More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0116 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_0116  L-serine dehydratase 1  100 
 
 		 460 aa  945    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.117006  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  58.8 
 
 		 463 aa  539  9.999999999999999e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0112  L-serine dehydratase 1  58.19 
 
 		 462 aa  531  1e-149  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  58.58 
 
 		 463 aa  528  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4369  L-serine ammonia-lyase  56.96 
 
 		 464 aa  529  1e-149  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0215032  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0095  L-serine ammonia-lyase  58.41 
 
 		 462 aa  531  1e-149  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  57.45 
 
 		 468 aa  523  1e-147  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  56.74 
 
 		 457 aa  524  1e-147  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  55.91 
 
 		 462 aa  519  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6540  L-serine dehydratase 1  57.92 
 
 		 459 aa  520  1e-146  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00743621  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0679  L-serine dehydratase 1  55.82 
 
 		 460 aa  511  1e-144  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  57.11 
 
 		 460 aa  514  1e-144  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3225  L-serine dehydratase 1  56.6 
 
 		 475 aa  513  1e-144  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.319975 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3015  L-serine dehydratase 1  57.3 
 
 		 462 aa  510  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33030  L-serine dehydratase  57.08 
 
 		 458 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.518916  hitchhiker  0.000319155 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0430  L-serine dehydratase 1  56.44 
 
 		 465 aa  505  9.999999999999999e-143  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16840  L-serine ammonia-lyase  54.13 
 
 		 458 aa  502  1e-141  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128912  normal  0.527215 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0518  L-serine dehydratase 1  56.65 
 
 		 465 aa  501  1e-141  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.166535  decreased coverage  0.000152397 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3884  L-serine dehydratase 1  56.22 
 
 		 462 aa  503  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2808  L-serine dehydratase  57.08 
 
 		 469 aa  503  1e-141  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255142  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  56.18 
 
 		 458 aa  504  1e-141  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  57.05 
 
 		 458 aa  500  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0155  L-serine dehydratase 1  57.51 
 
 		 462 aa  501  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3591  L-serine dehydratase 1  53.04 
 
 		 475 aa  496  1e-139  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2603  L-serine dehydratase 1  56.77 
 
 		 473 aa  498  1e-139  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3490  L-serine dehydratase 1  57.48 
 
 		 458 aa  495  1e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3333  L-serine ammonia-lyase  57.27 
 
 		 458 aa  498  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0052  L-serine ammonia-lyase  55.36 
 
 		 462 aa  497  1e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2913  L-serine dehydratase 1  57.3 
 
 		 462 aa  497  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  56.4 
 
 		 458 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6183  L-serine dehydratase 1  56.52 
 
 		 457 aa  496  1e-139  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0142  L-serine dehydratase 1  57.3 
 
 		 462 aa  497  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  56.68 
 
 		 458 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0302  L-serine ammonia-lyase  58.19 
 
 		 462 aa  496  1e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0987  L-serine dehydratase 1  56.25 
 
 		 458 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0139  L-serine dehydratase 1  56.87 
 
 		 462 aa  491  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3296  L-serine dehydratase  57.7 
 
 		 458 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3321  L-serine ammonia-lyase  57.08 
 
 		 462 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3483  L-serine ammonia-lyase  56.83 
 
 		 458 aa  493  9.999999999999999e-139  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1024  L-serine dehydratase 1  56.47 
 
 		 458 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.846352 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3056  L-serine ammonia-lyase  56.87 
 
 		 462 aa  490  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.541658  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2248  L-serine dehydratase 1  53.91 
 
 		 458 aa  489  1e-137  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2991  L-serine ammonia-lyase  56.87 
 
 		 462 aa  490  1e-137  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0131  L-serine ammonia-lyase  56.87 
 
 		 462 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3251  L-serine ammonia-lyase  56.65 
 
 		 462 aa  491  1e-137  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0082  L-serine ammonia-lyase  56.01 
 
 		 489 aa  488  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4002  L-serine ammonia-lyase  56.87 
 
 		 462 aa  490  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0141  L-serine dehydratase 1  57.08 
 
 		 462 aa  491  1e-137  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0129  L-serine dehydratase 1  57.08 
 
 		 462 aa  491  1e-137  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3314  L-serine ammonia-lyase  56.87 
 
 		 462 aa  490  1e-137  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.544154  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1546  L-serine ammonia-lyase  56.87 
 
 		 462 aa  490  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3164  L-serine dehydratase 1  57.48 
 
 		 458 aa  491  1e-137  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3931  L-serine ammonia-lyase  56.87 
 
 		 462 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.706313  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  55.41 
 
 		 470 aa  488  1e-136  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2171  L-serine dehydratase 1  53.48 
 
