91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3546 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3200  DNA topoisomerase  90.29 
 
 		 340 aa  639    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3831  DNA topoisomerase  96.45 
 
 		 340 aa  671    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3546  DNA topoisomerase  100 
 
 		 340 aa  696    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0497199 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1939  DNA topoisomerase  94.99 
 
 		 340 aa  667    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.915147 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2944  DNA topoisomerase, type I, putative  67.47 
 
 		 345 aa  486  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2976  DNA topoisomerase, type I, putative  64.67 
 
 		 351 aa  462  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0896688  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2759  DNA topoisomerase I  65.85 
 
 		 356 aa  463  1e-129  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2775  DNA topoisomerase  62.35 
 
 		 341 aa  437  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430877  normal  0.381387 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3748  DNA topoisomerase  63.61 
 
 		 363 aa  429  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3425  DNA topoisomerase  62.46 
 
 		 392 aa  426  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5964  DNA topoisomerase  60.49 
 
 		 359 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0366811 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0745  hypothetical protein  58.48 
 
 		 356 aa  403  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35570  hypothetical protein  60.43 
 
 		 333 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000834616 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5297  DNA topoisomerase  55.33 
 
 		 411 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.696955  normal  0.0424045 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5996  DNA topoisomerase, type I, putative  59.63 
 
 		 342 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.963911  normal  0.289905 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6192  DNA topoisomerase, type I, putative  58.51 
 
 		 358 aa  396  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5631  DNA topoisomerase, type I, putative  59.63 
 
 		 342 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.646844  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2998  hypothetical protein  59.63 
 
 		 333 aa  396  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.850653  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5923  DNA topoisomerase  58.2 
 
 		 358 aa  395  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.813187 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6487  DNA topoisomerase  59.63 
 
 		 342 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5444  DNA topoisomerase  55.12 
 
 		 439 aa  390  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.585007 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1162  putative DNA topoisomerase, type I  54.52 
 
 		 420 aa  388  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.554251 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1929  putative DNA topoisomerase I  52.87 
 
 		 401 aa  369  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0245783 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2251  putative DNA topoisomerase I  52.41 
 
 		 400 aa  366  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4373  hypothetical protein  56.13 
 
 		 372 aa  365  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.372426  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1974  putative DNA topoisomerase I  51.81 
 
 		 400 aa  364  1e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.169196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0757  putative DNA topoisomerase I  53.61 
 
 		 404 aa  362  6e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.864738 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1732  DNA topoisomerase  50.59 
 
 		 366 aa  349  3e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.754109 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5352  putative DNA topoisomerase I  50.6 
 
 		 396 aa  344  1e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438245  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5045  putative DNA topoisomerase I  51.66 
 
 		 389 aa  344  1e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.110319  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5285  putative DNA topoisomerase I  51.36 
 
 		 371 aa  343  2e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313661  normal  0.942542 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3998  putative DNA topoisomerase I  48.04 
 
 		 363 aa  340  1e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2773  hypothetical protein  51.95 
 
 		 397 aa  340  2e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0558  DNA topoisomerase, type I, putative  48.8 
 
 		 370 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.807051 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1140  putative DNA topoisomerase I  48.36 
 
 		 382 aa  323  2e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.59923 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1492  putative DNA topoisomerase, type I  51.61 
 
 		 406 aa  318  1e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.236582  normal  0.564948 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3640  DNA topoisomerase, type I, putative  52.55 
 
 		 336 aa  317  2e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169892  normal  0.477069 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3231  DNA topoisomerase  46.67 
 
 		 365 aa  315  7e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.245073  normal  0.694219 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0066  hypothetical protein  53.75 
 
 		 352 aa  313  2.9999999999999996e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03321  DNA topoisomerase  51.68 
 
 		 417 aa  308  5.9999999999999995e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0039  hypothetical protein  48.48 
 
 		 361 aa  302  5.000000000000001e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.204308  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0864  topoisomerase IB-like protein  45.1 
 
 		 379 aa  300  3e-80  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.990941  hitchhiker  0.00000103848 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1320  putative DNA topoisomerase, type I  49.84 
 
 		 415 aa  298  6e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.310759  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3186  DNA topoisomerase, type I, putative  45.48 
 
 		 366 aa  295  7e-79  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.812354 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2291  DNA topoisomerase IB  40.54 
 
