More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2940 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01784  L-serine deaminase I  74.72 
 
 		 454 aa  720    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02642  L-serine deaminase II  72.09 
 
 		 455 aa  698    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02979  L-serine dehydratase 3  69.25 
 
 		 454 aa  652    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0591  L-serine dehydratase 1  69.03 
 
 		 454 aa  650    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0891  L-serine dehydratase 1  71.87 
 
 		 455 aa  696    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0393995  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1829  L-serine dehydratase 1  74.72 
 
 		 454 aa  720    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.693137  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2027  L-serine ammonia-lyase  73.61 
 
 		 454 aa  711    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.674197 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1305  L-serine ammonia-lyase  73.84 
 
 		 454 aa  713    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0226237  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2941  L-serine ammonia-lyase  71.87 
 
 		 455 aa  695    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.73805  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3250  L-serine dehydratase 1  69.67 
 
 		 455 aa  686    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.648772  normal  0.619841 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2383  L-serine ammonia-lyase  74.94 
 
 		 454 aa  732    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2019  L-serine dehydratase 1  72.35 
 
 		 454 aa  695    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2937  L-serine ammonia-lyase 2  71.87 
 
 		 455 aa  696    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.427341  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02604  hypothetical protein  72.09 
 
 		 455 aa  698    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3179  L-serine ammonia-lyase  70.99 
 
 		 455 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.434034 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0586  L-serine dehydratase 1  69.25 
 
 		 454 aa  652    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1970  L-serine ammonia-lyase  73.84 
 
 		 454 aa  712    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.328671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0740  L-serine dehydratase 1  70.73 
 
 		 455 aa  645    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1985  L-serine dehydratase 1  72.28 
 
 		 453 aa  701    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1629  L-serine dehydratase 1  70.26 
 
 		 455 aa  664    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.815804  hitchhiker  0.00237889 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2810  L-serine dehydratase 1  74.5 
 
 		 461 aa  731    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0522792 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1343  L-serine dehydratase 1  70.8 
 
 		 453 aa  677    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3294  L-serine ammonia-lyase  70.99 
 
 		 455 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.437484  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1928  L-serine dehydratase 1  75.39 
 
 		 454 aa  739    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.38785  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3408  L-serine ammonia-lyase TdcG  69.25 
 
 		 456 aa  652    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3535  L-serine ammonia-lyase  69.25 
 
 		 454 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1904  L-serine dehydratase 1  74.72 
 
 		 454 aa  720    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02930  hypothetical protein  69.25 
 
 		 454 aa  652    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01772  hypothetical protein  74.72 
 
 		 454 aa  720    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3598  L-serine ammonia-lyase  69.47 
 
 		 454 aa  655    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.842995  normal  0.929959 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4061  L-serine ammonia-lyase 2  71.87 
 
 		 455 aa  694    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.830001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003155  L-serine dehydratase  70.13 
 
 		 453 aa  678    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.225865  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1241  L-serine dehydratase 1  87.28 
 
 		 456 aa  841    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.341866  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1374  L-serine ammonia-lyase 1  74.72 
 
 		 454 aa  720    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.779144  normal  0.0170145 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3131  L-serine ammonia-lyase  70.99 
 
 		 455 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3431  L-serine ammonia-lyase  69.47 
 
 		 454 aa  653    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0915  L-serine dehydratase 1  71.87 
 
 		 455 aa  695    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4425  L-serine ammonia-lyase TdcG  68.81 
 
 		 456 aa  647    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0305436 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3428  L-serine ammonia-lyase  69.03 
 
 		 454 aa  652    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3102  L-serine dehydratase 2  72.09 
 
 		 455 aa  698    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3586  L-serine dehydratase tdcG  69.25 
 
 		 454 aa  652    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1490  L-serine ammonia-lyase  73.84 
 
 		 454 aa  712    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2451  L-serine dehydratase 1  75.17 
 
 		 454 aa  725    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3300  L-serine ammonia-lyase  69.25 
 
 		 454 aa  652    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2042  L-serine dehydratase 1  74.72 
 
 		 454 aa  720    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.247567  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0918  L-serine dehydratase 1  70.8 
 
 		 453 aa  682    Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189103  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3194  L-serine ammonia-lyase  70.99 
 
 		 455 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.500891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1966  L-serine ammonia-lyase  73.84 
 
 		 454 aa  713    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1638  L-serine dehydratase  75.39 
 
 		 454 aa  727    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3502  L-serine ammonia-lyase  69.47 
 
 		 454 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1819  L-serine dehydratase 1  74.72 
 
