More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_3034 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_3034  L-serine ammonia-lyase  100 
 
 		 410 aa  850    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3111  L-serine ammonia-lyase  56.39 
 
 		 404 aa  442  1e-123  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2070  serine dehydratase alpha chain  55.05 
 
 		 403 aa  439  9.999999999999999e-123  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0084  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  54.09 
 
 		 399 aa  422  1e-117  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.644978 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0917  serine dehydratase alpha chain  54.89 
 
 		 406 aa  413  1e-114  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.365161  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1327  serine dehydratase alpha chain  51.76 
 
 		 410 aa  403  1e-111  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00016553 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3112  serine dehydratase alpha chain  47.5 
 
 		 410 aa  373  1e-102  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0667312  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6246  L-serine dehydratase 1  42.7 
 
 		 455 aa  293  3e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.187309  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2808  L-serine dehydratase  41.34 
 
 		 469 aa  293  4e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255142  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33030  L-serine dehydratase  40.52 
 
 		 458 aa  290  4e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.518916  hitchhiker  0.000319155 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  40.31 
 
 		 458 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2667  L-serine dehydratase 1  39.74 
 
 		 456 aa  286  5e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0987  L-serine dehydratase 1  40 
 
 		 458 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2900  L-serine dehydratase 1  39.91 
 
 		 458 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1024  L-serine dehydratase 1  40 
 
 		 458 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.846352 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  39.78 
 
 		 458 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0112  L-serine dehydratase 1  40.35 
 
 		 462 aa  283  4.0000000000000003e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  40.09 
 
 		 463 aa  283  4.0000000000000003e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0095  L-serine ammonia-lyase  40.26 
 
 		 462 aa  283  4.0000000000000003e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  39.38 
 
 		 457 aa  283  5.000000000000001e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0854  hypothetical protein  38.41 
 
 		 458 aa  282  8.000000000000001e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0828  hypothetical protein  38.41 
 
 		 458 aa  282  9e-75  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4369  L-serine ammonia-lyase  40.3 
 
 		 464 aa  282  9e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0215032  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  38.94 
 
 		 468 aa  281  1e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0679  L-serine dehydratase 1  37.74 
 
 		 460 aa  282  1e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  39.39 
 
 		 458 aa  280  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2892  L-serine dehydratase 1  40.39 
 
 		 458 aa  281  2e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.14665  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3144  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  39.82 
 
 		 458 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  39.83 
 
 		 470 aa  280  4e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6540  L-serine dehydratase 1  39.43 
 
 		 459 aa  279  6e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00743621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2570  L-serine dehydratase 1  39.82 
 
 		 458 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16840  L-serine ammonia-lyase  40.22 
 
 		 458 aa  278  1e-73  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128912  normal  0.527215 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2771  L-serine ammonia-lyase  39.51 
 
 		 464 aa  278  1e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01784  L-serine deaminase I  38.85 
 
 		 454 aa  277  2e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1829  L-serine dehydratase 1  38.85 
 
 		 454 aa  277  2e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.693137  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1819  L-serine dehydratase 1  38.85 
 
 		 454 aa  277  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.561411  normal  0.687131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1904  L-serine dehydratase 1  38.85 
 
 		 454 aa  277  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  41.18 
 
 		 458 aa  277  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01772  hypothetical protein  38.85 
 
 		 454 aa  277  2e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3620  L-serine dehydratase 1  39.43 
 
 		 467 aa  278  2e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.294532  normal  0.0574017 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1374  L-serine ammonia-lyase 1  38.85 
 
 		 454 aa  277  2e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.779144  normal  0.0170145 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2194  L-serine dehydratase 1  41.67 
 
 		 452 aa  277  2e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2451  L-serine dehydratase 1  38.33 
 
 		 454 aa  278  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2042  L-serine dehydratase 1  38.85 
 
 		 454 aa  277  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.247567  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2075  L-serine ammonia-lyase 1  38.85 
 
 		 454 aa  277  2e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2355  L-serine ammonia-lyase  38.33 
 
 		 454 aa  278  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.615532  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1638  L-serine dehydratase  38.33 
 
 		 454 aa  277  2e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2810  L-serine dehydratase 1  38.27 
 
 		 461 aa  278  2e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0522792 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  38.07 
 
 		 460 aa  277  3e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0918  L-serine dehydratase 1  37.22 
 
 		 453 aa  277  3e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189103  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2940  L-serine dehydratase 1  37.74 
 
