More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3139 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3139  prephenate dehydrogenase  100 
 
 
285 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6542  Prephenate dehydrogenase  70.53 
 
 
285 aa  431  1e-120  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1939  prephenate dehydrogenase  47.67 
 
 
280 aa  270  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0515  prephenate dehydrogenase  46.18 
 
 
284 aa  261  8.999999999999999e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.331707  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3793  prephenate dehydrogenase  46.95 
 
 
282 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1429  prephenate dehydrogenase  46.55 
 
 
279 aa  238  6.999999999999999e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.394252  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1500  prephenate dehydrogenase  41.34 
 
 
276 aa  177  1e-43  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0659  prephenate dehydrogenase  40 
 
 
276 aa  177  2e-43  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.773166  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1685  prephenate dehydrogenase  40 
 
 
276 aa  170  3e-41  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.138002  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0230  Prephenate dehydrogenase  39.13 
 
 
275 aa  169  4e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0943  prephenate dehydrogenase  38.1 
 
 
276 aa  163  2.0000000000000002e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000180721  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0125  prephenate dehydrogenase  40.39 
 
 
275 aa  161  1e-38  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2225  prephenate dehydrogenase  39.29 
 
 
276 aa  161  1e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000370984  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0165  prephenate dehydrogenase  40 
 
 
275 aa  159  3e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000395758  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0216  prephenate dehydrogenase  36.51 
 
 
275 aa  159  5e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00047126  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0143  prephenate dehydrogenase  39.79 
 
 
275 aa  159  5e-38  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000169587  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0776  Prephenate dehydrogenase  35.29 
 
 
302 aa  151  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00454993 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2195  prephenate dehydrogenase  35.48 
 
 
319 aa  151  1e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598463  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4284  cyclohexadienyl dehydrogenase  33.45 
 
 
314 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0191786 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1009  Prephenate dehydrogenase  36.4 
 
 
364 aa  149  5e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207637 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1886  cyclohexadienyl/prephenate dehydrogenase  32.72 
 
 
288 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000040742  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1346  prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
287 aa  145  6e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4255  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.73 
 
 
313 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1003  prephenate dehydrogenase  34.62 
 
 
308 aa  145  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0847  Prephenate dehydrogenase  34.75 
 
 
292 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.052924 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0906  putative prephenate dehydrogenase oxidoreductase protein  33.82 
 
 
298 aa  143  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0718  prephenate dehydrogenase  36.5 
 
 
302 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1408  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.73 
 
 
311 aa  142  5e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.19218  normal  0.384152 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1182  cyclohexadienyl dehydrogenase  33.09 
 
 
311 aa  142  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2573  prephenate dehydrogenase  35.53 
 
 
298 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.256173  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2997  prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
328 aa  141  9.999999999999999e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.268704  normal  0.0386935 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4928  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.37 
 
 
313 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1035  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.01 
 
 
310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4102  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.01 
 
 
314 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.639306  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2260  prephenate dehydrogenase  35.38 
 
 
322 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.341011  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1209  Prephenate dehydrogenase  34.09 
 
 
293 aa  139  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0228431  normal  0.063909 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0953  prephenate dehydrogenase  33.21 
 
 
288 aa  139  6e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.02487  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1203  prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
280 aa  139  6e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2149  Prephenate dehydrogenase  34.35 
 
 
288 aa  139  7e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1311  Prephenate dehydrogenase  34.24 
 
 
293 aa  138  7.999999999999999e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000231 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0743  prephenate dehydrogenase  33.58 
 
 
334 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2023  prephenate dehydrogenase  32.51 
 
 
328 aa  137  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000998915 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0565  prephenate dehydrogenase  34.62 
 
 
329 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3004  Prephenate dehydrogenase  35.25 
 
 
313 aa  137  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.548838  normal  0.0491743 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1044  prephenate dehydrogenase  34.62 
 
 
329 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1852  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  34.93 
 
 
746 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2607  prephenate dehydrogenase  31.42 
 
 
290 aa  137  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0960  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.82 
 
 
311 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0394985  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6215  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.82 
 
