93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4343 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4343  putative DNA topoisomerase, type I  100 
 
 		 465 aa  941    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.466096  normal  0.0120507 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1492  putative DNA topoisomerase, type I  51.78 
 
 		 406 aa  335  1e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.236582  normal  0.564948 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1320  putative DNA topoisomerase, type I  50.27 
 
 		 415 aa  327  4.0000000000000003e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.310759  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6487  DNA topoisomerase  51.82 
 
 		 342 aa  323  4e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5996  DNA topoisomerase, type I, putative  51.82 
 
 		 342 aa  323  5e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.963911  normal  0.289905 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5631  DNA topoisomerase, type I, putative  51.82 
 
 		 342 aa  323  5e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.646844  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5964  DNA topoisomerase  48.53 
 
 		 359 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0366811 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3640  DNA topoisomerase, type I, putative  47.8 
 
 		 336 aa  309  8e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169892  normal  0.477069 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6192  DNA topoisomerase, type I, putative  50.14 
 
 		 358 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5923  DNA topoisomerase  49.86 
 
 		 358 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.813187 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1974  putative DNA topoisomerase I  49.37 
 
 		 400 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.169196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5297  DNA topoisomerase  46.49 
 
 		 411 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.696955  normal  0.0424045 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2251  putative DNA topoisomerase I  48.74 
 
 		 400 aa  301  1e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1929  putative DNA topoisomerase I  49.06 
 
 		 401 aa  300  3e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0245783 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0757  putative DNA topoisomerase I  45.22 
 
 		 404 aa  300  3e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.864738 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5444  DNA topoisomerase  47.16 
 
 		 439 aa  296  5e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.585007 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5045  putative DNA topoisomerase I  48.43 
 
 		 389 aa  296  5e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.110319  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1162  putative DNA topoisomerase, type I  46.15 
 
 		 420 aa  294  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.554251 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1732  DNA topoisomerase  45.43 
 
 		 366 aa  293  3e-78  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.754109 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5352  putative DNA topoisomerase I  44.09 
 
 		 396 aa  293  5e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438245  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2773  hypothetical protein  45.51 
 
 		 397 aa  292  1e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3546  DNA topoisomerase  47.27 
 
 		 340 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0497199 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1939  DNA topoisomerase  47.08 
 
 		 340 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.915147 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3831  DNA topoisomerase  47.35 
 
 		 340 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35570  hypothetical protein  45.71 
 
 		 333 aa  288  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000834616 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2998  hypothetical protein  46.29 
 
 		 333 aa  286  4e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.850653  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0558  DNA topoisomerase, type I, putative  45.62 
 
 		 370 aa  286  5.999999999999999e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.807051 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3200  DNA topoisomerase  45.4 
 
 		 340 aa  284  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2775  DNA topoisomerase  44.89 
 
 		 341 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430877  normal  0.381387 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0745  hypothetical protein  44.41 
 
 		 356 aa  283  7.000000000000001e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4373  hypothetical protein  47.29 
 
 		 372 aa  282  1e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.372426  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2944  DNA topoisomerase, type I, putative  45.45 
 
 		 345 aa  281  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3998  putative DNA topoisomerase I  41.26 
 
 		 363 aa  279  6e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2976  DNA topoisomerase, type I, putative  45.34 
 
 		 351 aa  278  1e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0896688  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2759  DNA topoisomerase I  45.51 
 
 		 356 aa  277  2e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0066  hypothetical protein  48.25 
 
 		 352 aa  276  5e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3748  DNA topoisomerase  42.71 
 
 		 363 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1140  putative DNA topoisomerase I  44.97 
 
 		 382 aa  274  3e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.59923 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3425  DNA topoisomerase  44.73 
 
 		 392 aa  271  2e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5285  putative DNA topoisomerase I  41.41 
 
 		 371 aa  270  5e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313661  normal  0.942542 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3231  DNA topoisomerase  39.78 
 
 		 365 aa  268  1e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.245073  normal  0.694219 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0039  hypothetical protein  47.19 
 
 		 361 aa  263  4e-69  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.204308  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2594  hypothetical protein  41.67 
 
 		 350 aa  253  8.000000000000001e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4313  hypothetical protein  43.67 
 
 		 370 aa  251  3e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03321  DNA topoisomerase  46.71 
 
 		 417 aa  247  3e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2291  DNA topoisomerase IB  40.25 
 
 		 348 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0533881  normal  0.067771 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0864  topoisomerase IB-like protein  41.51 
 
