91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3831 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3200  DNA topoisomerase  91.72 
 
 		 340 aa  644    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3831  DNA topoisomerase  100 
 
 		 340 aa  696    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3546  DNA topoisomerase  96.45 
 
 		 340 aa  671    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0497199 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1939  DNA topoisomerase  98.53 
 
 		 340 aa  690    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.915147 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2944  DNA topoisomerase, type I, putative  67.66 
 
 		 345 aa  489  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2759  DNA topoisomerase I  66.77 
 
 		 356 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2976  DNA topoisomerase, type I, putative  65.27 
 
 		 351 aa  464  1e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0896688  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2775  DNA topoisomerase  62.65 
 
 		 341 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430877  normal  0.381387 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3748  DNA topoisomerase  63.61 
 
 		 363 aa  427  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3425  DNA topoisomerase  63.5 
 
 		 392 aa  425  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0745  hypothetical protein  58.48 
 
 		 356 aa  402  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5964  DNA topoisomerase  59.88 
 
 		 359 aa  402  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0366811 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35570  hypothetical protein  60.74 
 
 		 333 aa  402  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000834616 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5996  DNA topoisomerase, type I, putative  59.32 
 
 		 342 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.963911  normal  0.289905 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5631  DNA topoisomerase, type I, putative  59.32 
 
 		 342 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.646844  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5297  DNA topoisomerase  54.73 
 
 		 411 aa  396  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.696955  normal  0.0424045 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2998  hypothetical protein  59.94 
 
 		 333 aa  395  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.850653  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6487  DNA topoisomerase  59.32 
 
 		 342 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5923  DNA topoisomerase  57.59 
 
 		 358 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.813187 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6192  DNA topoisomerase, type I, putative  57.89 
 
 		 358 aa  393  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5444  DNA topoisomerase  54.22 
 
 		 439 aa  385  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.585007 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1162  putative DNA topoisomerase, type I  53.61 
 
 		 420 aa  383  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.554251 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1929  putative DNA topoisomerase I  53.01 
 
 		 401 aa  368  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0245783 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2251  putative DNA topoisomerase I  53.01 
 
 		 400 aa  366  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0757  putative DNA topoisomerase I  53.98 
 
 		 404 aa  365  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.864738 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4373  hypothetical protein  56.13 
 
 		 372 aa  365  1e-100  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.372426  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1974  putative DNA topoisomerase I  52.41 
 
 		 400 aa  363  2e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.169196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1732  DNA topoisomerase  51.2 
 
 		 366 aa  348  6e-95  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.754109 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5352  putative DNA topoisomerase I  50.9 
 
 		 396 aa  345  8e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438245  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5045  putative DNA topoisomerase I  51.51 
 
 		 389 aa  344  1e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.110319  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5285  putative DNA topoisomerase I  51.36 
 
 		 371 aa  344  1e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313661  normal  0.942542 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0558  DNA topoisomerase, type I, putative  50.16 
 
 		 370 aa  338  5e-92  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.807051 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2773  hypothetical protein  51.8 
 
 		 397 aa  337  9.999999999999999e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3998  putative DNA topoisomerase I  47.59 
 
 		 363 aa  337  1.9999999999999998e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1140  putative DNA topoisomerase I  49.41 
 
 		 382 aa  323  2e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.59923 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1492  putative DNA topoisomerase, type I  52.26 
 
 		 406 aa  319  5e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.236582  normal  0.564948 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3231  DNA topoisomerase  46.97 
 
 		 365 aa  317  2e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.245073  normal  0.694219 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3640  DNA topoisomerase, type I, putative  52.55 
 
 		 336 aa  316  4e-85  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169892  normal  0.477069 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0066  hypothetical protein  54.4 
 
 		 352 aa  316  5e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03321  DNA topoisomerase  51.06 
 
 		 417 aa  310  2.9999999999999997e-83  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0039  hypothetical protein  48.18 
 
 		 361 aa  297  2e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.204308  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0864  topoisomerase IB-like protein  44.51 
 
 		 379 aa  296  2e-79  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.990941  hitchhiker  0.00000103848 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1320  putative DNA topoisomerase, type I  49.84 
 
 		 415 aa  296  4e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.310759  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3186  DNA topoisomerase, type I, putative  45.79 
 
 		 366 aa  294  2e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.812354 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0995  DNA topoisomerase  45.1 
 
