More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_0063 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_0062  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 		 340 aa  672    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0063  Holliday junction DNA helicase RuvB  100 
 
 		 340 aa  672    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.389593  normal  0.914826 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1410  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.88 
 
 		 353 aa  455  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.585511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4407  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.6 
 
 		 353 aa  456  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.010592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01559  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.16 
 
 		 345 aa  457  1e-127  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192423  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2777  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.4 
 
 		 351 aa  456  1e-127  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.928098  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36690  Holliday junction DNA helicase RuvB  72.61 
 
 		 352 aa  451  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3998  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.25 
 
 		 348 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3124  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.94 
 
 		 346 aa  453  1.0000000000000001e-126  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1534  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.3 
 
 		 336 aa  449  1e-125  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1449  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.3 
 
 		 336 aa  450  1e-125  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2211  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.46 
 
 		 341 aa  447  1e-125  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00690451 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2719  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.52 
 
 		 347 aa  451  1e-125  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0327  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.72 
 
 		 355 aa  450  1e-125  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.382015 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2234  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.96 
 
 		 353 aa  451  1e-125  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1217  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.32 
 
 		 348 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.743844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4201  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.63 
 
 		 348 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.564106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3832  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.9 
 
 		 351 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4060  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.32 
 
 		 358 aa  444  1.0000000000000001e-124  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0483  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.62 
 
 		 352 aa  444  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0140  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.07 
 
 		 348 aa  446  1.0000000000000001e-124  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3694  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.99 
 
 		 356 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.500554  normal  0.619697 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1246  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.32 
 
 		 348 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0499  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.97 
 
 		 356 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.456698  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2557  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.1 
 
 		 363 aa  442  1e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.829542  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0531  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.34 
 
 		 348 aa  442  1e-123  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.899114  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1756  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.56 
 
 		 351 aa  442  1e-123  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.523828  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2344  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.68 
 
 		 345 aa  444  1e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.187034 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4093  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.11 
 
 		 354 aa  444  1e-123  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0376  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.08 
 
 		 357 aa  441  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1880  Holliday junction DNA helicase RuvB  70.06 
 
 		 356 aa  441  1e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00242586  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0418  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.56 
 
 		 351 aa  442  1e-123  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0391  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.08 
 
 		 357 aa  441  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.234892  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3346  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.07 
 
 		 354 aa  442  1e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.729811  hitchhiker  0.00070323 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003922  holliday junction DNA helicase RuvB  66.05 
 
 		 355 aa  437  9.999999999999999e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000262975  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1223  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.46 
 
 		 345 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15164  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0500  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.38 
 
 		 357 aa  441  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.951437  normal  0.217288 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4237  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.78 
 
 		 354 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.913769  normal  0.279005 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1704  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.81 
 
 		 343 aa  438  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0360063  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1272  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.18 
 
 		 350 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.197391  normal  0.338771 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1436  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.43 
 
 		 334 aa  438  9.999999999999999e-123  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000380468  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0944  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.76 
 
 		 343 aa  440  9.999999999999999e-123  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01601  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.74 
 
 		 334 aa  438  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0820  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.29 
 
 		 358 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.163531  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0615  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.48 
 
 		 355 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.318212 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4541  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.36 
 
 		 352 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4657  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.87 
 
 		 354 aa  437  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3954  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.39 
 
 		 363 aa  440  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0150024 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1227  Holliday junction DNA helicase RuvB  68.73 
 
 		 361 aa  441  9.999999999999999e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1063  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.76 
 
 		 343 aa  439  9.999999999999999e-123  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2173  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.58 
 
 		 338 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2776  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.25 
 
 		 334 aa  436  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00115584  normal  0.033156 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2145  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.82 
 
 		 334 aa  436  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0894  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.94 
 
 		 340 aa  435  1e-121  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00558721  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1584  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.11 
 
 		 356 aa  437  1e-121  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0383381  normal  0.43268 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2533  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.42 
 
 		 344 aa  436  1e-121  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.26511  normal  0.321859 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0423  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.07 
 
 		 355 aa  437  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.110252 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2944  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.98 
 
 		 335 aa  436  1e-121  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000368947  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0930  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.15 
 
 		 337 aa  434  1e-121  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08899e-19 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3316  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.15 
 
 		 337 aa  434  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51780  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.85 
 
 		 352 aa  435  1e-121  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000261912 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0512  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.16 
 
 		 356 aa  434  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2420  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.83 
 
 		 334 aa  433  1e-120  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00322281  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1077  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.05 
 
 		 338 aa  432  1e-120  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.413326  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0266  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.9 
 
 		 356 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2143  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.83 
 
 		 334 aa  434  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000101223  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3977  Holliday junction DNA helicase RuvB  72.88 
 
 		 312 aa  431  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0347873  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2353  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.9 
 
 		 356 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3401  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.9 
 
 		 356 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3407  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.9 
 
 		 356 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1413  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.65 
 
 		 338 aa  433  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000447105  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1128  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.9 
 
 		 356 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2213  Holliday junction DNA helicase RuvB  69.11 
 
 		 346 aa  431  1e-120  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1848  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.27 
 
 		 350 aa  433  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.9139  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2532  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.9 
 
 		 356 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0270  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.35 
 
 		 335 aa  431  1e-120  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4070  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.28 
 
 		 354 aa  431  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.373713 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2254  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.15 
 
 		 336 aa  433  1e-120  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.442395  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1957  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.34 
 
 		 334 aa  431  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0904224  normal  0.777155 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2030  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.83 
 
 		 334 aa  434  1e-120  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000959876  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3366  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.9 
 
 		 356 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1780  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.56 
 
 		 336 aa  429  1e-119  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000115623  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1953  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.56 
 
 		 336 aa  429  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.128474  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02690  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.71 
 
 		 334 aa  430  1e-119  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000554774  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.03 
 
 		 334 aa  429  1e-119  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0956  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.56 
 
 		 336 aa  430  1e-119  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00553774  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1230  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.88 
 
 		 336 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0225142  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1839  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.34 
 
 		 334 aa  429  1e-119  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.174268  normal  0.184781 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0746  Holliday junction DNA helicase RuvB  64.92 
 
 		 338 aa  429  1e-119  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0364799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2596  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.56 
 
 		 336 aa  429  1e-119  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0158351  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1247  Holliday junction DNA helicase RuvB  67.28 
 
 		 356 aa  431  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1772  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.56 
 
 		 336 aa  429  1e-119  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0145511  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01819  hypothetical protein  66.56 
 
 		 336 aa  429  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2090  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.56 
 
 		 336 aa  429  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000376613  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2429  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.25 
 
 		 336 aa  429  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00769793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2048  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.88 
 
 		 336 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1902  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.34 
 
 		 334 aa  431  1e-119  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000022467  hitchhiker  0.0000432146 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2076  Holliday junction DNA helicase RuvB  65.03 
 
 		 334 aa  429  1e-119  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000131363  hitchhiker  0.00166911 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2075  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.04 
 
 		 337 aa  430  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2053  Holliday junction DNA helicase RuvB  66.88 
 
 		 336 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0123486  normal  0.169016 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>