91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_5352 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_5352  putative DNA topoisomerase I  100 
 
 
396 aa  806    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438245  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5045  putative DNA topoisomerase I  85.71 
 
 
389 aa  662    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.110319  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2251  putative DNA topoisomerase I  68.62 
 
 
400 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1974  putative DNA topoisomerase I  68.37 
 
 
400 aa  559  1e-158  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.169196  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0757  putative DNA topoisomerase I  72.04 
 
 
404 aa  555  1e-157  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.864738 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1929  putative DNA topoisomerase I  72.5 
 
 
401 aa  552  1e-156  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0245783 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3998  putative DNA topoisomerase I  64.94 
 
 
363 aa  498  1e-140  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5285  putative DNA topoisomerase I  66.02 
 
 
371 aa  496  1e-139  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313661  normal  0.942542 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1732  DNA topoisomerase  65.41 
 
 
366 aa  474  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.754109 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1140  putative DNA topoisomerase I  54.03 
 
 
382 aa  390  1e-107  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.59923 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0558  DNA topoisomerase, type I, putative  53.91 
 
 
370 aa  383  1e-105  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.807051 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5297  DNA topoisomerase  55.96 
 
 
411 aa  363  3e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.696955  normal  0.0424045 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2775  DNA topoisomerase  55.3 
 
 
341 aa  356  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430877  normal  0.381387 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2773  hypothetical protein  49.42 
 
 
397 aa  347  2e-94  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4373  hypothetical protein  51.9 
 
 
372 aa  345  5e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.372426  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1939  DNA topoisomerase  50.6 
 
 
340 aa  345  8e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.915147 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3831  DNA topoisomerase  50.9 
 
 
340 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2759  DNA topoisomerase I  53.67 
 
 
356 aa  345  1e-93  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3640  DNA topoisomerase, type I, putative  55.33 
 
 
336 aa  344  2e-93  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169892  normal  0.477069 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3748  DNA topoisomerase  56.67 
 
 
363 aa  344  2e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3546  DNA topoisomerase  50.6 
 
 
340 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0497199 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2976  DNA topoisomerase, type I, putative  53.33 
 
 
351 aa  344  2e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0896688  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3200  DNA topoisomerase  49.85 
 
 
340 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2944  DNA topoisomerase, type I, putative  50.29 
 
 
345 aa  340  2e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0745  hypothetical protein  50.7 
 
 
356 aa  340  2.9999999999999998e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3425  DNA topoisomerase  55.67 
 
 
392 aa  339  5e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5996  DNA topoisomerase, type I, putative  51.81 
 
 
342 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.963911  normal  0.289905 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5631  DNA topoisomerase, type I, putative  51.81 
 
 
342 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.646844  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6487  DNA topoisomerase  51.81 
 
 
342 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5444  DNA topoisomerase  53.38 
 
 
439 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.585007 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6192  DNA topoisomerase, type I, putative  51.36 
 
 
358 aa  336  5e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702735  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1162  putative DNA topoisomerase, type I  49.29 
 
 
420 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.554251 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5923  DNA topoisomerase  51.06 
 
 
358 aa  335  7e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.813187 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5964  DNA topoisomerase  53.42 
 
 
359 aa  335  9e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0366811 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0864  topoisomerase IB-like protein  49.22 
 
 
379 aa  319  3.9999999999999996e-86  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.990941  hitchhiker  0.00000103848 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35570  hypothetical protein  49.1 
 
 
333 aa  316  5e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000834616 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0066  hypothetical protein  53.38 
 
 
352 aa  316  5e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3231  DNA topoisomerase  49.18 
 
 
365 aa  315  6e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.245073  normal  0.694219 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2998  hypothetical protein  49.1 
 
 
333 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.850653  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0039  hypothetical protein  47.33 
 
 
361 aa  311  9e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.204308  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1320  putative DNA topoisomerase, type I  48.7 
 
 
415 aa  308  8e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.310759  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2291  DNA topoisomerase IB  43.73 
 
 
348 aa  306  3e-82  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0533881  normal  0.067771 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4313  hypothetical protein  50.82 
 
 
370 aa  302  9e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1492  putative DNA topoisomerase, type I  51.62 
 
 
406 aa  301  1e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.236582  normal  0.564948 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4343  putative DNA topoisomerase, type I  44.09 
 