 		 454 aa  720    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.561411  normal  0.687131 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2543  L-serine ammonia-lyase 1  74.72 
 
 		 454 aa  721    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.263173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01908  L-serine dehydratase 1  69.69 
 
 		 453 aa  672    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2940  L-serine dehydratase 1  100 
 
 		 455 aa  946    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.544189  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2075  L-serine ammonia-lyase 1  74.72 
 
 		 454 aa  719    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3114  L-serine ammonia-lyase  70.99 
 
 		 455 aa  677    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.6475  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2355  L-serine ammonia-lyase  75.17 
 
 		 454 aa  725    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.615532  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2223  L-serine dehydratase 1  75.39 
 
 		 454 aa  737    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3075  L-serine ammonia-lyase 2  71.87 
 
 		 455 aa  696    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.260671  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2667  L-serine dehydratase 1  87.72 
 
 		 456 aa  843    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3245  L-serine ammonia-lyase TdcG  69.25 
 
 		 454 aa  652    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.346654  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0687  L-serine dehydratase 1  65.64 
 
 		 453 aa  633  1e-180  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0864  L-serine dehydratase 1  66.59 
 
 		 455 aa  628  1e-179  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0859  L-serine ammonia-lyase  66.59 
 
 		 455 aa  624  1e-178  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0772  L-serine dehydratase 1  65.63 
 
 		 455 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2771  L-serine ammonia-lyase  64.47 
 
 		 464 aa  596  1e-169  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3617  L-serine ammonia-lyase  55.53 
 
 		 458 aa  519  1e-146  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0736152  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2402  L-serine dehydratase 1  54.68 
 
 		 458 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000825911  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2248  L-serine dehydratase 1  54.03 
 
 		 458 aa  511  1e-144  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1804  L-serine ammonia-lyase  54.25 
 
 		 458 aa  512  1e-144  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.731285 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2171  L-serine dehydratase 1  53.81 
 
 		 458 aa  509  1e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.633035  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1725  L-serine ammonia-lyase  54.25 
 
 		 458 aa  511  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0395889 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2295  L-serine ammonia-lyase  54.25 
 
 		 458 aa  511  1e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1538  L-serine dehydratase 1  54.25 
 
 		 458 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00324731  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1806  L-serine dehydratase 1  53.38 
 
 		 458 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  normal  0.0255188 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2406  L-serine dehydratase 1  52.72 
 
 		 458 aa  504  1e-141  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1625  L-serine dehydratase 1  54.03 
 
 		 458 aa  502  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0594859  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1942  L-serine dehydratase 1  52.72 
 
 		 458 aa  504  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0383387  normal  0.499337 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1946  L-serine dehydratase 1  53.38 
 
 		 458 aa  501  1e-141  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0608  L-serine dehydratase 1  54.55 
 
 		 476 aa  504  1e-141  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01946  L-serine dehydratase 1  53.26 
 
 		 457 aa  501  1e-141  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0568801  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1325  L-serine ammonia-lyase  53.38 
 
 		 458 aa  502  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.138393 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2417  L-serine dehydratase 1  52.72 
 
 		 458 aa  504  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2524  L-serine dehydratase 1  52.72 
 
 		 458 aa  504  1e-141  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.418304  normal  0.713619 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2838  L-serine ammonia-lyase  52.94 
 
 		 458 aa  500  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.947815  hitchhiker  0.0000107679 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04899  L-serine dehydratase  54.99 
 
 		 456 aa  498  1e-140  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000749  L-serine dehydratase  54.32 
 
 		 456 aa  497  1e-139  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360037  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  54.05 
 
 		 458 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  52.94 
 
 		 468 aa  491  1e-137  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1077  L-serine dehydratase  54.2 
 
 		 458 aa  489  1e-137  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04817  L-serine deaminase  55.09 
 
 		 456 aa  489  1e-137  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  53.17 
 
 		 458 aa  484  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1625  L-serine dehydratase 1  51.09 
 
 		 457 aa  486  1e-136  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33030  L-serine dehydratase  53.17 
 
 		 458 aa  481  1e-135  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.518916  hitchhiker  0.000319155 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  52.95 
 
 		 458 aa  481  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  52.07 
 
 		 460 aa  481  1e-134  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2808  L-serine dehydratase  52.95 
 
 		 469 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255142  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1024  L-serine dehydratase 1  52.74 
 
 		 458 aa  480  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.846352 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3256  L-serine dehydratase 1  52.77 
 
 		 456 aa  480  1e-134  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3015  L-serine dehydratase 1  53.23 
 
 		 462 aa  477  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>