 		 379 aa  242  9e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.990941  hitchhiker  0.00000103848 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2968  topoisomerase IB-like protein  42.02 
 
 		 344 aa  240  5e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.171665 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3186  DNA topoisomerase, type I, putative  40.28 
 
 		 366 aa  240  5e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.812354 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5876  putative DNA topoisomerase I protein  40.57 
 
 		 334 aa  237  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7273  DNA topoisomerase  42.67 
 
 		 322 aa  236  6e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0946  putative DNA topoisomerase I protein  43.34 
 
 		 344 aa  236  8e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2605  putative DNA topoisomerase I protein  43.03 
 
 		 335 aa  234  3e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6784  putative DNA topoisomerase I protein  39.89 
 
 		 335 aa  232  9e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4410  putative DNA topoisomerase I protein  38.5 
 
 		 372 aa  231  3e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017671  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0995  DNA topoisomerase  37.43 
 
 		 353 aa  226  9e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0837  DNA topoisomerase, type I, putative  41.12 
 
 		 375 aa  226  1e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1222  DNA topoisomerase  38.3 
 
 		 349 aa  225  1e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3368  topoisomerase IB-like protein  33.62 
 
 		 360 aa  222  9.999999999999999e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6633  hypothetical protein  40.98 
 
 		 337 aa  220  3.9999999999999997e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.13084 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09733  putative DNA topoisomerase I  36.39 
 
 		 361 aa  214  3.9999999999999995e-54  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.309621  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3430  DNA topoisomerase  42.77 
 
 		 342 aa  204  3e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0728  hypothetical protein  40.73 
 
 		 334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0278  putative DNA topoisomerase I protein  36.53 
 
 		 323 aa  194  2e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.402986 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01676  DNA topoisomerase  34.52 
 
 		 340 aa  192  7e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1709  type I topoisomerase  38.39 
 
 		 376 aa  191  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.732061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2115  DNA topoisomerase  36.57 
 
 		 338 aa  187  3e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134651  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5208  type I topoisomerase  36.33 
 
 		 333 aa  184  4.0000000000000006e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0334  hypothetical protein  36.13 
 
 		 395 aa  183  6e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.892369  normal  0.045652 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2058  type I topoisomerase, putative  37.92 
 
 		 349 aa  181  2e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.419584  normal  0.93712 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2946  topoisomerase IB-like protein  38.07 
 
 		 319 aa  181  2e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.361669  normal  0.0194958 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2791  hypothetical protein  34.74 
 
 		 332 aa  177  3e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0179136 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3091  hypothetical protein  33.96 
 
 		 336 aa  177  4e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1645  putative topoisomerase IB  38.38 
 
 		 326 aa  177  4e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0910813  normal  0.088661 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1279  hypothetical protein  35.56 
 
 		 339 aa  176  8e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220078  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1296  hypothetical protein  35.56 
 
 		 339 aa  176  8e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.300668  normal  0.124585 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4748  hypothetical protein  34.38 
 
 		 340 aa  175  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1308  hypothetical protein  35.24 
 
 		 339 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4311  DNA topoisomerase  36.72 
 
 		 340 aa  174  3.9999999999999995e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3038  type I topoisomerase  39.53 
 
 		 377 aa  172  1e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.136872  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1753  hypothetical protein  37.5 
 
 		 327 aa  172  2e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0700709 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3146  type I topoisomerase  39.2 
 
 		 381 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.139598  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2853  hypothetical protein  32.46 
 
 		 327 aa  168  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.866388  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1767  hypothetical protein  37.29 
 
 		 327 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24670  topoisomerase IB  35.78 
 
 		 331 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.112949  normal  0.189574 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1967  hypothetical protein  33.77 
 
 		 340 aa  164  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0761805  normal  0.132479 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1357  putative viral-like DNA topoisomerase  37.65 
 
 		 330 aa  159  1e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.180216  hitchhiker  0.0000165561 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2951  type I topoisomerase  38.54 
 
 		 372 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.27332  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4790  DNA topoisomerase IB  35.87 
 
 		 316 aa  154  2.9999999999999998e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1096  putative viral-like DNA topoisomerase  36.74 
 
 		 326 aa  147  6e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.273828  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1322  2-alkenal reductase  23.49 
 
 		 551 aa  53.5  0.000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000024346 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46944  DNA topoisomerase I  28.46 
 
 		 780 aa  45.4  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  decreased coverage  0.000227493  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI03280  topoisomerase I  25.41 
 
 		 881 aa  43.9  0.007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>