 		 455 aa  276  4e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.544189  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2711  L-serine dehydratase 1  39.61 
 
 		 458 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.468733 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2019  L-serine dehydratase 1  38.61 
 
 		 454 aa  276  4e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1304  L-serine dehydratase 1  39.87 
 
 		 476 aa  276  5e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00039374  normal  0.309635 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1241  L-serine dehydratase 1  38.34 
 
 		 456 aa  276  6e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.341866  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2402  L-serine dehydratase 1  38.31 
 
 		 458 aa  276  6e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000825911  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2543  L-serine ammonia-lyase 1  38.63 
 
 		 454 aa  276  7e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.263173  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1928  L-serine dehydratase 1  39.64 
 
 		 454 aa  275  9e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.38785  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1325  L-serine ammonia-lyase  38.1 
 
 		 458 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.138393 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  39.05 
 
 		 463 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2223  L-serine dehydratase 1  38.98 
 
 		 454 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0687  L-serine dehydratase 1  37.67 
 
 		 453 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  39.57 
 
 		 462 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1985  L-serine dehydratase 1  38.11 
 
 		 453 aa  272  7e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01908  L-serine dehydratase 1  37.89 
 
 		 453 aa  272  9e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2171  L-serine dehydratase 1  38.36 
 
 		 458 aa  272  9e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.633035  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6183  L-serine dehydratase 1  39.48 
 
 		 457 aa  271  1e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33270  L-serine ammonia-lyase  38.8 
 
 		 506 aa  271  1e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4425  L-serine ammonia-lyase TdcG  39.7 
 
 		 456 aa  271  1e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0305436 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1966  L-serine ammonia-lyase  38.63 
 
 		 454 aa  272  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4265  L-serine ammonia-lyase  40.52 
 
 		 460 aa  271  1e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1305  L-serine ammonia-lyase  38.63 
 
 		 454 aa  272  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0226237  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02979  L-serine dehydratase 3  39.48 
 
 		 454 aa  271  2e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2874  L-serine dehydratase 1  39.87 
 
 		 457 aa  271  2e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.30844  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0819  L-serine dehydratase 1  40.94 
 
 		 452 aa  271  2e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.101463  normal  0.657436 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1625  L-serine dehydratase 1  37.96 
 
 		 458 aa  271  2e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0594859  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02930  hypothetical protein  39.48 
 
 		 454 aa  271  2e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0586  L-serine dehydratase 1  39.48 
 
 		 454 aa  271  2e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1084  L-serine dehydratase 1  37.18 
 
 		 472 aa  270  2e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0608  L-serine dehydratase 1  40.13 
 
 		 476 aa  271  2e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1804  L-serine ammonia-lyase  37.66 
 
 		 458 aa  271  2e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.731285 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3300  L-serine ammonia-lyase  39.48 
 
 		 454 aa  271  2e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1149  L-serine dehydratase 1  35.7 
 
 		 499 aa  271  2e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3245  L-serine ammonia-lyase TdcG  39.05 
 
 		 454 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.346654  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3586  L-serine dehydratase tdcG  39.05 
 
 		 454 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2027  L-serine ammonia-lyase  38.63 
 
 		 454 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.674197 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04817  L-serine deaminase  40.57 
 
 		 456 aa  270  2.9999999999999997e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0864  L-serine dehydratase 1  38.41 
 
 		 455 aa  270  4e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0116  L-serine dehydratase 1  39.56 
 
 		 460 aa  270  4e-71  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.117006  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3408  L-serine ammonia-lyase TdcG  39.05 
 
 		 456 aa  270  4e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1962  L-serine ammonia-lyase / 2-hydroxymethylglutarate dehydratase  40.22 
 
 		 457 aa  270  4e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.447397 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1970  L-serine ammonia-lyase  39.16 
 
 		 454 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.328671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1725  L-serine ammonia-lyase  38.1 
 
 		 458 aa  270  4e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0395889 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2295  L-serine ammonia-lyase  38.1 
 
 		 458 aa  270  4e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0430  L-serine dehydratase 1  39.32 
 
 		 465 aa  269  5e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0396  L-serine ammonia-lyase  40.17 
 
 		 545 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1946  L-serine dehydratase 1  37.88 
 
 		 458 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1490  L-serine ammonia-lyase  38.41 
 
 		 454 aa  269  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003155  L-serine dehydratase  37.44 
 
 		 453 aa  269  5.9999999999999995e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.225865  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1863  L-serine ammonia-lyase  40.17 
 
 		 504 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>