More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1625 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_2248  L-serine dehydratase 1  85.37 
 
 		 458 aa  827    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1538  L-serine dehydratase 1  85.15 
 
 		 458 aa  816    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00324731  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1625  L-serine dehydratase 1  100 
 
 		 458 aa  948    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0594859  normal  0.120267 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2838  L-serine ammonia-lyase  84.93 
 
 		 458 aa  825    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.947815  hitchhiker  0.0000107679 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1946  L-serine dehydratase 1  83.84 
 
 		 458 aa  805    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1625  L-serine dehydratase 1  67.54 
 
 		 457 aa  651    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.701794  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2171  L-serine dehydratase 1  84.5 
 
 		 458 aa  812    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.633035  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1725  L-serine ammonia-lyase  85.59 
 
 		 458 aa  828    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0395889 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1804  L-serine ammonia-lyase  85.81 
 
 		 458 aa  830    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.731285 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2402  L-serine dehydratase 1  84.5 
 
 		 458 aa  812    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000825911  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2524  L-serine dehydratase 1  83.84 
 
 		 458 aa  808    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.418304  normal  0.713619 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1806  L-serine dehydratase 1  86.24 
 
 		 458 aa  833    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0700873  normal  0.0255188 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2295  L-serine ammonia-lyase  85.81 
 
 		 458 aa  831    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1325  L-serine ammonia-lyase  83.19 
 
 		 458 aa  810    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.138393 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1942  L-serine dehydratase 1  83.84 
 
 		 458 aa  808    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0383387  normal  0.499337 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2406  L-serine dehydratase 1  83.84 
 
 		 458 aa  808    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2417  L-serine dehydratase 1  83.84 
 
 		 458 aa  808    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01946  L-serine dehydratase 1  65.36 
 
 		 457 aa  625  1e-178  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0568801  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3617  L-serine ammonia-lyase  64.86 
 
 		 458 aa  605  9.999999999999999e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0736152  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6540  L-serine dehydratase 1  60.57 
 
 		 459 aa  556  1e-157  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00743621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3700  L-serine ammonia-lyase  58.53 
 
 		 457 aa  553  1e-156  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2892  L-serine dehydratase 1  59.69 
 
 		 458 aa  549  1e-155  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.14665  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3591  L-serine dehydratase 1  57.5 
 
 		 475 aa  549  1e-155  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01684  L-serine ammonia-lyase  59.13 
 
 		 468 aa  545  1e-154  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.737007  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2603  L-serine dehydratase 1  60.35 
 
 		 473 aa  543  1e-153  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4393  L-serine ammonia-lyase  60.04 
 
 		 458 aa  544  1e-153  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2808  L-serine dehydratase  59.61 
 
 		 469 aa  543  1e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.255142  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0679  L-serine dehydratase 1  58.1 
 
 		 460 aa  543  1e-153  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26040  L-serine dehydratase  60.34 
 
 		 458 aa  543  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0992  L-serine dehydratase 1  60.57 
 
 		 458 aa  541  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3047  L-serine dehydratase 1  58.13 
 
 		 460 aa  540  9.999999999999999e-153  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3483  L-serine ammonia-lyase  59.83 
 
 		 458 aa  538  9.999999999999999e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4231  L-serine dehydratase 1  59.4 
 
 		 458 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33030  L-serine dehydratase  59.4 
 
 		 458 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.518916  hitchhiker  0.000319155 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0518  L-serine dehydratase 1  60.17 
 
 		 465 aa  539  9.999999999999999e-153  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.166535  decreased coverage  0.000152397 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0329  L-serine dehydratase 1  58.19 
 
 		 463 aa  539  9.999999999999999e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3296  L-serine dehydratase  59.69 
 
 		 458 aa  537  1e-151  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0430  L-serine dehydratase 1  58.55 
 
 		 465 aa  536  1e-151  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1024  L-serine dehydratase 1  59.18 
 
 		 458 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.846352 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6183  L-serine dehydratase 1  59.4 
 
 		 457 aa  537  1e-151  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3490  L-serine dehydratase 1  59.18 
 
 		 458 aa  535  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1754  L-serine ammonia-lyase  59.69 
 
 		 458 aa  535  1e-151  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.120711  normal  0.244789 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0987  L-serine dehydratase 1  59.18 
 
 		 458 aa  535  1e-150  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3164  L-serine dehydratase 1  58.96 
 
 		 458 aa  533  1e-150  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3333  L-serine ammonia-lyase  59.04 
 
 		 458 aa  533  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1429  L-serine ammonia-lyase  58.41 
 
 		 463 aa  533  1e-150  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6246  L-serine dehydratase 1  58.3 
 
 		 455 aa  530  1e-149  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.187309  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3620  L-serine dehydratase 1  57.83 
 
 		 467 aa  528  1e-149  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.294532  normal  0.0574017 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3015  L-serine dehydratase 1  56.68 
 
 		 462 aa  526  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4547  L-serine ammonia-lyase  56.96 
 
