More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_0470 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  100 
 
 		 234 aa  457  9.999999999999999e-129  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2444  two component transcriptional regulator  72.35 
 
 		 221 aa  283  2.0000000000000002e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.237692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5651  response regulator receiver protein  65.2 
 
 		 222 aa  281  8.000000000000001e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.205762  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1941  response regulator receiver  59.45 
 
 		 217 aa  241  1e-62  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1627  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.83 
 
 		 218 aa  239  2e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.393195 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2298  winged helix family two component transcriptional regulator  59.07 
 
 		 217 aa  236  2e-61  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.359979 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0304  response regulator receiver protein  60.83 
 
 		 218 aa  235  4e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.818258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0152  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.99 
 
 		 218 aa  235  5.0000000000000005e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.541846 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3750  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.09 
 
 		 220 aa  234  7e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.169526  normal  0.108117 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1458  two component transcriptional regulator  59.45 
 
 		 222 aa  233  1.0000000000000001e-60  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00630531 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1496  response regulator receiver  59.45 
 
 		 222 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.23196  normal  0.62159 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1694  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.07 
 
 		 217 aa  229  2e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00296965  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4521  two component transcriptional regulator, winged helix family  53.81 
 
 		 223 aa  228  4e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.315032 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24140  response regulator with CheY-like receiver domain protein and winged-helix DNA-binding domain protein  58.6 
 
 		 231 aa  220  9.999999999999999e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00201668  decreased coverage  0.0036779 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1032  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.34 
 
 		 218 aa  219  1.9999999999999999e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.015145 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2885  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.81 
 
 		 217 aa  219  3.9999999999999997e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.56822 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8629  two component transcriptional regulator, winged helix family  58.53 
 
 		 218 aa  218  7.999999999999999e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0375098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6773  response regulator receiver protein  54.42 
 
 		 215 aa  217  1e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5939  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.84 
 
 		 218 aa  215  5e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4784  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.14 
 
 		 218 aa  213  9.999999999999999e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0755771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0839  response regulator receiver protein  57.21 
 
 		 217 aa  214  9.999999999999999e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25330  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  54.21 
 
 		 214 aa  212  3.9999999999999995e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1526  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.78 
 
 		 225 aa  211  5.999999999999999e-54  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3839  two component transcriptional regulator  56.81 
 
 		 214 aa  211  5.999999999999999e-54  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6645  two component transcriptional regulator, winged helix family  55.5 
 
 		 217 aa  209  2e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.129361 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6946  two component transcriptional regulator  54.42 
 
 		 219 aa  208  7e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.383627 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4944  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.02 
 
 		 224 aa  207  1e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0082  two component transcriptional regulator  55.3 
 
 		 219 aa  206  3e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0520  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.78 
 
 		 226 aa  205  6e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.896215  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3363  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.16 
 
 		 218 aa  197  1.0000000000000001e-49  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5374  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.23 
 
 		 218 aa  185  4e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5788  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.71 
 
 		 235 aa  176  2e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.767422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1424  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.77 
 
 		 227 aa  176  2e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.962771  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0520  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.55 
 
 		 224 aa  176  3e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6028  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.55 
 
 		 227 aa  175  5e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.497989 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4756  response regulator receiver protein  48.92 
 
 		 231 aa  174  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.666575  normal  0.223314 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4514  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.77 
 
 		 222 aa  172  2.9999999999999996e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0331921  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26840  response regulator with CheY-like receiver domain and winged-helix DNA-binding domain  47.93 
 
 		 227 aa  172  5e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.871857 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1412  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.6 
 
 		 228 aa  170  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.789808 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7133  two component transcriptional regulator  48.05 
 
 		 243 aa  169  3e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0709918  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0861  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.88 
 
 		 225 aa  167  1e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.156886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2625  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 		 231 aa  167  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.983258  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4628  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.27 
 
 		 224 aa  158  7e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000289587 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3859  two component transcriptional regulator  42.66 
 
 		 235 aa  157  1e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3423  response regulator receiver protein  44 
 
 		 224 aa  157  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.699539  normal  0.107362 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2401  two component transcriptional regulator  43.58 
 
 		 283 aa  156  3e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0476592  normal  0.0197415 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4516  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 225 aa  156  3e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0990  transcriptional regulator  40.09 
 
