95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2759 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2976  DNA topoisomerase, type I, putative  95.99 
 
 		 351 aa  680    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0896688  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2759  DNA topoisomerase I  100 
 
 		 356 aa  738    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2944  DNA topoisomerase, type I, putative  72.59 
 
 		 345 aa  545  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3831  DNA topoisomerase  66.77 
 
 		 340 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1939  DNA topoisomerase  66.16 
 
 		 340 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.915147 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3546  DNA topoisomerase  65.85 
 
 		 340 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0497199 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3200  DNA topoisomerase  65.96 
 
 		 340 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2775  DNA topoisomerase  65.36 
 
 		 341 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430877  normal  0.381387 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3425  DNA topoisomerase  63 
 
 		 392 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5444  DNA topoisomerase  59.94 
 
 		 439 aa  424  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.585007 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3748  DNA topoisomerase  61.86 
 
 		 363 aa  427  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1162  putative DNA topoisomerase, type I  58.08 
 
 		 420 aa  424  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.554251 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6487  DNA topoisomerase  57.66 
 
 		 342 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5631  DNA topoisomerase, type I, putative  57.66 
 
 		 342 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.646844  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5996  DNA topoisomerase, type I, putative  57.66 
 
 		 342 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.963911  normal  0.289905 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5923  DNA topoisomerase  57.45 
 
 		 358 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.813187 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5297  DNA topoisomerase  54.13 
 
 		 411 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.696955  normal  0.0424045 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35570  hypothetical protein  59.63 
 
 		 333 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000834616 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2998  hypothetical protein  58.82 
 
 		 333 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.850653  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0745  hypothetical protein  56.05 
 
 		 356 aa  402  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6192  DNA topoisomerase, type I, putative  57.14 
 
 		 358 aa  404  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5964  DNA topoisomerase  56.7 
 
 		 359 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0366811 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2251  putative DNA topoisomerase I  56 
 
 		 400 aa  371  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1974  putative DNA topoisomerase I  55.67 
 
 		 400 aa  369  1e-101  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.169196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1929  putative DNA topoisomerase I  52.52 
 
 		 401 aa  369  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0245783 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4373  hypothetical protein  52.35 
 
 		 372 aa  366  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.372426  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0757  putative DNA topoisomerase I  54.33 
 
 		 404 aa  363  4e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.864738 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5285  putative DNA topoisomerase I  50.29 
 
 		 371 aa  360  2e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313661  normal  0.942542 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0558  DNA topoisomerase, type I, putative  51.3 
 
 		 370 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.807051 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5352  putative DNA topoisomerase I  53.67 
 
 		 396 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438245  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5045  putative DNA topoisomerase I  52.33 
 
 		 389 aa  352  7e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.110319  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1732  DNA topoisomerase  49.25 
 
 		 366 aa  347  1e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.754109 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3998  putative DNA topoisomerase I  47.43 
 
 		 363 aa  342  5e-93  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3640  DNA topoisomerase, type I, putative  51.04 
 
 		 336 aa  336  5e-91  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169892  normal  0.477069 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1140  putative DNA topoisomerase I  50 
 
 		 382 aa  335  5.999999999999999e-91  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.59923 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1492  putative DNA topoisomerase, type I  53.09 
 
 		 406 aa  328  1.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.236582  normal  0.564948 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2773  hypothetical protein  46.57 
 
 		 397 aa  316  4e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0066  hypothetical protein  50 
 
 		 352 aa  308  6.999999999999999e-83  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03321  DNA topoisomerase  47.88 
 
 		 417 aa  307  2.0000000000000002e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1320  putative DNA topoisomerase, type I  45.14 
 
 		 415 aa  306  3e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.310759  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0864  topoisomerase IB-like protein  44.48 
 
 		 379 aa  306  5.0000000000000004e-82  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.990941  hitchhiker  0.00000103848 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2291  DNA topoisomerase IB  43.95 
 
 		 348 aa  303  3.0000000000000004e-81  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0533881  normal  0.067771 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3231  DNA topoisomerase  41.83 
 
 		 365 aa  299  5e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.245073  normal  0.694219 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0837  DNA topoisomerase, type I, putative  43.39 
 
 		 375 aa  295  1e-78  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2594  hypothetical protein  46.77 
 
 		 350 aa  294  1e-78  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0039  hypothetical protein  46.71 
 
 		 361 aa  291  1e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.204308  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4343  putative DNA topoisomerase, type I  45.2 
 
 		 465 aa  280  3e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.466096  normal  0.0120507 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0995  DNA topoisomerase  45.25 
 
