More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4624 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_4624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
229 aa  465  9.999999999999999e-131  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.6 
 
 
237 aa  122  4e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.874533  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2047  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.8 
 
 
233 aa  113  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0457321 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7587  short chain dehydrogenase  33.63 
 
 
241 aa  112  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7169  short chain dehydrogenase  34.91 
 
 
233 aa  111  7.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.934383 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2365  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.63 
 
 
234 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.114405  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
234 aa  108  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1577  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.04 
 
 
226 aa  105  8e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.062462  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2142  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.14 
 
 
228 aa  103  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.540844  normal  0.912393 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1116  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.14 
 
 
234 aa  102  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2100  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.36 
 
 
226 aa  101  1e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.54 
 
 
236 aa  99.4  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.23 
 
 
236 aa  98.6  8e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.54 
 
 
232 aa  97.1  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0110624  normal  0.793533 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.14 
 
 
231 aa  94.4  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1895  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.43 
 
 
231 aa  92.8  4e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.194823 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0003  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.87 
 
 
237 aa  92  7e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.419442  unclonable  0.00000816972 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
235 aa  91.7  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1640  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.63 
 
 
236 aa  90.5  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.199135  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0911  short chain dehydrogenase  32.71 
 
 
237 aa  89.4  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0025  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.67 
 
 
232 aa  89.4  4e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3439  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.36 
 
 
229 aa  88.2  9e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000413272 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3805  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.87 
 
 
235 aa  87  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.472868  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.97 
 
 
244 aa  87  2e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.134822  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.36 
 
 
225 aa  85.9  5e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.379017  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0290  hypothetical protein  31.98 
 
 
236 aa  85.5  6e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2978  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.04 
 
 
237 aa  85.5  6e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.233429  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.32 
 
 
240 aa  85.1  7e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3589  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30 
 
 
246 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.377487  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3805  short chain dehydrogenase  32.09 
 
 
237 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0132901  hitchhiker  0.00346902 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1487  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.45 
 
 
231 aa  79.7  0.00000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1922  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.7 
 
 
233 aa  79.7  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000124511  unclonable  0.0000000105469 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0211  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.87 
 
 
235 aa  79  0.00000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.33248 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4854  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.75 
 
 
236 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0657212  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.45 
 
 
236 aa  77.8  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0110746 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1898  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.92 
 
 
222 aa  77  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.214682  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4179  short chain dehydrogenase  30.37 
 
 
237 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0383999  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.64 
 
 
235 aa  73.6  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0583  putative short-chain dehydrogenase/reductase  29.38 
 
 
231 aa  73.6  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00177948  normal  0.463308 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2682  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.72 
 
 
236 aa  72.8  0.000000000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.239235  normal  0.254296 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4701  short chain dehydrogenase  29.91 
 
 
237 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3568  short chain dehydrogenase  29.63 
 
 
237 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0488562  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5484  short chain dehydrogenase  29.63 
 
 
237 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.485941 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.34 
 
 
227 aa  70.9  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.70124  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4799  short chain dehydrogenase  29.63 
 
 
237 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0669  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.27 
 
 
247 aa  70.9  0.00000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.154574  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4316  sensor histidine kinase  29.82 
 
 
1695 aa  70.1  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.946527 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11970  short-chain type dehydrogenase/reductase  28.12 
 
 
256 aa  69.3  0.00000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.675496  normal  0.543432 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.34 
 
 
256 aa  67.8  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0825683  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0374  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  27.72 
 
 
244 aa  66.2  0.0000000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.333975  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1607  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.11 
 
 
239 aa  65.5  0.0000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.163286 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2350  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.72 
 
 
233 aa  64.3  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1972  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.86 
 
 
255 aa  64.7  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.336427  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5109  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  24.28 
 
 
242 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.409014  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0423  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  24.79 
 
 
242 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2612  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.48 
 
 
231 aa  63.9  0.000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3225  bacilysin biosynthesis oxidoreductase BacC  28.72 
 
 
242 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.33 
 
 
317 aa  63.5  0.000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3123  short chain dehydrogenase  26.78 
 
 
256 aa  62  0.000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000111305 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2407  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  27.78 
 
 
246 aa  62  0.000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.88 
 
 
275 aa  62  0.000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.115875  normal  0.134088 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00444  short chain dehydrogenase  26.78 
 
 
269 aa  61.6  0.000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0532  short chain dehydrogenase  26.78 
 
 
269 aa  61.6  0.000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00449  hypothetical protein  26.78 
 
 
269 aa  61.6  0.000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0428  short chain dehydrogenase  26.78 
 
 
269 aa  61.6  0.000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4341  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.19 
 
 
236 aa  61.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.157663  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4281  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.19 
 
 
236 aa  61.2  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0098  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.32 
 
 
225 aa  61.2  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.87 
 
 
249 aa  61.2  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01741  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family protein  25 
 
 
273 aa  61.2  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2623  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.06 
 
 
253 aa  60.8  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.361501  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1456  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.63 
 
 
235 aa  60.8  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0594638 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.39 
 
 
252 aa  60.8  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1271  putative short-chain dehydrogenase family protein  24.87 
 
 
231 aa  60.8  0.00000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.97 
 
 
236 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.823656 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.93 
 
 
256 aa  60.8  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.265129  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2090  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.52 
 
 
237 aa  60.8  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.23 
 
 
256 aa  59.7  0.00000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15900  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  25.99 
 
 
241 aa  60.1  0.00000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.166031  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0597  short chain dehydrogenase  26.23 
 
 
269 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.853747 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0423  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  24.37 
 
 
242 aa  60.1  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.581113  normal  0.315949 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2074  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  24.15 
 
 
238 aa  60.1  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0675  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.71 
 
 
232 aa  59.7  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.286686  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1832  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.73 
 
 
250 aa  59.7  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000715788  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1167  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.28 
 
 
252 aa  59.7  0.00000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6170  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.1 
 
 
268 aa  59.3  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.343653 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0572  short chain dehydrogenase  26.23 
 
 
269 aa  59.7  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0302  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.41 
 
 
236 aa  59.7  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0186456  normal  0.262092 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0702  short chain dehydrogenase  23.29 
 
 
241 aa  59.3  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.988864 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.42 
 
 
246 aa  59.3  0.00000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.809389  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.81 
 
 
248 aa  59.3  0.00000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4572  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.62 
 
 
236 aa  58.9  0.00000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.330644  normal  0.646383 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0542  short chain dehydrogenase  26.23 
 
 
256 aa  58.9  0.00000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1175  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  24.48 
 
 
241 aa  58.9  0.00000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.267366  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.62 
 
 
236 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1303  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.04 
 
 
243 aa  58.5  0.00000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2384  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.89 
 
 
256 aa  58.5  0.00000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.426909  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6079  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25 
 
 
255 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.71 
 
 
248 aa  58.2  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.71 
 
 
246 aa  58.2  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>