More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0329 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  70.19 
 
 		 458 aa  654    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0987  L-serine dehydratase 1  69.76 
 
 		 458 aa  654    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2808  L-serine dehydratase  71.06 
 
 		 469 aa  657    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255142  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3296  L-serine dehydratase  70.36 
 
 		 458 aa  637    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  73.65 
 
 		 462 aa  704    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3164  L-serine dehydratase 1  70.84 
 
 		 458 aa  636    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0112  L-serine dehydratase 1  74.08 
 
 		 462 aa  677    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  71.71 
 
 		 458 aa  659    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  100 
 
 		 463 aa  944    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4369  L-serine ammonia-lyase  74.35 
 
 		 464 aa  712    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0215032  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3015  L-serine dehydratase 1  66.88 
 
 		 462 aa  637    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  70.84 
 
 		 458 aa  654    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33030  L-serine dehydratase  71.06 
 
 		 458 aa  657    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.518916  hitchhiker  0.000319155 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3490  L-serine dehydratase 1  71.27 
 
 		 458 aa  640    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0302  L-serine ammonia-lyase  74.51 
 
 		 462 aa  649    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0095  L-serine ammonia-lyase  74.08 
 
 		 462 aa  676    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3225  L-serine dehydratase 1  75.79 
 
 		 475 aa  722    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1024  L-serine dehydratase 1  69.76 
 
 		 458 aa  654    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.846352 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  79.05 
 
 		 463 aa  756    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3884  L-serine dehydratase 1  66.88 
 
 		 462 aa  631  1e-180  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  66.45 
 
 		 460 aa  630  1e-179  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0139  L-serine dehydratase 1  69.41 
 
 		 462 aa  630  1e-179  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0155  L-serine dehydratase 1  69.2 
 
 		 462 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3333  L-serine ammonia-lyase  69.11 
 
 		 458 aa  625  1e-178  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0131  L-serine ammonia-lyase  68.59 
 
 		 462 aa  625  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  69.11 
 
 		 458 aa  627  1e-178  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3321  L-serine ammonia-lyase  69.2 
 
 		 462 aa  627  1e-178  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3251  L-serine ammonia-lyase  68.57 
 
 		 462 aa  625  1e-178  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0052  L-serine ammonia-lyase  66.03 
 
 		 462 aa  625  1e-178  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4002  L-serine ammonia-lyase  68.38 
 
 		 462 aa  625  1e-178  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3931  L-serine ammonia-lyase  68.59 
 
 		 462 aa  625  1e-178  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.706313  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0141  L-serine dehydratase 1  68.99 
 
 		 462 aa  624  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2991  L-serine ammonia-lyase  68.38 
 
 		 462 aa  624  1e-177  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2913  L-serine dehydratase 1  69.2 
 
 		 462 aa  624  1e-177  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3056  L-serine ammonia-lyase  68.38 
 
 		 462 aa  624  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.541658  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  66.02 
 
 		 468 aa  621  1e-177  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0129  L-serine dehydratase 1  68.99 
 
 		 462 aa  624  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0142  L-serine dehydratase 1  69.2 
 
 		 462 aa  624  1e-177  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3314  L-serine ammonia-lyase  68.38 
 
 		 462 aa  624  1e-177  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.544154  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1546  L-serine ammonia-lyase  68.38 
 
 		 462 aa  624  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3483  L-serine ammonia-lyase  68.68 
 
 		 458 aa  619  1e-176  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6246  L-serine dehydratase 1  67.39 
 
 		 455 aa  611  9.999999999999999e-175  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.187309  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6183  L-serine dehydratase 1  67.25 
 
 		 457 aa  608  1e-173  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2603  L-serine dehydratase 1  68.03 
 
 		 473 aa  602  1.0000000000000001e-171  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1084  L-serine dehydratase 1  63.31 
 
 		 472 aa  600  1e-170  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0082  L-serine ammonia-lyase  65.81 
 
 		 489 aa  596  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16840  L-serine ammonia-lyase  63.5 
 
 		 458 aa  592  1e-168  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128912  normal  0.527215 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0518  L-serine dehydratase 1  64.32 
 
 		 465 aa  589  1e-167  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.166535  decreased coverage  0.000152397 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0045  L-serine dehydratase  64.16 
 
 		 461 aa  587  1e-166  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.388959 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4831  L-serine ammonia-lyase  64.24 
 
 		 462 aa  586  1e-166  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0485  L-serine ammonia-lyase  64.16 
 
 		 461 aa  585  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  61.56 
 
 		 457 aa  585  1e-166  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3503  L-serine dehydratase 1  63.73 
 