 		 353 aa  276  3e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3186  DNA topoisomerase, type I, putative  44.12 
 
 		 366 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.812354 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7273  DNA topoisomerase  44.84 
 
 		 322 aa  272  7e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4313  hypothetical protein  44.84 
 
 		 370 aa  270  2e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1222  DNA topoisomerase  40.52 
 
 		 349 aa  267  2e-70  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3368  topoisomerase IB-like protein  40.63 
 
 		 360 aa  263  4e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09733  putative DNA topoisomerase I  42 
 
 		 361 aa  249  4e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.309621  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2115  DNA topoisomerase  41.81 
 
 		 338 aa  243  3e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134651  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6784  putative DNA topoisomerase I protein  40.43 
 
 		 335 aa  241  2e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5876  putative DNA topoisomerase I protein  40.87 
 
 		 334 aa  239  4e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1709  type I topoisomerase  41.4 
 
 		 376 aa  231  1e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.732061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0946  putative DNA topoisomerase I protein  40.66 
 
 		 344 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4410  putative DNA topoisomerase I protein  40 
 
 		 372 aa  226  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017671  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3430  DNA topoisomerase  40.98 
 
 		 342 aa  227  3e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2968  topoisomerase IB-like protein  41.04 
 
 		 344 aa  226  3e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.171665 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2605  putative DNA topoisomerase I protein  41.1 
 
 		 335 aa  227  3e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2058  type I topoisomerase, putative  43.82 
 
 		 349 aa  226  4e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.419584  normal  0.93712 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5208  type I topoisomerase  41.49 
 
 		 333 aa  224  2e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6633  hypothetical protein  39.93 
 
 		 337 aa  219  7e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.13084 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24670  topoisomerase IB  37.05 
 
 		 331 aa  213  5.999999999999999e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.112949  normal  0.189574 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01676  DNA topoisomerase  38.97 
 
 		 340 aa  211  2e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2791  hypothetical protein  40.21 
 
 		 332 aa  208  9e-53  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0179136 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0334  hypothetical protein  36.91 
 
 		 395 aa  206  6e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.892369  normal  0.045652 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0728  hypothetical protein  39.93 
 
 		 334 aa  203  4e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4748  hypothetical protein  37.29 
 
 		 340 aa  202  8e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2853  hypothetical protein  35.92 
 
 		 327 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.866388  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1296  hypothetical protein  37.97 
 
 		 339 aa  199  6e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.300668  normal  0.124585 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1279  hypothetical protein  37.97 
 
 		 339 aa  199  6e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220078  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1967  hypothetical protein  37.41 
 
 		 340 aa  199  7e-50  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0761805  normal  0.132479 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1308  hypothetical protein  37.97 
 
 		 339 aa  199  7.999999999999999e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0278  putative DNA topoisomerase I protein  38.57 
 
 		 323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.402986 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1753  hypothetical protein  36.64 
 
 		 327 aa  196  7e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0700709 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3038  type I topoisomerase  40.23 
 
 		 377 aa  192  8e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.136872  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3146  type I topoisomerase  39.85 
 
 		 381 aa  191  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.139598  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3091  hypothetical protein  35.84 
 
 		 336 aa  191  2e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1645  putative topoisomerase IB  35.74 
 
 		 326 aa  189  7e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0910813  normal  0.088661 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4311  DNA topoisomerase  36.77 
 
 		 340 aa  188  1e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1096  putative viral-like DNA topoisomerase  38.18 
 
 		 326 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.273828  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1767  hypothetical protein  35.95 
 
 		 327 aa  182  6e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2946  topoisomerase IB-like protein  36.14 
 
 		 319 aa  182  6e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.361669  normal  0.0194958 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1357  putative viral-like DNA topoisomerase  37.1 
 
 		 330 aa  179  8e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.180216  hitchhiker  0.0000165561 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4790  DNA topoisomerase IB  33.88 
 
 		 316 aa  175  9.999999999999999e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2951  type I topoisomerase  40.15 
 
 		 372 aa  174  1.9999999999999998e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.27332  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1322  2-alkenal reductase  27.11 
 
 		 551 aa  69.3  0.0000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000024346 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00253  Topoisomerase I [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q875K2]  25 
 
 		 871 aa  50.1  0.00005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.698045 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46944  DNA topoisomerase I  25.18 
 
 		 780 aa  50.1  0.00007  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  decreased coverage  0.000227493  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI03280  topoisomerase I  26.95 
 
 		 881 aa  49.7  0.00007  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17621  predicted protein  23.95 
 
 		 491 aa  44.7  0.003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0110477  decreased coverage  0.0000723215 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>