 		 348 aa  286  2e-76  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0533881  normal  0.067771 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0995  DNA topoisomerase  44.21 
 
 		 353 aa  286  4e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4343  putative DNA topoisomerase, type I  46.72 
 
 		 465 aa  283  4.0000000000000003e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.466096  normal  0.0120507 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0837  DNA topoisomerase, type I, putative  43.52 
 
 		 375 aa  280  2e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2594  hypothetical protein  47.12 
 
 		 350 aa  280  2e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1222  DNA topoisomerase  41.19 
 
 		 349 aa  277  2e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7273  DNA topoisomerase  43.23 
 
 		 322 aa  268  8.999999999999999e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4313  hypothetical protein  44.7 
 
 		 370 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3368  topoisomerase IB-like protein  38.85 
 
 		 360 aa  256  3e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09733  putative DNA topoisomerase I  41.72 
 
 		 361 aa  255  9e-67  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.309621  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0946  putative DNA topoisomerase I protein  42.49 
 
 		 344 aa  233  3e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3430  DNA topoisomerase  45.85 
 
 		 342 aa  233  5e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24670  topoisomerase IB  40.54 
 
 		 331 aa  232  7.000000000000001e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.112949  normal  0.189574 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2605  putative DNA topoisomerase I protein  42.58 
 
 		 335 aa  230  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6784  putative DNA topoisomerase I protein  39.13 
 
 		 335 aa  230  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5876  putative DNA topoisomerase I protein  39.75 
 
 		 334 aa  229  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1709  type I topoisomerase  43.22 
 
 		 376 aa  229  6e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.732061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2968  topoisomerase IB-like protein  42.62 
 
 		 344 aa  228  9e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.171665 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4410  putative DNA topoisomerase I protein  40.6 
 
 		 372 aa  228  1e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2058  type I topoisomerase, putative  44.33 
 
 		 349 aa  225  9e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.419584  normal  0.93712 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5208  type I topoisomerase  41.34 
 
 		 333 aa  222  8e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01676  DNA topoisomerase  37.92 
 
 		 340 aa  221  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2115  DNA topoisomerase  41.32 
 
 		 338 aa  221  9.999999999999999e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134651  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6633  hypothetical protein  42.32 
 
 		 337 aa  219  6e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.13084 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2853  hypothetical protein  36.62 
 
 		 327 aa  218  1e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.866388  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1967  hypothetical protein  36.56 
 
 		 340 aa  211  2e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0761805  normal  0.132479 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4748  hypothetical protein  37.26 
 
 		 340 aa  206  6e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0278  putative DNA topoisomerase I protein  40.74 
 
 		 323 aa  202  7e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.402986 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3091  hypothetical protein  37.63 
 
 		 336 aa  201  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0728  hypothetical protein  39.81 
 
 		 334 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1296  hypothetical protein  37.71 
 
 		 339 aa  197  3e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.300668  normal  0.124585 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1279  hypothetical protein  37.71 
 
 		 339 aa  197  3e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220078  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1753  hypothetical protein  39.54 
 
 		 327 aa  196  6e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0700709 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1308  hypothetical protein  37.37 
 
 		 339 aa  195  1e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1645  putative topoisomerase IB  39.72 
 
 		 326 aa  193  4e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0910813  normal  0.088661 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4790  DNA topoisomerase IB  38.16 
 
 		 316 aa  192  6e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2791  hypothetical protein  38.57 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0179136 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3038  type I topoisomerase  43.3 
 
 		 377 aa  190  4e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.136872  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4311  DNA topoisomerase  40.4 
 
 		 340 aa  189  7e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3146  type I topoisomerase  42.53 
 
 		 381 aa  187  3e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.139598  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1767  hypothetical protein  39.26 
 
 		 327 aa  187  3e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2946  topoisomerase IB-like protein  39.44 
 
 		 319 aa  186  4e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.361669  normal  0.0194958 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0334  hypothetical protein  35.02 
 
 		 395 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.892369  normal  0.045652 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1096  putative viral-like DNA topoisomerase  40.33 
 
 		 326 aa  180  2.9999999999999997e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.273828  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2951  type I topoisomerase  41.18 
 
 		 372 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.27332  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1357  putative viral-like DNA topoisomerase  38.11 
 
 		 330 aa  176  4e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.180216  hitchhiker  0.0000165561 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1322  2-alkenal reductase  24.56 
 
 		 551 aa  64.7  0.000000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000024346 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>