 		 224 aa  155  6e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000166767  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3740  two component transcriptional regulator  40.45 
 
 		 226 aa  154  9e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.487084  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0329  response regulator receiver  42.41 
 
 		 232 aa  153  2e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2330  DNA-binding response regulator  39.82 
 
 		 228 aa  153  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2104  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.62 
 
 		 225 aa  153  2e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.302064  normal  0.805943 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5481  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.53 
 
 		 228 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537932  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1091  two component heavy metal response transcriptional regulator  43.95 
 
 		 232 aa  153  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  37.39 
 
 		 222 aa  152  2.9999999999999998e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1438  DNA-binding response regulator CzrR  42.27 
 
 		 224 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4283  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.27 
 
 		 224 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0230752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3484  two component transcriptional regulator  41.03 
 
 		 249 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524014  normal  0.179131 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1613  response regulator receiver  41.28 
 
 		 225 aa  151  7e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.97266  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2236  two component transcriptional regulator  40.54 
 
 		 227 aa  151  8e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.214459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0419  two component transcriptional regulator  40.27 
 
 		 229 aa  150  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4369  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.27 
 
 		 224 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0732935 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0406  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.96 
 
 		 232 aa  151  1e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.076876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0275  two component transcriptional regulator  40.09 
 
 		 228 aa  149  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0264375 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0376  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.96 
 
 		 232 aa  149  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0675  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.28 
 
 		 219 aa  149  4e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1713  two component heavy metal response transcriptional regulator  39.91 
 
 		 227 aa  149  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2619  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.64 
 
 		 224 aa  148  6e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0836  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.92 
 
 		 224 aa  148  6e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.368612  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2913  two component transcriptional regulator  39.82 
 
 		 227 aa  148  7e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0379396  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0704  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.91 
 
 		 227 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.205827  normal  0.593451 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0767  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.91 
 
 		 229 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.870104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1629  two-component response regulator  42.34 
 
 		 228 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.128663 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1127  heavy metal response regulator  42.92 
 
 		 225 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.294376  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4558  two component heavy metal response transcriptional regulator  41.1 
 
 		 226 aa  146  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02897  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with QseC  40.83 
 
 		 219 aa  146  3e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.203771  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3314  DNA-binding transcriptional regulator QseB  40.83 
 
 		 219 aa  146  3e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.11461 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1307  DNA-binding heavy metal response regulator  42.47 
 
 		 225 aa  146  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.150056  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02847  hypothetical protein  40.83 
 
 		 219 aa  146  3e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.196232  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0672  DNA-binding transcriptional regulator QseB  40.83 
 
 		 219 aa  146  3e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.033173 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0189  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.19 
 
 		 231 aa  146  3e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.364869 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0943  two component transcriptional regulator  40.18 
 
 		 223 aa  146  3e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0172896  normal  0.994999 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4284  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.89 
 
 		 227 aa  146  3e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2141  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.27 
 
 		 241 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.316028  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4334  DNA-binding transcriptional regulator QseB  40.83 
 
 		 219 aa  145  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0196  two component transcriptional regulator  37.95 
 
 		 226 aa  145  4.0000000000000006e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0919  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.45 
 
 		 223 aa  145  4.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.682864 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4793  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.18 
 
 		 225 aa  145  5e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3203  DNA-binding transcriptional regulator QseB  40.83 
 
 		 219 aa  145  5e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0160  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.34 
 
 		 229 aa  145  7.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2929  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.64 
 
 		 230 aa  145  7.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0551332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1806  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.96 
 
 		 225 aa  144  8.000000000000001e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0205791  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4055  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  40.37 
 
 		 226 aa  144  8.000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2347  winged helix family two component transcriptional regulator  44 
 
 		 222 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302018 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1947  two component transcriptional regulator  42.15 
 
 		 222 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.421076  normal  0.0119241 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3349  two component transcriptional regulator  44 
 
 		 222 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4391  two component heavy metal response transcriptional regulator  42.01 
 
 		 224 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.593256 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3559  two component heavy metal response transcriptional regulator, winged helix family  41.28 
 
 		 225 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.710681  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3459  DNA-binding transcriptional regulator QseB  40.37 
 
 		 219 aa  144  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.469494  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0344  two component heavy metal response transcriptional regulator  40.37 
 
 		 231 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>