92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2946 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2946  topoisomerase IB-like protein  100 
 
 		 319 aa  625  1e-178  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.361669  normal  0.0194958 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2773  hypothetical protein  42.67 
 
 		 397 aa  205  7e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2775  DNA topoisomerase  41.19 
 
 		 341 aa  203  3e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430877  normal  0.381387 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1320  putative DNA topoisomerase, type I  41.89 
 
 		 415 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.310759  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2944  DNA topoisomerase, type I, putative  38.72 
 
 		 345 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5964  DNA topoisomerase  41.29 
 
 		 359 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0366811 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5996  DNA topoisomerase, type I, putative  42.77 
 
 		 342 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.963911  normal  0.289905 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5631  DNA topoisomerase, type I, putative  42.77 
 
 		 342 aa  195  7e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.646844  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6487  DNA topoisomerase  42.77 
 
 		 342 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1492  putative DNA topoisomerase, type I  40.47 
 
 		 406 aa  194  2e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.236582  normal  0.564948 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3546  DNA topoisomerase  39.44 
 
 		 340 aa  193  4e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0497199 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1929  putative DNA topoisomerase I  37.65 
 
 		 401 aa  193  4e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0245783 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3430  DNA topoisomerase  43.9 
 
 		 342 aa  193  4e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0278  putative DNA topoisomerase I protein  39.94 
 
 		 323 aa  192  6e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.402986 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1974  putative DNA topoisomerase I  37.35 
 
 		 400 aa  192  9e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.169196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2251  putative DNA topoisomerase I  37.35 
 
 		 400 aa  192  9e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3200  DNA topoisomerase  38.39 
 
 		 340 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4373  hypothetical protein  40.62 
 
 		 372 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.372426  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5045  putative DNA topoisomerase I  39.76 
 
 		 389 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.110319  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1939  DNA topoisomerase  39.01 
 
 		 340 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.915147 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3831  DNA topoisomerase  38.7 
 
 		 340 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2594  hypothetical protein  40.26 
 
 		 350 aa  189  5e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6784  putative DNA topoisomerase I protein  40.32 
 
 		 335 aa  189  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4410  putative DNA topoisomerase I protein  40.58 
 
 		 372 aa  189  7e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3998  putative DNA topoisomerase I  35.65 
 
 		 363 aa  188  9e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5876  putative DNA topoisomerase I protein  39.94 
 
 		 334 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5352  putative DNA topoisomerase I  38.11 
 
 		 396 aa  186  3e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438245  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5923  DNA topoisomerase  40.38 
 
 		 358 aa  186  5e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.813187 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6192  DNA topoisomerase, type I, putative  40.38 
 
 		 358 aa  185  7e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4313  hypothetical protein  40.6 
 
 		 370 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0558  DNA topoisomerase, type I, putative  36.2 
 
 		 370 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.807051 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0745  hypothetical protein  40.13 
 
 		 356 aa  182  6e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4343  putative DNA topoisomerase, type I  36.93 
 
 		 465 aa  182  8.000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.466096  normal  0.0120507 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5444  DNA topoisomerase  38.49 
 
 		 439 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.585007 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1222  DNA topoisomerase  34.24 
 
 		 349 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2759  DNA topoisomerase I  36.14 
 
 		 356 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2998  hypothetical protein  38.71 
 
 		 333 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.850653  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5297  DNA topoisomerase  39.73 
 
 		 411 aa  177  2e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.696955  normal  0.0424045 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1732  DNA topoisomerase  36.04 
 
 		 366 aa  177  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.754109 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2976  DNA topoisomerase, type I, putative  36.14 
 
 		 351 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0896688  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35570  hypothetical protein  38.39 
 
 		 333 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000834616 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2605  putative DNA topoisomerase I protein  41.25 
 
 		 335 aa  176  6e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1162  putative DNA topoisomerase, type I  37.85 
 
 		 420 aa  175  9e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.554251 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2968  topoisomerase IB-like protein  42.81 
 
 		 344 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.171665 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0946  putative DNA topoisomerase I protein  40.31 
 
 		 344 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0995  DNA topoisomerase  35.19 
 
 		 353 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6633  hypothetical protein  36.81 
 
 		 337 aa  172  5.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.13084 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3425  DNA topoisomerase  39.62 
 