 
311 aa  137  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.951807  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0863  prephenate dehydrogenase  33.97 
 
 
286 aa  137  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0175  prephenate dehydrogenase  32.73 
 
 
297 aa  137  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000165  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1209  Arogenate dehydrogenase  32.13 
 
 
318 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0362078 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0920  prephenate dehydrogenase  34.62 
 
 
329 aa  136  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0948545  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3007  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.47 
 
 
301 aa  136  5e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0930  prephenate dehydrogenase  33.85 
 
 
293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000476657  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1074  prephenate dehydrogenase  33.85 
 
 
293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0222409  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0949  bifunctional prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  36.15 
 
 
749 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0199  bifunctional prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  36.15 
 
 
749 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2574  bifunctional prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  36.15 
 
 
749 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.593248  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3803  Prephenate dehydrogenase  32.59 
 
 
322 aa  135  7.000000000000001e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000296114  normal  0.352645 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0979  prephenate dehydrogenase  34.87 
 
 
310 aa  135  8e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4074  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  33.58 
 
 
735 aa  135  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00116499  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0582  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.94 
 
 
311 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2884  bifunctional prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  36.15 
 
 
753 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.052366  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2947  bifunctional prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  36.15 
 
 
749 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3037  Prephenate dehydrogenase  33.82 
 
 
295 aa  134  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0470856  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0673  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.94 
 
 
313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2212  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.82 
 
 
311 aa  133  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2549  cyclohexadienyl dehydrogenase  32.37 
 
 
308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.554787  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0308  arogenate dehydrogenase  32.03 
 
 
320 aa  132  3.9999999999999996e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.582436  normal  0.172957 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06830  prephenate dehydrogenase  31.84 
 
 
379 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.397178 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5818  Prephenate dehydrogenase  31.54 
 
 
309 aa  132  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3229  cyclohexadienyl dehydrogenase  31.49 
 
 
312 aa  132  6e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.303966 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4157  prephenate dehydrogenase  33.85 
 
 
308 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.718044 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15850  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  34.19 
 
 
752 aa  132  7.999999999999999e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2136  prephenate dehydrogenase  28.57 
 
 
367 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.535624  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10360  Prephenate dehydrogenase  31.44 
 
 
291 aa  131  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165281  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1748  prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase family protein  33.57 
 
 
535 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0692741  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1248  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  31.97 
 
 
770 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.757925  normal  0.0192474 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2945  cyclohexadienyl dehydrogenase  30.22 
 
 
313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0241407 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2165  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  34.3 
 
 
750 aa  130  3e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.166945  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3259  Prephenate dehydrogenase  32.44 
 
 
286 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1150  prephenate dehydrogenase  32.7 
 
 
299 aa  129  4.0000000000000003e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0141038  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0991  Prephenate dehydrogenase  32.06 
 
 
286 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0924  prephenate dehydrogenase  33.85 
 
 
338 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1334  Prephenate dehydrogenase  31.94 
 
 
292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.530233  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1377  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  33.46 
 
 
746 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23310  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  33.82 
 
 
746 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0308529 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5258  prephenate dehydrogenase  30.82 
 
 
307 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426217  normal  0.0448039 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1584  prephenate dehydrogenase  33.2 
 
 
317 aa  126  4.0000000000000003e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.406004 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0566  prephenate dehydrogenase  32.25 
 
 
291 aa  125  5e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0440  prephenate dehydrogenase  30.15 
 
 
301 aa  125  6e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3944  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  33.82 
 
 
746 aa  125  6e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474784  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0497  prephenate dehydrogenase  33.33 
 
 
293 aa  125  7e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0756332  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1463  prephenate dehydrogenase  32.37 
 
 
286 aa  125  7e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000154009  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3644  prephenate dehydrogenase  32.52 
 
 
534 aa  125  9e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0309722  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1965  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  34.53 
 
 
746 aa  125  9e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1150  Prephenate dehydrogenase  31.88 
 
 
367 aa  124  1e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1416  prephenate dehydrogenase  33.95 
 
 
290 aa  124  2e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0973759  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1796  prephenate dehydrogenase  30.26 
 
 
365 aa  124  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>