More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_2223 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01784  L-serine deaminase I  84.36 
 
 
454 aa  811    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02642  L-serine deaminase II  76.48 
 
 
455 aa  733    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02979  L-serine dehydratase 3  72.85 
 
 
454 aa  678    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0591  L-serine dehydratase 1  72.63 
 
 
454 aa  676    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0891  L-serine dehydratase 1  76.26 
 
 
455 aa  731    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0393995  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1829  L-serine dehydratase 1  84.36 
 
 
454 aa  811    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.693137  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3179  L-serine ammonia-lyase  76.04 
 
 
455 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.434034 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4061  L-serine ammonia-lyase 2  76.26 
 
 
455 aa  728    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.830001  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1490  L-serine ammonia-lyase  85.68 
 
 
454 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2941  L-serine ammonia-lyase  76.48 
 
 
455 aa  733    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.73805  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0740  L-serine dehydratase 1  70.07 
 
 
455 aa  647    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3294  L-serine ammonia-lyase  76.04 
 
 
455 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.437484  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3502  L-serine ammonia-lyase  72.85 
 
 
454 aa  683    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3114  L-serine ammonia-lyase  76.04 
 
 
455 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.6475  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1985  L-serine dehydratase 1  84.36 
 
 
453 aa  807    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01908  L-serine dehydratase 1  73.29 
 
 
453 aa  707    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2019  L-serine dehydratase 1  83.96 
 
 
454 aa  793    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1966  L-serine ammonia-lyase  85.68 
 
 
454 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2383  L-serine ammonia-lyase  86.12 
 
 
454 aa  824    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3428  L-serine ammonia-lyase  72.41 
 
 
454 aa  681    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3250  L-serine dehydratase 1  75.38 
 
 
455 aa  724    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.648772  normal  0.619841 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0586  L-serine dehydratase 1  72.85 
 
 
454 aa  678    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2810  L-serine dehydratase 1  87.22 
 
 
461 aa  841    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0522792 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1629  L-serine dehydratase 1  78.05 
 
 
455 aa  721    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.815804  hitchhiker  0.00237889 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02604  hypothetical protein  76.48 
 
 
455 aa  733    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3245  L-serine ammonia-lyase TdcG  72.63 
 
 
454 aa  676    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.346654  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3598  L-serine ammonia-lyase  72.85 
 
 
454 aa  682    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.842995  normal  0.929959 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1638  L-serine dehydratase  86.09 
 
 
454 aa  825    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1343  L-serine dehydratase 1  73.07 
 
 
453 aa  701    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02930  hypothetical protein  72.85 
 
 
454 aa  678    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4425  L-serine ammonia-lyase TdcG  72.63 
 
 
456 aa  676    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0305436 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0915  L-serine dehydratase 1  76.48 
 
 
455 aa  733    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0864  L-serine dehydratase 1  66.96 
 
 
455 aa  634    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1305  L-serine ammonia-lyase  85.68 
 
 
454 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0226237  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1904  L-serine dehydratase 1  84.36 
 
 
454 aa  811    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1241  L-serine dehydratase 1  75 
 
 
456 aa  719    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.341866  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2075  L-serine ammonia-lyase 1  84.14 
 
 
454 aa  809    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1819  L-serine dehydratase 1  84.36 
 
 
454 aa  811    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.561411  normal  0.687131 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1970  L-serine ammonia-lyase  85.46 
 
 
454 aa  814    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.328671  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2940  L-serine dehydratase 1  75.39 
 
 
455 aa  737    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.544189  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2223  L-serine dehydratase 1  100 
 
 
454 aa  942    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3131  L-serine ammonia-lyase  76.04 
 
 
455 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.205124 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2543  L-serine ammonia-lyase 1  84.14 
 
 
454 aa  810    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.263173  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2937  L-serine ammonia-lyase 2  76.26 
 
 
455 aa  731    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.427341  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3102  L-serine dehydratase 2  76.48 
 
 
455 aa  733    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2027  L-serine ammonia-lyase  85.46 
 
 
454 aa  814    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.674197 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3075  L-serine ammonia-lyase 2  76.48 
 
 
455 aa  733    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.260671  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2042  L-serine dehydratase 1  84.36 
 
 
454 aa  811    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.247567  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0859  L-serine ammonia-lyase  68.07 
 
 
455 aa  638    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0918  L-serine dehydratase 1  74.17 
 
 
453 aa  711    Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189103  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0687  L-serine dehydratase 1  67.99 
 
 
453 aa  651    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3194  L-serine ammonia-lyase  76.26 
 
