More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1907 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1907  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 157 aa  320  4e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1670  LysR family transcriptional regulator  80.89 
 
 		 295 aa  249  1e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.969341  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1475  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 325 aa  122  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 299 aa  121  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 335 aa  121  4e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 301 aa  120  6e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1564  transcriptional regulator, LysR family  43.24 
 
 		 343 aa  120  8e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0571861  normal  0.229966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 306 aa  120  9e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 298 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 294 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.56 
 
 		 299 aa  118  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 303 aa  118  3e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6125  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.07 
 
 		 304 aa  118  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.479061  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 297 aa  118  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 313 aa  118  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 302 aa  118  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 293 aa  118  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 293 aa  118  3e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 399 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 303 aa  117  4.9999999999999996e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 322 aa  117  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0551  LysR family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 299 aa  117  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 294 aa  117  7e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.38 
 
 		 302 aa  117  7e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 293 aa  117  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3808  transcriptional regulator LysR family  41.22 
 
 		 309 aa  117  9e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  38.82 
 
 		 293 aa  116  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  43.45 
 
 		 306 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1079  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 205 aa  115  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.435292 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0542  transcription regulator protein  43.51 
 
 		 305 aa  115  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0164617  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 313 aa  115  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2053  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 291 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 323 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 334 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 323 aa  114  3.9999999999999997e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1066  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 298 aa  114  5e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.567936  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 292 aa  114  5e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 292 aa  114  5e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 324 aa  114  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  37.09 
 
 		 303 aa  114  5e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 324 aa  114  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 324 aa  114  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 292 aa  114  5e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 334 aa  114  6e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 334 aa  114  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 316 aa  114  6e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 330 aa  114  6e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  37.91 
 
 		 292 aa  114  6e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  37.91 
 
 		 292 aa  114  6e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 334 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 299 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1650  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 311 aa  114  6.9999999999999995e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.190227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 324 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0670  LysR family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 303 aa  114  6.9999999999999995e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.87688  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 334 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 334 aa  114  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 295 aa  114  7.999999999999999e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2773  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 304 aa  113  7.999999999999999e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  42.67 
 
 		 306 aa  113  7.999999999999999e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0522  transcriptional regulator, LysR family  40.71 
 
 		 298 aa  113  8.999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000927  transcriptional regulator  39.19 
 
 		 289 aa  113  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1152  transcription regulator protein  40.85 
 
 		 297 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 330 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05458  transcription regulator protein  39.46 
 
 		 298 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.106527 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 330 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0098  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 297 aa  113  1.0000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.48838  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 334 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 298 aa  112  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1228  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 305 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 323 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 298 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 303 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 321 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 334 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 325 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1075  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 324 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0356329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 296 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 325 aa  113  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3985  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 309 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 299 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.67 
 
 		 298 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 299 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 		 300 aa  112  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 306 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0437  transcriptional regulator, LysR family  43.24 
 
 		 305 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.704934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  37.82 
 
 		 334 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 334 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3747  LysR, substrate-binding  41.55 
 
 		 301 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 298 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 298 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 334 aa  111  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 304 aa  111  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 297 aa  112  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 310 aa  111  3e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  38.41 
 
 		 297 aa  111  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0231  LysR family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 300 aa  111  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.928007 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 298 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 334 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 289 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  36.05 
 
 		 289 aa  111  4.0000000000000004e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>