 		 353 aa  290  3e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2291  DNA topoisomerase IB  41.12 
 
 		 348 aa  283  2.0000000000000002e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0533881  normal  0.067771 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4343  putative DNA topoisomerase, type I  46.8 
 
 		 465 aa  281  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.466096  normal  0.0120507 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0837  DNA topoisomerase, type I, putative  43.43 
 
 		 375 aa  280  2e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2594  hypothetical protein  46.78 
 
 		 350 aa  278  1e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1222  DNA topoisomerase  41.37 
 
 		 349 aa  277  2e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7273  DNA topoisomerase  42.9 
 
 		 322 aa  267  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4313  hypothetical protein  44.37 
 
 		 370 aa  265  5.999999999999999e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3368  topoisomerase IB-like protein  39.33 
 
 		 360 aa  254  2.0000000000000002e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09733  putative DNA topoisomerase I  41.53 
 
 		 361 aa  250  2e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.309621  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0946  putative DNA topoisomerase I protein  42.47 
 
 		 344 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3430  DNA topoisomerase  45.85 
 
 		 342 aa  233  5e-60  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24670  topoisomerase IB  40.84 
 
 		 331 aa  232  7.000000000000001e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.112949  normal  0.189574 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2968  topoisomerase IB-like protein  43.29 
 
 		 344 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.171665 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6784  putative DNA topoisomerase I protein  39.02 
 
 		 335 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2605  putative DNA topoisomerase I protein  42.57 
 
 		 335 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5876  putative DNA topoisomerase I protein  40.89 
 
 		 334 aa  228  9e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4410  putative DNA topoisomerase I protein  40.94 
 
 		 372 aa  227  2e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2058  type I topoisomerase, putative  42.68 
 
 		 349 aa  225  9e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.419584  normal  0.93712 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1709  type I topoisomerase  41.36 
 
 		 376 aa  225  1e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.732061  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5208  type I topoisomerase  39.94 
 
 		 333 aa  224  1e-57  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2115  DNA topoisomerase  41.96 
 
 		 338 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134651  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01676  DNA topoisomerase  37.61 
 
 		 340 aa  220  3e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6633  hypothetical protein  41.98 
 
 		 337 aa  214  9.999999999999999e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.13084 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2853  hypothetical protein  36.11 
 
 		 327 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.866388  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1967  hypothetical protein  35.44 
 
 		 340 aa  205  9e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0761805  normal  0.132479 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3091  hypothetical protein  37.99 
 
 		 336 aa  202  9e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4748  hypothetical protein  36.54 
 
 		 340 aa  200  3e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0278  putative DNA topoisomerase I protein  39.73 
 
 		 323 aa  197  2.0000000000000003e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.402986 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1296  hypothetical protein  37.71 
 
 		 339 aa  196  6e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.300668  normal  0.124585 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1279  hypothetical protein  37.71 
 
 		 339 aa  196  6e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220078  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0728  hypothetical protein  39.81 
 
 		 334 aa  195  1e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1753  hypothetical protein  39.41 
 
 		 327 aa  195  1e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0700709 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1308  hypothetical protein  37.37 
 
 		 339 aa  194  2e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1645  putative topoisomerase IB  39.86 
 
 		 326 aa  193  3e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0910813  normal  0.088661 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4790  DNA topoisomerase IB  38.49 
 
 		 316 aa  193  4e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2791  hypothetical protein  38.93 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0179136 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3038  type I topoisomerase  42.53 
 
 		 377 aa  185  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.136872  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1767  hypothetical protein  39.74 
 
 		 327 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4311  DNA topoisomerase  39.32 
 
 		 340 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2946  topoisomerase IB-like protein  38.7 
 
 		 319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.361669  normal  0.0194958 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3146  type I topoisomerase  42.15 
 
 		 381 aa  184  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.139598  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0334  hypothetical protein  35.35 
 
 		 395 aa  182  8.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.892369  normal  0.045652 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1096  putative viral-like DNA topoisomerase  40.33 
 
 		 326 aa  179  4e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.273828  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2951  type I topoisomerase  41.18 
 
 		 372 aa  176  5e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.27332  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1357  putative viral-like DNA topoisomerase  38.44 
 
 		 330 aa  176  5e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.180216  hitchhiker  0.0000165561 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1322  2-alkenal reductase  25.15 
 
 		 551 aa  66.6  0.0000000005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000024346 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>