 		 462 aa  525  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3884  L-serine dehydratase 1  57.76 
 
 		 462 aa  524  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2019  L-serine dehydratase 1  56.43 
 
 		 454 aa  521  1e-147  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1304  L-serine dehydratase 1  56.25 
 
 		 476 aa  521  1e-147  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00039374  normal  0.309635 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01784  L-serine deaminase I  56.64 
 
 		 454 aa  521  1e-146  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1819  L-serine dehydratase 1  56.64 
 
 		 454 aa  521  1e-146  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.561411  normal  0.687131 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1829  L-serine dehydratase 1  56.64 
 
 		 454 aa  521  1e-146  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.693137  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1928  L-serine dehydratase 1  56.43 
 
 		 454 aa  520  1e-146  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.38785  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01772  hypothetical protein  56.64 
 
 		 454 aa  521  1e-146  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1985  L-serine dehydratase 1  56.55 
 
 		 453 aa  520  1e-146  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1305  L-serine ammonia-lyase  56.21 
 
 		 454 aa  519  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0226237  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1084  L-serine dehydratase 1  55.39 
 
 		 472 aa  519  1e-146  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0052  L-serine ammonia-lyase  57.11 
 
 		 462 aa  520  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2075  L-serine ammonia-lyase 1  56.64 
 
 		 454 aa  521  1e-146  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1966  L-serine ammonia-lyase  56.21 
 
 		 454 aa  519  1e-146  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2042  L-serine dehydratase 1  56.64 
 
 		 454 aa  521  1e-146  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.247567  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16840  L-serine ammonia-lyase  55.19 
 
 		 458 aa  521  1e-146  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.128912  normal  0.527215 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2543  L-serine ammonia-lyase 1  56.21 
 
 		 454 aa  520  1e-146  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.263173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1904  L-serine dehydratase 1  56.64 
 
 		 454 aa  521  1e-146  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1374  L-serine ammonia-lyase 1  56.64 
 
 		 454 aa  521  1e-146  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.779144  normal  0.0170145 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2027  L-serine ammonia-lyase  55.99 
 
 		 454 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.674197 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0918  L-serine dehydratase 1  55.58 
 
 		 453 aa  516  1.0000000000000001e-145  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000189103  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2223  L-serine dehydratase 1  56.43 
 
 		 454 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1343  L-serine dehydratase 1  55.58 
 
 		 453 aa  518  1.0000000000000001e-145  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1490  L-serine ammonia-lyase  55.99 
 
 		 454 aa  516  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1638  L-serine dehydratase  56.21 
 
 		 454 aa  515  1.0000000000000001e-145  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1970  L-serine ammonia-lyase  55.99 
 
 		 454 aa  515  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.328671  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2874  L-serine dehydratase 1  58.23 
 
 		 457 aa  513  1e-144  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.30844  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0045  L-serine dehydratase  55.84 
 
 		 461 aa  512  1e-144  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.388959 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0155  L-serine dehydratase 1  57.76 
 
 		 462 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2451  L-serine dehydratase 1  55.99 
 
 		 454 aa  513  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3321  L-serine ammonia-lyase  57.33 
 
 		 462 aa  512  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4369  L-serine ammonia-lyase  56.87 
 
 		 464 aa  513  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0215032  normal  0.503505 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02760  L-serine ammonia-lyase  56.36 
 
 		 472 aa  514  1e-144  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2810  L-serine dehydratase 1  55.34 
 
 		 461 aa  513  1e-144  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0522792 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2913  L-serine dehydratase 1  57.76 
 
 		 462 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0142  L-serine dehydratase 1  57.76 
 
 		 462 aa  514  1e-144  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2355  L-serine ammonia-lyase  55.99 
 
 		 454 aa  513  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.615532  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3503  L-serine dehydratase 1  56.06 
 
 		 461 aa  514  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0095  L-serine ammonia-lyase  56.3 
 
 		 462 aa  512  1e-144  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0891  L-serine dehydratase 1  55.12 
 
 		 455 aa  508  1e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0393995  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4831  L-serine ammonia-lyase  55.51 
 
 		 462 aa  509  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0485  L-serine ammonia-lyase  56.06 
 
 		 461 aa  508  1e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2383  L-serine ammonia-lyase  55.77 
 
 		 454 aa  511  1e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003155  L-serine dehydratase  55.36 
 
 		 453 aa  509  1e-143  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.225865  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0139  L-serine dehydratase 1  57.76 
 
 		 462 aa  510  1e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2941  L-serine ammonia-lyase  55.12 
 
 		 455 aa  509  1e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.73805  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0915  L-serine dehydratase 1  55.12 
 
 		 455 aa  509  1e-143  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01908  L-serine dehydratase 1  54.92 
 
 		 453 aa  510  1e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0112  L-serine dehydratase 1  55.87 
 
 		 462 aa  509  1e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3215  L-serine dehydratase 1  55.84 
 
 		 529 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>