 		 461 aa  586  1e-166  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5127  L-serine dehydratase 1  64.38 
 
 		 461 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0430  L-serine dehydratase 1  63.89 
 
 		 465 aa  583  1.0000000000000001e-165  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0679  L-serine dehydratase 1  63.54 
 
 		 460 aa  584  1.0000000000000001e-165  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3591  L-serine dehydratase 1  61.17 
 
 		 475 aa  583  1.0000000000000001e-165  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3215  L-serine dehydratase 1  64.38 
 
 		 529 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5070  L-serine dehydratase 1  63.95 
 
 		 461 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4547  L-serine dehydratase 1  63.95 
 
 		 461 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5152  L-serine dehydratase 1  64.38 
 
 		 461 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1601  L-serine ammonia-lyase  62.98 
 
 		 464 aa  580  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3334  L-serine dehydratase 1  62.74 
 
 		 462 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.503028 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1754  L-serine ammonia-lyase  65.52 
 
 		 458 aa  576  1.0000000000000001e-163  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.120711  normal  0.244789 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1955  L-serine ammonia-lyase  63.09 
 
 		 504 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2874  L-serine dehydratase 1  63.93 
 
 		 457 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.30844  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5047  L-serine dehydratase 1  62.55 
 
 		 464 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.533739  normal  0.269496 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  62.66 
 
 		 470 aa  572  1.0000000000000001e-162  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0396  L-serine ammonia-lyase  62.88 
 
 		 545 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1863  L-serine ammonia-lyase  62.88 
 
 		 504 aa  570  1e-161  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0995  L-serine ammonia-lyase  62.02 
 
 		 490 aa  565  1e-160  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6540  L-serine dehydratase 1  60.99 
 
 		 459 aa  563  1.0000000000000001e-159  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00743621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3620  L-serine dehydratase 1  62.34 
 
 		 467 aa  561  1e-158  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.294532  normal  0.0574017 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2892  L-serine dehydratase 1  61.26 
 
 		 458 aa  558  1e-157  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.14665  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02760  L-serine ammonia-lyase  62.03 
 
 		 472 aa  553  1e-156  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18870  L-serine ammonia-lyase  63.71 
 
 		 457 aa  549  1e-155  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00891964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3280  L-serine dehydratase 1  61.21 
 
 		 460 aa  547  1e-154  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.984034 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01946  L-serine dehydratase 1  59.61 
 
 		 457 aa  545  1e-154  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0568801  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3617  L-serine ammonia-lyase  58.58 
 
 		 458 aa  542  1e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0736152  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0819  L-serine dehydratase 1  64.15 
 
 		 452 aa  541  1e-153  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.101463  normal  0.657436 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1886  L-serine dehydratase 1  59.78 
 
 		 458 aa  543  1e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0732731  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1625  L-serine dehydratase 1  59.52 
 
 		 457 aa  541  1e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1804  L-serine ammonia-lyase  58.44 
 
 		 458 aa  541  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.731285 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2295  L-serine ammonia-lyase  58.32 
 
 		 458 aa  542  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1304  L-serine dehydratase 1  59.09 
 
 		 476 aa  538  9.999999999999999e-153  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00039374  normal  0.309635 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2248  L-serine dehydratase 1  58.23 
 
 		 458 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3522  Iron-sulfur-dependent L-serine dehydratase single chain form  59.35 
 
 		 458 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0540512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1625  L-serine dehydratase 1  58.19 
 
 		 458 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0594859  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1725  L-serine ammonia-lyase  58.1 
 
 		 458 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0395889 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2402  L-serine dehydratase 1  58.87 
 
 		 458 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000825911  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71060  L-serine dehydratase  60.86 
 
 		 458 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3144  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  59.1 
 
 		 458 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0920  L-serine ammonia-lyase  59.87 
 
 		 458 aa  537  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2570  L-serine dehydratase 1  58.42 
 
 		 458 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1946  L-serine dehydratase 1  58.13 
 
 		 458 aa  536  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6165  L-serine dehydratase  60.65 
 
 		 485 aa  537  1e-151  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137181  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2900  L-serine dehydratase 1  59.14 
 
 		 458 aa  534  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2838  L-serine ammonia-lyase  57.88 
 
 		 458 aa  532  1e-150  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.947815  hitchhiker  0.0000107679 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2711  L-serine dehydratase 1  59.23 
 
 		 458 aa  532  1e-150  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.468733 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1538  L-serine dehydratase 1  57.67 
 
 		 458 aa  532  1e-150  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00324731  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>