 
455 aa  710    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.500891  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003155  L-serine dehydratase  73.73 
 
 
453 aa  704    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.225865  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3535  L-serine ammonia-lyase  72.63 
 
 
454 aa  681    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3300  L-serine ammonia-lyase  72.85 
 
 
454 aa  678    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2355  L-serine ammonia-lyase  86.09 
 
 
454 aa  825    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.615532  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01772  hypothetical protein  84.36 
 
 
454 aa  811    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1374  L-serine ammonia-lyase 1  84.36 
 
 
454 aa  811    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.779144  normal  0.0170145 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1928  L-serine dehydratase 1  97.8 
 
 
454 aa  926    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.38785  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3431  L-serine ammonia-lyase  72.63 
 
 
454 aa  680    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2667  L-serine dehydratase 1  75.22 
 
 
456 aa  729    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3408  L-serine ammonia-lyase TdcG  72.63 
 
 
456 aa  676    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2451  L-serine dehydratase 1  86.09 
 
 
454 aa  825    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3586  L-serine dehydratase tdcG  72.63 
 
 
454 aa  676    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0772  L-serine dehydratase 1  65.85 
 
 
455 aa  627  1e-178  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2771  L-serine ammonia-lyase  65.79 
 
 
464 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0608  L-serine dehydratase 1  58.85 
 
 
476 aa  532  1e-150  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3617  L-serine ammonia-lyase  56.55 
 
 
458 aa  528  1e-149  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0736152  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1806  L-serine dehydratase 1  57.73 
 
 
458 aa  531  1e-149  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  normal  0.0255188 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1325  L-serine ammonia-lyase  56.86 
 
 
458 aa  528  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.138393 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2838  L-serine ammonia-lyase  56.86 
 
 
458 aa  526  1e-148  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.947815  hitchhiker  0.0000107679 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2402  L-serine dehydratase 1  56.64 
 
 
458 aa  525  1e-148  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000825911  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2171  L-serine dehydratase 1  56.43 
 
 
458 aa  523  1e-147  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.633035  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01946  L-serine dehydratase 1  56.24 
 
 
457 aa  521  1e-147  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0568801  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1625  L-serine dehydratase 1  56.67 
 
 
457 aa  521  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000749  L-serine dehydratase  56.76 
 
 
456 aa  521  1e-147  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.360037  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2248  L-serine dehydratase 1  55.77 
 
 
458 aa  521  1e-146  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1725  L-serine ammonia-lyase  55.77 
 
 
458 aa  520  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0395889 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1804  L-serine ammonia-lyase  55.77 
 
 
458 aa  520  1e-146  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.731285 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2295  L-serine ammonia-lyase  55.77 
 
 
458 aa  520  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1625  L-serine dehydratase 1  56.43 
 
 
458 aa  517  1.0000000000000001e-145  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0594859  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2406  L-serine dehydratase 1  55.56 
 
 
458 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04899  L-serine dehydratase  57.17 
 
 
456 aa  517  1.0000000000000001e-145  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1942  L-serine dehydratase 1  55.56 
 
 
458 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0383387  normal  0.499337 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2524  L-serine dehydratase 1  55.56 
 
 
458 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.418304  normal  0.713619 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2417  L-serine dehydratase 1  55.56 
 
 
458 aa  518  1.0000000000000001e-145  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1946  L-serine dehydratase 1  55.77 
 
 
458 aa  514  1e-144  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1538  L-serine dehydratase 1  55.56 
 
 
458 aa  513  1e-144  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00324731  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04817  L-serine deaminase  56.86 
 
 
456 aa  506  9.999999999999999e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1077  L-serine dehydratase  56.73 
 
 
458 aa  504  1e-141  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3256  L-serine dehydratase 1  54.55 
 
 
456 aa  504  1e-141  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  55.29 
 
 
458 aa  494  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  54.98 
 
 
463 aa  495  1e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0423  L-serine dehydratase 1  54.83 
 
 
470 aa  489  1e-137  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.149927  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  52.63 
 
 
468 aa  488  1e-137  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0430  L-serine dehydratase 1  55.15 
 
 
465 aa  487  1e-136  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0518  L-serine dehydratase 1  55.36 
 
 
465 aa  487  1e-136  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.166535  decreased coverage  0.000152397 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  53.71 
 
 
462 aa  485  1e-136  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  53.83 
 
 
460 aa  488  1e-136  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4369  L-serine ammonia-lyase  53.48 
 
 
464 aa  483  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0215032  normal  0.503505 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>