94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2944 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2944  DNA topoisomerase, type I, putative  100 
 
 		 345 aa  713    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2759  DNA topoisomerase I  72.59 
 
 		 356 aa  528  1e-149  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2976  DNA topoisomerase, type I, putative  72.59 
 
 		 351 aa  526  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0896688  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3831  DNA topoisomerase  67.66 
 
 		 340 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3546  DNA topoisomerase  67.47 
 
 		 340 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0497199 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3200  DNA topoisomerase  67.07 
 
 		 340 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1939  DNA topoisomerase  67.17 
 
 		 340 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.915147 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2775  DNA topoisomerase  69.91 
 
 		 341 aa  481  1e-135  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.430877  normal  0.381387 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3748  DNA topoisomerase  66.37 
 
 		 363 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3425  DNA topoisomerase  65.57 
 
 		 392 aa  449  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5444  DNA topoisomerase  59.58 
 
 		 439 aa  426  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.585007 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1162  putative DNA topoisomerase, type I  59.52 
 
 		 420 aa  423  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.554251 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0745  hypothetical protein  61.52 
 
 		 356 aa  416  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5923  DNA topoisomerase  59.13 
 
 		 358 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.813187 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5297  DNA topoisomerase  57.31 
 
 		 411 aa  411  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.696955  normal  0.0424045 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35570  hypothetical protein  59.76 
 
 		 333 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000834616 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2998  hypothetical protein  60.19 
 
 		 333 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.850653  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6192  DNA topoisomerase, type I, putative  58.82 
 
 		 358 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.702735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5964  DNA topoisomerase  59.37 
 
 		 359 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0366811 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5996  DNA topoisomerase, type I, putative  58.7 
 
 		 342 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.963911  normal  0.289905 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6487  DNA topoisomerase  58.7 
 
 		 342 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5631  DNA topoisomerase, type I, putative  58.7 
 
 		 342 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.646844  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1929  putative DNA topoisomerase I  51.49 
 
 		 401 aa  364  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0245783 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1974  putative DNA topoisomerase I  54.33 
 
 		 400 aa  362  4e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.169196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4373  hypothetical protein  54.13 
 
 		 372 aa  362  5.0000000000000005e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.372426  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2251  putative DNA topoisomerase I  54 
 
 		 400 aa  362  7.0000000000000005e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0757  putative DNA topoisomerase I  50.89 
 
 		 404 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.864738 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1732  DNA topoisomerase  51.62 
 
 		 366 aa  355  7.999999999999999e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.754109 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0558  DNA topoisomerase, type I, putative  48.95 
 
 		 370 aa  352  4e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.807051 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3998  putative DNA topoisomerase I  50.44 
 
 		 363 aa  352  4e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5285  putative DNA topoisomerase I  49.27 
 
 		 371 aa  350  2e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313661  normal  0.942542 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5045  putative DNA topoisomerase I  49.56 
 
 		 389 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.110319  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5352  putative DNA topoisomerase I  50.29 
 
 		 396 aa  340  2e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438245  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1140  putative DNA topoisomerase I  47.86 
 
 		 382 aa  331  1e-89  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.59923 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1492  putative DNA topoisomerase, type I  53.29 
 
 		 406 aa  330  2e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.236582  normal  0.564948 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2773  hypothetical protein  47.21 
 
 		 397 aa  321  9.999999999999999e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3640  DNA topoisomerase, type I, putative  50.16 
 
 		 336 aa  312  5.999999999999999e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.169892  normal  0.477069 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3231  DNA topoisomerase  47.8 
 
 		 365 aa  304  1.0000000000000001e-81  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.245073  normal  0.694219 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2291  DNA topoisomerase IB  44.95 
 
 		 348 aa  302  6.000000000000001e-81  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0533881  normal  0.067771 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1320  putative DNA topoisomerase, type I  50 
 
 		 415 aa  301  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.310759  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0039  hypothetical protein  49.17 
 
 		 361 aa  300  2e-80  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.204308  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0864  topoisomerase IB-like protein  45.85 
 
 		 379 aa  298  9e-80  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.990941  hitchhiker  0.00000103848 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03321  DNA topoisomerase  51.23 
 
 		 417 aa  298  1e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0066  hypothetical protein  50.81 
 
 		 352 aa  294  1e-78  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2594  hypothetical protein  43.81 
 
 		 350 aa  285  1.0000000000000001e-75  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0837  DNA topoisomerase, type I, putative  43.27 
 
 		 375 aa  284  2.0000000000000002e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1222  DNA topoisomerase  43.49 
 
 		 349 aa  280  2e-74  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0995  DNA topoisomerase  43.49 
 
