More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3112 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3112  serine dehydratase alpha chain  100 
 
 		 410 aa  856    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0667312  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0917  serine dehydratase alpha chain  48.74 
 
 		 406 aa  379  1e-104  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.365161  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0084  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  49 
 
 		 399 aa  370  1e-101  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.644978 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3111  L-serine ammonia-lyase  46.23 
 
 		 404 aa  364  1e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3034  L-serine ammonia-lyase  47.5 
 
 		 410 aa  358  9.999999999999999e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1327  serine dehydratase alpha chain  48.75 
 
 		 410 aa  353  2e-96  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00016553 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2070  serine dehydratase alpha chain  44.81 
 
 		 403 aa  336  5e-91  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1970  L-serine ammonia-lyase  41.59 
 
 		 454 aa  287  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.328671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1490  L-serine ammonia-lyase  41.37 
 
 		 454 aa  285  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2570  L-serine dehydratase 1  39.91 
 
 		 458 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2667  L-serine dehydratase 1  39.6 
 
 		 456 aa  283  4.0000000000000003e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2027  L-serine ammonia-lyase  41.15 
 
 		 454 aa  283  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.674197 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2940  L-serine dehydratase 1  39.56 
 
 		 455 aa  283  5.000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.544189  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  40.04 
 
 		 457 aa  283  5.000000000000001e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3144  L-serine dehydratase, iron-sulfur-dependent, single chain form  39.91 
 
 		 458 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1966  L-serine ammonia-lyase  41.37 
 
 		 454 aa  282  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1305  L-serine ammonia-lyase  41.37 
 
 		 454 aa  282  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0226237  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2383  L-serine ammonia-lyase  41.15 
 
 		 454 aa  281  2e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0897  L-serine dehydratase 1  40.67 
 
 		 450 aa  280  4e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.266509  normal  0.482369 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0918  L-serine dehydratase 1  39.42 
 
 		 453 aa  279  6e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189103  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2810  L-serine dehydratase 1  40 
 
 		 461 aa  278  9e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0522792 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  40.83 
 
 		 470 aa  278  1e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0687  L-serine dehydratase 1  39.64 
 
 		 453 aa  278  1e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01784  L-serine deaminase I  41.02 
 
 		 454 aa  277  2e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1829  L-serine dehydratase 1  41.02 
 
 		 454 aa  277  2e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.693137  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1149  L-serine dehydratase 1  39.49 
 
 		 499 aa  278  2e-73  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1819  L-serine dehydratase 1  41.02 
 
 		 454 aa  277  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.561411  normal  0.687131 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1374  L-serine ammonia-lyase 1  41.02 
 
 		 454 aa  277  2e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.779144  normal  0.0170145 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1343  L-serine dehydratase 1  39.56 
 
 		 453 aa  278  2e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01772  hypothetical protein  41.02 
 
 		 454 aa  277  2e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0772  L-serine dehydratase 1  40.94 
 
 		 455 aa  277  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2543  L-serine ammonia-lyase 1  41.02 
 
 		 454 aa  277  2e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.263173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1904  L-serine dehydratase 1  41.02 
 
 		 454 aa  277  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2042  L-serine dehydratase 1  41.02 
 
 		 454 aa  277  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.247567  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1638  L-serine dehydratase  40.27 
 
 		 454 aa  276  3e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3617  L-serine ammonia-lyase  41.15 
 
 		 458 aa  276  4e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0736152  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2451  L-serine dehydratase 1  40.27 
 
 		 454 aa  276  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2355  L-serine ammonia-lyase  40.27 
 
 		 454 aa  276  4e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.615532  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2075  L-serine ammonia-lyase 1  41.02 
 
 		 454 aa  276  4e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01946  L-serine dehydratase 1  39.43 
 
 		 457 aa  276  5e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0568801  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0891  L-serine dehydratase 1  39.69 
 
 		 455 aa  276  6e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0393995  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0518  L-serine dehydratase 1  41.87 
 
 		 457 aa  276  6e-73  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3075  L-serine ammonia-lyase 2  39.69 
 
 		 455 aa  276  7e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.260671  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2937  L-serine ammonia-lyase 2  39.69 
 
 		 455 aa  276  7e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.427341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2900  L-serine dehydratase 1  39.69 
 
 		 458 aa  276  7e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1241  L-serine dehydratase 1  39.21 
 
 		 456 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.341866  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2711  L-serine dehydratase 1  39.47 
 
 		 458 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.468733 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02642  L-serine deaminase II  39.47 
 
 		 455 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02604  hypothetical protein  39.47 
 
