  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.41 
 
 
349 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4436  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.18 
 
 
344 aa  451  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2117  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.07 
 
 
352 aa  448  1e-125  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.302913  normal  0.384387 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0731  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.94 
 
 
348 aa  450  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0751  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.12 
 
 
351 aa  449  1e-125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.753333 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3787  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.74 
 
 
359 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32763  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3069  Holliday junction DNA helicase RuvB  72.61 
 
 
343 aa  444  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.672447  normal  0.509611 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3521  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.1 
 
 
347 aa  444  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4167  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.03 
 
 
360 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.165335  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0333  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.63 
 
 
338 aa  437  9.999999999999999e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.693851  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0133  Holliday junction DNA helicase RuvB  70 
 
 
350 aa  439  9.999999999999999e-123  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.526371  normal  0.412568 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2138  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.76 
 
 
342 aa  432  1e-120  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2724  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.39 
 
 
348 aa  432  1e-120  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1216  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.75 
 
 
348 aa  432  1e-120  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.814264 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2422  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.84 
 
 
352 aa  425  1e-118  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3832  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.72 
 
 
351 aa  419  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2904  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.22 
 
 
347 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0215191  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0483  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.32 
 
 
352 aa  415  9.999999999999999e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0423  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.15 
 
 
355 aa  415  9.999999999999999e-116  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.110252 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2719  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.35 
 
 
347 aa  413  1e-114  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01831  Holliday junction DNA helicase B  61.38 
 
 
336 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.144977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1780  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.38 
 
 
336 aa  409  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000115623  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1772  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.38 
 
 
336 aa  409  1e-113  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0145511  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01819  hypothetical protein  61.38 
 
 
336 aa  409  1e-113  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3346  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.98 
 
 
354 aa  408  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.729811  hitchhiker  0.00070323 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2596  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.38 
 
 
336 aa  409  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0158351  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2211  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.29 
 
 
341 aa  410  1e-113  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00690451 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1326  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.38 
 
 
336 aa  408  1e-113  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0442858  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2090  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.38 
 
 
336 aa  409  1e-113  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000376613  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2533  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.06 
 
 
344 aa  409  1e-113  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.26511  normal  0.321859 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1227  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.14 
 
 
361 aa  410  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1880  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.18 
 
 
356 aa  408  1e-113  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00242586  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1953  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.38 
 
 
336 aa  409  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.128474  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0956  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.38 
 
 
336 aa  409  1e-113  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00553774  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0993  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.85 
 
 
339 aa  409  1e-113  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0776035  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1272  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.38 
 
 
350 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.197391  normal  0.338771 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1354  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.54 
 
 
336 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473129 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2108  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.22 
 
 
336 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.252002  normal  0.279118 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4237  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.18 
 
 
354 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.913769  normal  0.279005 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4060  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.34 
 
 
358 aa  404  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0391  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.36 
 
 
357 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.234892  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1230  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.54 
 
 
336 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0225142  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1584  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.89 
 
 
356 aa  407  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0383381  normal  0.43268 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0376  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.36 
 
 
357 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4093  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.55 
 
 
354 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0615  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.8 
 
 
355 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2053  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.22 
 
 
336 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0123486  normal  0.169016 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2048  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.54 
 
 
336 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79761  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2557  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.11 
 
 
363 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.829542  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1839  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.16 
 
 
334 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.174268  normal  0.184781 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0327  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.98 
 
 
355 aa  404  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.382015 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2076  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.68 
 
 
334 aa  401  1e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000131363  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0499  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.68 
 
 
356 aa  402  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.456698  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.88 
 
 
336 aa  403  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00769793  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3694  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.99 
 
 
356 aa  403  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.500554  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0500  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.46 
 
 
357 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.951437  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.38 
 
 
334 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2145  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.52 
 
 
334 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2362  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.16 
 
 
337 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00859369  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3954  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.48 
 
 
363 aa  398  9.999999999999999e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0150024 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4657  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.73 
 
 
354 aa  398  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1939  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.68 
 
 
334 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00566974  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2344  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.18 
 
 
345 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2776  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.7 
 
 
334 aa  398  9.999999999999999e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00115584  normal  0.033156 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1704  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.74 
 
 
343 aa  400  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0360063  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1902  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.38 
 
 
334 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000022467  hitchhiker  0.0000432146 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2075  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.16 
 
 
337 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1957  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.38 
 
 
334 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0904224  normal  0.777155 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1410  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.3 
 
 
353 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.585511  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0820  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.7 
 
 
358 aa  397  1e-109  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.163531  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4070  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.83 
 
 
354 aa  397  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2042  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.08 
 
 
334 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000113724  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2419  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.08 
 
 
334 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000499721  normal  0.0284883 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>