 
465 aa  289  6e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.466096  normal  0.0120507 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0837  DNA topoisomerase, type I, putative  44.93 
 
 
375 aa  288  1e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03321  DNA topoisomerase  46.88 
 
 
417 aa  283  4.0000000000000003e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2594  hypothetical protein  47.37 
 
 
350 aa  281  1e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0995  DNA topoisomerase  45.7 
 
 
353 aa  281  2e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7273  DNA topoisomerase  47.35 
 
 
322 aa  272  7e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09733  putative DNA topoisomerase I  41.48 
 
 
361 aa  266  5e-70  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.309621  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3186  DNA topoisomerase, type I, putative  42.41 
 
 
366 aa  263  4.999999999999999e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.812354 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5876  putative DNA topoisomerase I protein  42.14 
 
 
334 aa  260  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6784  putative DNA topoisomerase I protein  41.72 
 
 
335 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1222  DNA topoisomerase  37.82 
 
 
349 aa  258  1e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3368  topoisomerase IB-like protein  39 
 
 
360 aa  252  9.000000000000001e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1709  type I topoisomerase  42.94 
 
 
376 aa  249  6e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.732061  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4410  putative DNA topoisomerase I protein  40.95 
 
 
372 aa  249  7e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017671  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6633  hypothetical protein  43.75 
 
 
337 aa  243  3.9999999999999997e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.13084 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0946  putative DNA topoisomerase I protein  44.41 
 
 
344 aa  239  5e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2605  putative DNA topoisomerase I protein  43.93 
 
 
335 aa  237  3e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2058  type I topoisomerase, putative  46.05 
 
 
349 aa  236  5.0000000000000005e-61  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.419584  normal  0.93712 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2968  topoisomerase IB-like protein  41.98 
 
 
344 aa  236  6e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.171665 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2853  hypothetical protein  36.68 
 
 
327 aa  230  4e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.866388  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5208  type I topoisomerase  43.26 
 
 
333 aa  227  3e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2115  DNA topoisomerase  44.21 
 
 
338 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134651  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2791  hypothetical protein  40.19 
 
 
332 aa  225  8e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0179136 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3430  DNA topoisomerase  44.59 
 
 
342 aa  225  9e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3038  type I topoisomerase  42.42 
 
 
377 aa  222  8e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.136872  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3146  type I topoisomerase  42.73 
 
 
381 aa  222  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.139598  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3091  hypothetical protein  39.81 
 
 
336 aa  221  1.9999999999999999e-56  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0278  putative DNA topoisomerase I protein  39.39 
 
 
323 aa  218  1e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.402986 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24670  topoisomerase IB  37.81 
 
 
331 aa  211  1e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.112949  normal  0.189574 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0728  hypothetical protein  41.69 
 
 
334 aa  208  2e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1357  putative viral-like DNA topoisomerase  41.98 
 
 
330 aa  205  9e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.180216  hitchhiker  0.0000165561 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0334  hypothetical protein  37.7 
 
 
395 aa  202  6e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.892369  normal  0.045652 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4748  hypothetical protein  38.51 
 
 
340 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1753  hypothetical protein  40.78 
 
 
327 aa  201  3e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0700709 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2951  type I topoisomerase  41.9 
 
 
372 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.27332  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1096  putative viral-like DNA topoisomerase  41.4 
 
 
326 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.273828  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1645  putative topoisomerase IB  38.08 
 
 
326 aa  198  1.0000000000000001e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0910813  normal  0.088661 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1296  hypothetical protein  37.97 
 
 
339 aa  198  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.300668  normal  0.124585 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1279  hypothetical protein  37.97 
 
 
339 aa  198  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220078  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1308  hypothetical protein  37.63 
 
 
339 aa  197  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1967  hypothetical protein  37.67 
 
 
340 aa  194  2e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0761805  normal  0.132479 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4311  DNA topoisomerase  41.5 
 
 
340 aa  194  2e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1767  hypothetical protein  41.28 
 
 
327 aa  191  2e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01676  DNA topoisomerase  35 
 
 
340 aa  189  5.999999999999999e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4790  DNA topoisomerase IB  40.65 
 
 
316 aa  185  1.0000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2946  topoisomerase IB-like protein  38.11 
 
 
319 aa  184  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.361669  normal  0.0194958 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1322  2-alkenal reductase  30.77 
 
 
551 aa  60.1  0.00000006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000024346 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>