 		 458 aa  486  1e-136  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.633035  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1725  L-serine ammonia-lyase  53.48 
 
 		 458 aa  487  1e-136  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0395889 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1804  L-serine ammonia-lyase  53.48 
 
 		 458 aa  488  1e-136  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.731285 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2295  L-serine ammonia-lyase  53.48 
 
 		 458 aa  487  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6246  L-serine dehydratase 1  55.08 
 
 		 455 aa  485  1e-136  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.187309  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2406  L-serine dehydratase 1  53.7 
 
 		 458 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0518  L-serine dehydratase 1  56.37 
 
 		 457 aa  483  1e-135  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1806  L-serine dehydratase 1  54.01 
 
 		 458 aa  481  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  normal  0.0255188 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1084  L-serine dehydratase 1  53.89 
 
 		 472 aa  484  1e-135  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2402  L-serine dehydratase 1  53.15 
 
 		 458 aa  484  1e-135  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000825911  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1942  L-serine dehydratase 1  53.7 
 
 		 458 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0383387  normal  0.499337 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2524  L-serine dehydratase 1  53.7 
 
 		 458 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.418304  normal  0.713619 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2417  L-serine dehydratase 1  53.7 
 
 		 458 aa  484  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3617  L-serine ammonia-lyase  52.81 
 
 		 458 aa  481  1e-134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0736152  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2838  L-serine ammonia-lyase  53.48 
 
 		 458 aa  479  1e-134  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.947815  hitchhiker  0.0000107679 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1946  L-serine dehydratase 1  53.58 
 
 		 458 aa  479  1e-134  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1625  L-serine dehydratase 1  54.01 
 
 		 457 aa  479  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1625  L-serine dehydratase 1  53.48 
 
 		 458 aa  481  1e-134  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0594859  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2874  L-serine dehydratase 1  54.31 
 
 		 457 aa  477  1e-133  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.30844  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4831  L-serine ammonia-lyase  55.15 
 
 		 462 aa  477  1e-133  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0654  L-serine dehydratase 1  57.85 
 
 		 462 aa  478  1e-133  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.344045  normal  0.592232 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1473  L-serine ammonia-lyase  56.28 
 
 		 461 aa  475  1e-133  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0162786  normal  0.053495 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3620  L-serine dehydratase 1  53.71 
 
 		 467 aa  473  1e-132  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.294532  normal  0.0574017 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1754  L-serine ammonia-lyase  54.88 
 
 		 458 aa  474  1e-132  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.120711  normal  0.244789 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02760  L-serine ammonia-lyase  54.2 
 
 		 472 aa  471  1e-132  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2892  L-serine dehydratase 1  53.26 
 
 		 458 aa  474  1e-132  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.14665  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0292  L-serine dehydratase 1  56.28 
 
 		 459 aa  473  1e-132  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.247697 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1304  L-serine dehydratase 1  52.18 
 
 		 476 aa  473  1e-132  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00039374  normal  0.309635 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1538  L-serine dehydratase 1  51.96 
 
 		 458 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00324731  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1601  L-serine ammonia-lyase  53.85 
 
 		 464 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0897  L-serine dehydratase 1  52.17 
 
 		 450 aa  471  1.0000000000000001e-131  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.266509  normal  0.482369 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3598  L-serine ammonia-lyase  51.75 
 
 		 454 aa  469  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.842995  normal  0.929959 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3535  L-serine ammonia-lyase  52.19 
 
 		 454 aa  471  1.0000000000000001e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3431  L-serine ammonia-lyase  51.75 
 
 		 454 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2900  L-serine dehydratase 1  53.25 
 
 		 458 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0045  L-serine dehydratase  53.98 
 
 		 461 aa  465  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.388959 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01946  L-serine dehydratase 1  52.81 
 
 		 457 aa  465  9.999999999999999e-131  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0568801  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3502  L-serine ammonia-lyase  51.75 
 
 		 454 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3428  L-serine ammonia-lyase  51.97 
 
 		 454 aa  467  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1149  L-serine dehydratase 1  52.3 
 
 		 499 aa  467  9.999999999999999e-131  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5047  L-serine dehydratase 1  53.63 
 
 		 464 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.533739  normal  0.269496 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1325  L-serine ammonia-lyase  51.74 
 
 		 458 aa  466  9.999999999999999e-131  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.138393 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4357  L-serine dehydratase 1  58.73 
 
 		 462 aa  467  9.999999999999999e-131  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0854  hypothetical protein  51.19 
 
 		 458 aa  464  1e-129  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0828  hypothetical protein  51.19 
 
 		 458 aa  462  1e-129  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3334  L-serine dehydratase 1  53.65 
 
 		 462 aa  463  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.503028 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>