91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3186 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3186  DNA topoisomerase, type I, putative  100 
 
 		 366 aa  766    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.812354 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3231  DNA topoisomerase  47.76 
 
 		 365 aa  335  7e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.245073  normal  0.694219 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1222  DNA topoisomerase  46.41 
 
 		 349 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3200  DNA topoisomerase  46.37 
 
 		 340 aa  301  8.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3546  DNA topoisomerase  45.48 
 
 		 340 aa  295  8e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0497199 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1939  DNA topoisomerase  46.03 
 
 		 340 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.915147 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3831  DNA topoisomerase  45.79 
 
 		 340 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0995  DNA topoisomerase  46.47 
 
 		 353 aa  291  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35570  hypothetical protein  46.13 
 
 		 333 aa  290  4e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000834616 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2291  DNA topoisomerase IB  42.2 
 
 		 348 aa  289  5.0000000000000004e-77  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0533881  normal  0.067771 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5285  putative DNA topoisomerase I  45.6 
 
 		 371 aa  288  8e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313661  normal  0.942542 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3368  topoisomerase IB-like protein  42.68 
 
 		 360 aa  285  9e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0558  DNA topoisomerase, type I, putative  43.31 
 
 		 370 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.807051 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2773  hypothetical protein  43.41 
 
 		 397 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2944  DNA topoisomerase, type I, putative  45.85 
 
 		 345 aa  278  1e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2998  hypothetical protein  46.23 
 
 		 333 aa  276  4e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.850653  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3998  putative DNA topoisomerase I  41.88 
 
 		 363 aa  274  1.0000000000000001e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1732  DNA topoisomerase  40.76 
 
 		 366 aa  272  7e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.754109 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2759  DNA topoisomerase I  44.12 
 
 		 356 aa  269  7e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2775  DNA topoisomerase  44.52 
 
 		 341 aa  268  1e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430877  normal  0.381387 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1929  putative DNA topoisomerase I  41.83 
 
 		 401 aa  268  2e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0245783 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1162  putative DNA topoisomerase, type I  42.07 
 
 		 420 aa  267  2e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.554251 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3640  DNA topoisomerase, type I, putative  44.44 
 
 		 336 aa  267  2e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169892  normal  0.477069 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2976  DNA topoisomerase, type I, putative  43.79 
 
 		 351 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0896688  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2251  putative DNA topoisomerase I  41.5 
 
 		 400 aa  266  4e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1974  putative DNA topoisomerase I  41.5 
 
 		 400 aa  266  5e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.169196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5045  putative DNA topoisomerase I  42.28 
 
 		 389 aa  265  8e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.110319  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5444  DNA topoisomerase  40.24 
 
 		 439 aa  265  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.585007 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5964  DNA topoisomerase  42.47 
 
 		 359 aa  265  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0366811 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5352  putative DNA topoisomerase I  42.41 
 
 		 396 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438245  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0745  hypothetical protein  42.06 
 
 		 356 aa  261  1e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0757  putative DNA topoisomerase I  40.8 
 
 		 404 aa  261  1e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.864738 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6192  DNA topoisomerase, type I, putative  41.92 
 
 		 358 aa  260  3e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5996  DNA topoisomerase, type I, putative  43.41 
 
 		 342 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.963911  normal  0.289905 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5631  DNA topoisomerase, type I, putative  43.41 
 
 		 342 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.646844  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4373  hypothetical protein  43.28 
 
 		 372 aa  259  6e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.372426  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5923  DNA topoisomerase  41.92 
 
 		 358 aa  259  6e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.813187 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6487  DNA topoisomerase  43.09 
 
 		 342 aa  259  7e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1140  putative DNA topoisomerase I  42.68 
 
 		 382 aa  257  2e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.59923 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1320  putative DNA topoisomerase, type I  44.09 
 
 		 415 aa  253  3e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.310759  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7273  DNA topoisomerase  42.81 
 
 		 322 aa  252  8.000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3748  DNA topoisomerase  44.03 
 
 		 363 aa  251  1e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5297  DNA topoisomerase  40.5 
 
 		 411 aa  251  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.696955  normal  0.0424045 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3425  DNA topoisomerase  44.6 
 
 		 392 aa  251  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0066  hypothetical protein  43.13 
 
 		 352 aa  250  3e-65  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1492  putative DNA topoisomerase, type I  42.86 
 