 		 392 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0757  putative DNA topoisomerase I  36.14 
 
 		 404 aa  171  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.864738 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2291  DNA topoisomerase IB  33.77 
 
 		 348 aa  171  2e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0533881  normal  0.067771 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1753  hypothetical protein  41.61 
 
 		 327 aa  170  3e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0700709 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5285  putative DNA topoisomerase I  36.99 
 
 		 371 aa  169  4e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313661  normal  0.942542 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3231  DNA topoisomerase  32.72 
 
 		 365 aa  169  5e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.245073  normal  0.694219 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3748  DNA topoisomerase  38.87 
 
 		 363 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1140  putative DNA topoisomerase I  35.45 
 
 		 382 aa  167  2e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.59923 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3186  DNA topoisomerase, type I, putative  37.07 
 
 		 366 aa  166  4e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.812354 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3640  DNA topoisomerase, type I, putative  36.89 
 
 		 336 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169892  normal  0.477069 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3091  hypothetical protein  38.51 
 
 		 336 aa  165  1.0000000000000001e-39  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2115  DNA topoisomerase  39.78 
 
 		 338 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134651  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0039  hypothetical protein  36.76 
 
 		 361 aa  163  5.0000000000000005e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.204308  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0728  hypothetical protein  39.32 
 
 		 334 aa  162  7e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4748  hypothetical protein  36.09 
 
 		 340 aa  161  1e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0864  topoisomerase IB-like protein  34.24 
 
 		 379 aa  162  1e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.990941  hitchhiker  0.00000103848 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1967  hypothetical protein  35.37 
 
 		 340 aa  160  3e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0761805  normal  0.132479 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2791  hypothetical protein  39.53 
 
 		 332 aa  159  5e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0179136 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2058  type I topoisomerase, putative  39.79 
 
 		 349 aa  158  9e-38  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.419584  normal  0.93712 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1645  putative topoisomerase IB  39.3 
 
 		 326 aa  155  6e-37  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0910813  normal  0.088661 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4790  DNA topoisomerase IB  38.59 
 
 		 316 aa  155  6e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7273  DNA topoisomerase  36.43 
 
 		 322 aa  155  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1279  hypothetical protein  34.9 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220078  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1296  hypothetical protein  34.9 
 
 		 339 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.300668  normal  0.124585 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1308  hypothetical protein  34.56 
 
 		 339 aa  151  1e-35  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0837  DNA topoisomerase, type I, putative  32.72 
 
 		 375 aa  150  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24670  topoisomerase IB  37.75 
 
 		 331 aa  151  2e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.112949  normal  0.189574 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0066  hypothetical protein  37.59 
 
 		 352 aa  146  6e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0334  hypothetical protein  35.06 
 
 		 395 aa  146  6e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.892369  normal  0.045652 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1767  hypothetical protein  39.16 
 
 		 327 aa  145  9e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03321  DNA topoisomerase  35.69 
 
 		 417 aa  143  5e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01676  DNA topoisomerase  33.02 
 
 		 340 aa  138  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2853  hypothetical protein  30.53 
 
 		 327 aa  137  2e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.866388  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4311  DNA topoisomerase  36.84 
 
 		 340 aa  136  4e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5208  type I topoisomerase  32.89 
 
 		 333 aa  133  3.9999999999999996e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1357  putative viral-like DNA topoisomerase  36.42 
 
 		 330 aa  133  5e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.180216  hitchhiker  0.0000165561 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09733  putative DNA topoisomerase I  30.2 
 
 		 361 aa  132  6e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.309621  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3368  topoisomerase IB-like protein  29.45 
 
 		 360 aa  130  3e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1709  type I topoisomerase  34.29 
 
 		 376 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.732061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3038  type I topoisomerase  36.22 
 
 		 377 aa  125  9e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.136872  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3146  type I topoisomerase  35.9 
 
 		 381 aa  123  3e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.139598  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2951  type I topoisomerase  38.38 
 
 		 372 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.27332  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1096  putative viral-like DNA topoisomerase  35.51 
 
 		 326 aa  116  3.9999999999999997e-25  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.273828  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1322  2-alkenal reductase  25.7 
 
 		 551 aa  67  0.0000000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000024346 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00253  Topoisomerase I [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q875K2]  23.53 
 
 		 871 aa  45.8  0.001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.698045 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>