 		 353 aa  280  2e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4313  hypothetical protein  47.35 
 
 		 370 aa  279  5e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3186  DNA topoisomerase, type I, putative  45.85 
 
 		 366 aa  278  1e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.812354 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7273  DNA topoisomerase  46.5 
 
 		 322 aa  276  3e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4343  putative DNA topoisomerase, type I  44.38 
 
 		 465 aa  273  3e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.466096  normal  0.0120507 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3368  topoisomerase IB-like protein  42.86 
 
 		 360 aa  268  1e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09733  putative DNA topoisomerase I  43.52 
 
 		 361 aa  261  2e-68  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.309621  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2058  type I topoisomerase, putative  46.18 
 
 		 349 aa  249  4e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.419584  normal  0.93712 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5876  putative DNA topoisomerase I protein  41.62 
 
 		 334 aa  249  4e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6784  putative DNA topoisomerase I protein  40.35 
 
 		 335 aa  246  3e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4410  putative DNA topoisomerase I protein  41.84 
 
 		 372 aa  244  9.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.017671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0946  putative DNA topoisomerase I protein  43.77 
 
 		 344 aa  238  8e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2605  putative DNA topoisomerase I protein  43.43 
 
 		 335 aa  237  2e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2115  DNA topoisomerase  42.81 
 
 		 338 aa  232  7.000000000000001e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.134651  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2968  topoisomerase IB-like protein  43.29 
 
 		 344 aa  230  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.171665 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3430  DNA topoisomerase  42.47 
 
 		 342 aa  223  4e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5208  type I topoisomerase  38.91 
 
 		 333 aa  219  7.999999999999999e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1709  type I topoisomerase  43.06 
 
 		 376 aa  218  8.999999999999998e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.732061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01676  DNA topoisomerase  37 
 
 		 340 aa  213  3.9999999999999995e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0278  putative DNA topoisomerase I protein  40.57 
 
 		 323 aa  212  9e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.402986 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4748  hypothetical protein  36.86 
 
 		 340 aa  207  2e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6633  hypothetical protein  38.78 
 
 		 337 aa  206  6e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.13084 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1967  hypothetical protein  36.64 
 
 		 340 aa  205  1e-51  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0761805  normal  0.132479 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24670  topoisomerase IB  37.7 
 
 		 331 aa  205  1e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.112949  normal  0.189574 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2853  hypothetical protein  34.78 
 
 		 327 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.866388  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1296  hypothetical protein  37.67 
 
 		 339 aa  200  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.300668  normal  0.124585 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1279  hypothetical protein  37.67 
 
 		 339 aa  200  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220078  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1308  hypothetical protein  37.41 
 
 		 339 aa  200  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2946  topoisomerase IB-like protein  38.72 
 
 		 319 aa  196  5.000000000000001e-49  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.361669  normal  0.0194958 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1645  putative topoisomerase IB  38.25 
 
 		 326 aa  196  5.000000000000001e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0910813  normal  0.088661 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0334  hypothetical protein  37 
 
 		 395 aa  195  9e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.892369  normal  0.045652 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2791  hypothetical protein  40.21 
 
 		 332 aa  195  1e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0179136 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4311  DNA topoisomerase  37.25 
 
 		 340 aa  194  1e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1753  hypothetical protein  38.95 
 
 		 327 aa  194  2e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0700709 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3038  type I topoisomerase  40.14 
 
 		 377 aa  190  2.9999999999999997e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.136872  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3091  hypothetical protein  36.93 
 
 		 336 aa  190  4e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3146  type I topoisomerase  40.14 
 
 		 381 aa  189  5.999999999999999e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.139598  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0728  hypothetical protein  39.06 
 
 		 334 aa  188  1e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4790  DNA topoisomerase IB  37.29 
 
 		 316 aa  179  9e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1767  hypothetical protein  38.25 
 
 		 327 aa  177  2e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2951  type I topoisomerase  40.83 
 
 		 372 aa  174  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.27332  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1357  putative viral-like DNA topoisomerase  38 
 
 		 330 aa  170  4e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.180216  hitchhiker  0.0000165561 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1096  putative viral-like DNA topoisomerase  36.21 
 
 		 326 aa  162  8.000000000000001e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.273828  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1322  2-alkenal reductase  27.01 
 
 		 551 aa  68.6  0.0000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000024346 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_46944  DNA topoisomerase I  26.83 
 
 		 780 aa  50.4  0.00004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  decreased coverage  0.000227493  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI03280  topoisomerase I  26.95 
 
 		 881 aa  48.9  0.0001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_17621  predicted protein  24.32 
 
 		 491 aa  45.8  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0110477  decreased coverage  0.0000723215 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>