More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3690 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3690  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 
341 aa  689    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.212033 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5229  Holliday junction DNA helicase RuvB  82.11 
 
 
342 aa  584  1e-166  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.365286 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0373  Holliday junction DNA helicase RuvB  80.06 
 
 
342 aa  556  1e-157  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0299  Holliday junction DNA helicase RuvB  75.07 
 
 
342 aa  540  9.999999999999999e-153  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.225929 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01270  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.9 
 
 
340 aa  504  9.999999999999999e-143  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1708  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.43 
 
 
355 aa  503  1e-141  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.780962  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1893  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.73 
 
 
340 aa  500  1e-140  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1642  Holliday junction DNA helicase RuvB  71.3 
 
 
340 aa  495  1e-139  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000112926  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1251  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.79 
 
 
355 aa  473  1e-132  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000000492423  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0488  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.33 
 
 
343 aa  471  1.0000000000000001e-131  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2652  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.16 
 
 
340 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0522  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.64 
 
 
343 aa  431  1e-120  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1767  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.15 
 
 
352 aa  424  1e-118  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.406751  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4093  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.8 
 
 
354 aa  423  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0327  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.22 
 
 
355 aa  419  1e-116  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.382015 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4070  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.09 
 
 
354 aa  420  1e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3694  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.59 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.500554  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0499  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.59 
 
 
356 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.456698  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0820  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.12 
 
 
358 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.163531  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4237  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.5 
 
 
354 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.913769  normal  0.279005 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0512  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.58 
 
 
356 aa  412  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0616  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.9 
 
 
348 aa  414  1e-114  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2944  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.38 
 
 
335 aa  413  1e-114  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000368947  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0693  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.19 
 
 
344 aa  412  1e-114  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02690  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.56 
 
 
334 aa  409  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000554774  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3832  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.49 
 
 
351 aa  410  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4060  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.26 
 
 
358 aa  409  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1619  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.87 
 
 
344 aa  408  1e-113  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.933878 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4657  Holliday junction DNA helicase RuvB  63.12 
 
 
354 aa  409  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1227  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.07 
 
 
361 aa  410  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1217  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.13 
 
 
348 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.743844  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1410  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.35 
 
 
353 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.585511  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1880  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.43 
 
 
356 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00242586  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2211  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.54 
 
 
341 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00690451 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4407  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.94 
 
 
353 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1246  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.13 
 
 
348 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1584  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.43 
 
 
356 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0383381  normal  0.43268 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0587  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.52 
 
 
338 aa  405  1.0000000000000001e-112  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0736056 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2571  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.55 
 
 
338 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.011868  hitchhiker  0.00180359 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1839  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.3 
 
 
334 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.174268  normal  0.184781 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1077  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.79 
 
 
338 aa  404  1e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.413326  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1223  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.59 
 
 
345 aa  402  1e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15164  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3954  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.25 
 
 
363 aa  403  1e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0150024 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1534  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.63 
 
 
336 aa  403  1e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1449  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.32 
 
 
336 aa  403  1e-111  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003922  holliday junction DNA helicase RuvB  60.87 
 
 
355 aa  403  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000262975  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2719  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.19 
 
 
347 aa  401  1e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2075  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.08 
 
 
337 aa  403  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1436  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.87 
 
 
334 aa  403  1e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000380468  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4201  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.82 
 
 
348 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.564106  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2362  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.3 
 
 
337 aa  403  1e-111  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00859369  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01601  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.18 
 
 
334 aa  403  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2034  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.71 
 
 
338 aa  404  1e-111  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0438556  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1413  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.12 
 
 
338 aa  402  1e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000447105  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36690  Holliday junction DNA helicase RuvB  62.06 
 
 
352 aa  402  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0569  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.92 
 
 
346 aa  402  1e-111  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2419  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.75 
 
 
334 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000499721  normal  0.0284883 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1939  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.44 
 
 
334 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00566974  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.44 
 
 
334 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2042  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.75 
 
 
334 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000113724  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3346  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.56 
 
 
354 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.729811  hitchhiker  0.00070323 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2338  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.64 
 
 
341 aa  398  9.999999999999999e-111  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0746  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.94 
 
 
338 aa  398  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0364799  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2303  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.75 
 
 
334 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00841978  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1272  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.12 
 
 
350 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.197391  normal  0.338771 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0615  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.56 
 
 
355 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2044  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.75 
 
 
334 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00121057  hitchhiker  0.0000000744022 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3998  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.87 
 
 
348 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1902  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.75 
 
 
334 aa  398  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000022467  hitchhiker  0.0000432146 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2076  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.75 
 
 
334 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000131363  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3124  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.23 
 
 
346 aa  400  9.999999999999999e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2145  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.77 
 
 
334 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1957  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.75 
 
 
334 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0904224  normal  0.777155 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0278  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.74 
 
 
345 aa  399  9.999999999999999e-111  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.043434  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2254  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.81 
 
 
336 aa  395  1e-109  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.442395  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1820  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.22 
 
 
336 aa  395  1e-109  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0486722  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0500  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.06 
 
 
357 aa  394  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.951437  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1704  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.64 
 
 
343 aa  396  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0360063  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0483  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.38 
 
 
352 aa  397  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2173  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.84 
 
 
338 aa  396  1e-109  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1700  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.69 
 
 
336 aa  397  1e-109  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.979156 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2776  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.75 
 
 
334 aa  397  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00115584  normal  0.033156 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01559  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.06 
 
 
345 aa  395  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192423  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2777  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.31 
 
 
351 aa  395  1e-109  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.928098  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0930  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.05 
 
 
337 aa  395  1e-109  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08899e-19 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2557  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.93 
 
 
363 aa  396  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.829542  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51780  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.95 
 
 
352 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000261912 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2104  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.22 
 
 
334 aa  395  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.397454  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1780  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.06 
 
 
336 aa  392  1e-108  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000115623  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2420  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.25 
 
 
334 aa  392  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00322281  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2117  Holliday junction DNA helicase RuvB  59.12 
 
 
337 aa  392  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0063  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.31 
 
 
340 aa  392  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.389593  normal  0.914826 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2090  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.06 
 
 
336 aa  392  1e-108  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000376613  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2030  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.25 
 
 
334 aa  393  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000959876  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2533  Holliday junction DNA helicase RuvB  58.13 
 
 
344 aa  393  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.26511  normal  0.321859 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1889  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.58 
 
 
337 aa  392  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1883  Holliday junction DNA helicase RuvB  61.08 
 
 
337 aa  394  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.679092  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4541  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.63 
 
 
352 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1354  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.06 
 
 
336 aa  391  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00473129 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2596  Holliday junction DNA helicase RuvB  60.06 
 
 
336 aa  392  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0158351  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>