 		 455 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3102  L-serine dehydratase 2  39.47 
 
 		 455 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5758  L-serine dehydratase 1  39.96 
 
 		 475 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.302413 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4061  L-serine ammonia-lyase 2  39.69 
 
 		 455 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.830001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0915  L-serine dehydratase 1  39.47 
 
 		 455 aa  274  3e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2941  L-serine ammonia-lyase  39.47 
 
 		 455 aa  274  3e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.73805  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1803  L-serine dehydratase 1  41.78 
 
 		 456 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1985  L-serine dehydratase 1  40.09 
 
 		 453 aa  273  6e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0239  L-serine dehydratase 1  39.96 
 
 		 475 aa  272  7e-72  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.180472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1625  L-serine dehydratase 1  38.94 
 
 		 457 aa  272  1e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1629  L-serine dehydratase 1  39.73 
 
 		 455 aa  271  2e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.815804  hitchhiker  0.00237889 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  40.13 
 
 		 458 aa  271  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01908  L-serine dehydratase 1  38.89 
 
 		 453 aa  271  2e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  41.48 
 
 		 462 aa  271  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0116  L-serine dehydratase 1  40.58 
 
 		 460 aa  270  2e-71  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.117006  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003155  L-serine dehydratase  38.67 
 
 		 453 aa  270  2.9999999999999997e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.225865  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1928  L-serine dehydratase 1  39.34 
 
 		 454 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.38785  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  39.47 
 
 		 458 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0987  L-serine dehydratase 1  39.51 
 
 		 458 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16840  L-serine ammonia-lyase  40.18 
 
 		 458 aa  270  4e-71  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128912  normal  0.527215 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1325  L-serine ammonia-lyase  39.91 
 
 		 458 aa  270  4e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.138393 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2223  L-serine dehydratase 1  38.65 
 
 		 454 aa  270  5e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1084  L-serine dehydratase 1  39.57 
 
 		 472 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1024  L-serine dehydratase 1  39.29 
 
 		 458 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.846352 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0854  hypothetical protein  41.32 
 
 		 458 aa  269  7e-71  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  39.06 
 
 		 458 aa  269  7e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0828  hypothetical protein  41.32 
 
 		 458 aa  269  8e-71  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  40.4 
 
 		 468 aa  269  8e-71  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1625  L-serine dehydratase 1  39.74 
 
 		 458 aa  268  1e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0594859  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2402  L-serine dehydratase 1  39.69 
 
 		 458 aa  268  1e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000825911  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2771  L-serine ammonia-lyase  40.04 
 
 		 464 aa  268  1e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2808  L-serine dehydratase  38.89 
 
 		 469 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255142  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2248  L-serine dehydratase 1  38.83 
 
 		 458 aa  267  2e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3038  L-serine ammonia-lyase  41.15 
 
 		 459 aa  267  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.883779 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3431  L-serine ammonia-lyase  38.72 
 
 		 454 aa  268  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33030  L-serine dehydratase  39.29 
 
 		 458 aa  268  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.518916  hitchhiker  0.000319155 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3598  L-serine ammonia-lyase  38.72 
 
 		 454 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.842995  normal  0.929959 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1196  L-serine ammonia-lyase  40.78 
 
 		 477 aa  267  2.9999999999999995e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.741628  normal  0.114508 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6540  L-serine dehydratase 1  38.86 
 
 		 459 aa  267  2.9999999999999995e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00743621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3502  L-serine ammonia-lyase  38.72 
 
 		 454 aa  267  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0095  L-serine ammonia-lyase  39.48 
 
 		 462 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  40.62 
 
 		 460 aa  266  4e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  40.7 
 
 		 463 aa  266  4e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3535  L-serine ammonia-lyase  38.72 
 
 		 454 aa  266  5e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3408  L-serine ammonia-lyase TdcG  39.33 
 
 		 456 aa  266  5e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1804  L-serine ammonia-lyase  39.35 
 
 		 458 aa  266  5e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.731285 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2295  L-serine ammonia-lyase  39.35 
 
 		 458 aa  266  5e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3245  L-serine ammonia-lyase TdcG  39.33 
 
 		 454 aa  266  5.999999999999999e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.346654  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3586  L-serine dehydratase tdcG  39.33 
 
 		 454 aa  266  5.999999999999999e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0527  L-serine dehydratase 1  39.96 
 
 		 459 aa  266  7e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0112  L-serine dehydratase 1  39.26 
 
 		 462 aa  265  7e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  39.74 
 
 		 458 aa  266  7e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>