 		 406 aa  249  4e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.236582  normal  0.564948 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0864  topoisomerase IB-like protein  39.17 
 
 		 379 aa  247  3e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.990941  hitchhiker  0.00000103848 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0039  hypothetical protein  40.25 
 
 		 361 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.204308  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09733  putative DNA topoisomerase I  38.41 
 
 		 361 aa  241  2e-62  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.309621  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4343  putative DNA topoisomerase, type I  40.28 
 
 		 465 aa  233  6e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.466096  normal  0.0120507 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0837  DNA topoisomerase, type I, putative  38.86 
 
 		 375 aa  231  1e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03321  DNA topoisomerase  41.83 
 
 		 417 aa  231  2e-59  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4313  hypothetical protein  41.48 
 
 		 370 aa  227  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2594  hypothetical protein  39.24 
 
 		 350 aa  223  3e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1645  putative topoisomerase IB  38.35 
 
 		 326 aa  209  5e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0910813  normal  0.088661 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5208  type I topoisomerase  36.56 
 
 		 333 aa  205  9e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2058  type I topoisomerase, putative  39.18 
 
 		 349 aa  205  1e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.419584  normal  0.93712 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1709  type I topoisomerase  38.25 
 
 		 376 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.732061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0728  hypothetical protein  39.26 
 
 		 334 aa  194  2e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4410  putative DNA topoisomerase I protein  35.69 
 
 		 372 aa  190  4e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5876  putative DNA topoisomerase I protein  34.14 
 
 		 334 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3091  hypothetical protein  35.96 
 
 		 336 aa  187  2e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0946  putative DNA topoisomerase I protein  37.97 
 
 		 344 aa  187  3e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4748  hypothetical protein  33.54 
 
 		 340 aa  187  3e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2605  putative DNA topoisomerase I protein  35.26 
 
 		 335 aa  187  4e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2115  DNA topoisomerase  36.14 
 
 		 338 aa  186  4e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134651  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3038  type I topoisomerase  41.29 
 
 		 377 aa  186  7e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.136872  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2791  hypothetical protein  33.54 
 
 		 332 aa  185  8e-46  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0179136 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3430  DNA topoisomerase  37.41 
 
 		 342 aa  185  9e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24670  topoisomerase IB  34.94 
 
 		 331 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.112949  normal  0.189574 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6784  putative DNA topoisomerase I protein  33.73 
 
 		 335 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3146  type I topoisomerase  40.53 
 
 		 381 aa  183  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.139598  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2968  topoisomerase IB-like protein  38.05 
 
 		 344 aa  182  6e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.171665 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0334  hypothetical protein  36.08 
 
 		 395 aa  182  7e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.892369  normal  0.045652 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2951  type I topoisomerase  42.37 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.27332  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01676  DNA topoisomerase  33.44 
 
 		 340 aa  179  7e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1967  hypothetical protein  30.79 
 
 		 340 aa  178  1e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0761805  normal  0.132479 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1279  hypothetical protein  34.81 
 
 		 339 aa  173  5e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220078  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1296  hypothetical protein  34.81 
 
 		 339 aa  173  5e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.300668  normal  0.124585 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1308  hypothetical protein  34.81 
 
 		 339 aa  173  5.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2853  hypothetical protein  31.43 
 
 		 327 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.866388  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1753  hypothetical protein  35.02 
 
 		 327 aa  172  1e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0700709 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4790  DNA topoisomerase IB  34.13 
 
 		 316 aa  170  4e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6633  hypothetical protein  33.77 
 
 		 337 aa  170  4e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.13084 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0278  putative DNA topoisomerase I protein  34.77 
 
 		 323 aa  163  5.0000000000000005e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.402986 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2946  topoisomerase IB-like protein  37.07 
 
 		 319 aa  162  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.361669  normal  0.0194958 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4311  DNA topoisomerase  33.68 
 
 		 340 aa  162  1e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1767  hypothetical protein  35.13 
 
 		 327 aa  161  2e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1357  putative viral-like DNA topoisomerase  33.22 
 
 		 330 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.180216  hitchhiker  0.0000165561 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1096  putative viral-like DNA topoisomerase  31.65 
 
 		 326 aa  126  6e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.273828  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1322  2-alkenal reductase  25.57 
 
 		 551 aa  46.6  0.0008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000024346 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>