More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_2580 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2580  regulatory protein MerR  100 
 
 		 425 aa  870    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0483  DNA binding domain-containing protein  41.28 
 
 		 389 aa  285  9e-76  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1721  excisionase/Xis, DNA-binding  38.27 
 
 		 404 aa  259  8e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0856  citrate synthase  33.98 
 
 		 406 aa  210  3e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7567  putative citrate synthase  33.92 
 
 		 407 aa  177  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3240  DNA binding domain protein, excisionase family  34.22 
 
 		 410 aa  158  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1148  citrate synthase  33.17 
 
 		 429 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0705512  normal  0.385377 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3564  DNA binding domain protein, excisionase family  32.68 
 
 		 410 aa  146  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2556  citrate synthase  33.66 
 
 		 426 aa  143  6e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0550  citrate synthase  30.99 
 
 		 414 aa  137  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0425635 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0781  citrate synthase  31.37 
 
 		 545 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2391  citrate synthase  33 
 
 		 391 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4145  citrate synthase  29.14 
 
 		 395 aa  127  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.017146  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4867  citrate synthase  30.46 
 
 		 385 aa  123  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0287319  normal  0.592181 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2102  citrate synthase  28.95 
 
 		 384 aa  122  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2452  citrate synthase  29.13 
 
 		 410 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000202962 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2582  citrate synthase  28.88 
 
 		 410 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11188  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3184  Citrate synthase  31.05 
 
 		 413 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00740532 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1829  Citrate synthase  31.07 
 
 		 381 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.375812  hitchhiker  0.00523151 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0845  citrate synthase  28.43 
 
 		 390 aa  113  7.000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.627781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4908  citrate synthase  30.27 
 
 		 397 aa  113  7.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.115723  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3955  citrate synthase  30.29 
 
 		 386 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.999666  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2558  citrate synthase  29.02 
 
 		 410 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.01047 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1922  citrate synthase  28.78 
 
 		 410 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.409228  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2534  citrate synthase  28.78 
 
 		 410 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0988843  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2026  Citrate synthase  29.75 
 
 		 381 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1008  citrate synthase  25.94 
 
 		 429 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.115669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4951  citrate synthase  28.89 
 
 		 415 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3209  citrate synthase  28.89 
 
 		 415 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4949  citrate synthase  30.85 
 
 		 382 aa  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.537298  normal  0.392134 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6374  citrate synthase  27.36 
 
 		 413 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.154136 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6077  citrate synthase  28.61 
 
 		 413 aa  100  5e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4213  Citrate synthase  29.22 
 
 		 414 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.425435 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5753  Citrate synthase  27.87 
 
 		 384 aa  98.6  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149777  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3560  DNA binding domain protein, excisionase family  27.43 
 
 		 412 aa  95.1  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0836216  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1586  methylcitrate synthase  26.45 
 
 		 385 aa  89.4  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000154256  normal  0.49975 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1760  citrate synthase  25.69 
 
 		 374 aa  88.6  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1869  methylcitrate synthase  26.11 
 
 		 390 aa  87  5e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1165  methylcitrate synthase  26.11 
 
 		 390 aa  87  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0878  methylcitrate synthase  26.11 
 
 		 390 aa  87  5e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1737  methylcitrate synthase  26.11 
 
 		 390 aa  87  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0289  methylcitrate synthase  26.11 
 
 		 390 aa  87  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2142  methylcitrate synthase  26.11 
 
 		 390 aa  87  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0383  methylcitrate synthase  26.11 
 
 		 390 aa  87  5e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679335  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1809  methylcitrate synthase  26.33 
 
 		 384 aa  87  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.507238  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2188  methylcitrate synthase  26.33 
 
 		 390 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02719  methylcitrate synthase  26.04 
 
 		 384 aa  84.7  0.000000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.966086  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2081  methylcitrate synthase  26.79 
 
 		 404 aa  84.3  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.847456  normal  0.17968 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6860  methylcitrate synthase  25.15 
 
 		 395 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.632501  normal  0.17935 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2245  citrate synthase  28.74 
 
 		 402 aa  84.3  0.000000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2329  methylcitrate synthase  26.04 
 
 		 393 aa  83.6  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23220  methylcitrate synthase  25.44 
 
 		 387 aa  83.2  0.000000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0401  methylcitrate synthase  26.11 
 
 		 389 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.600733  hitchhiker  0.00000000076827 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0463  methylcitrate synthase  26.11 
 
 		 389 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000165686  hitchhiker  0.000000131062 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0403  methylcitrate synthase  26.11 
 
 		 389 aa  82  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3511  methylcitrate synthase  25.67 
 
 		 390 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.106101 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6081  methylcitrate synthase  25.07 
 
 		 389 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.662054 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0421  methylcitrate synthase  26.11 
 
 		 389 aa  82  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0409  methylcitrate synthase  26.11 
 
 		 389 aa  82  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000027346 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0761  citrate synthase  28.22 
 
 		 410 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0771063  normal  0.040487 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0121  methylcitrate synthase  25.44 
 
 		 387 aa  80.5  0.00000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0364  methylcitrate synthase  26.11 
 
 		 389 aa  80.5  0.00000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2302  methylcitrate synthase  26.22 
 
 		 389 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.459531  normal  0.256502 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2900  methylcitrate synthase  26.32 
 
 		 395 aa  80.5  0.00000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00287  2-methylcitrate synthase  26.11 
 
 		 389 aa  80.1  0.00000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0357  methylcitrate synthase  26.11 
 
 		 389 aa  80.1  0.00000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0398  methylcitrate synthase  26.11 
 
 		 389 aa  80.1  0.00000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00291  hypothetical protein  26.11 
 
 		 389 aa  80.1  0.00000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3029  methylcitrate synthase  25 
 
 		 385 aa  80.1  0.00000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0404  methylcitrate synthase  26.11 
 
 		 389 aa  79.7  0.00000000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5388  methylcitrate synthase  25.07 
 
 		 390 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4841  methylcitrate synthase  25.07 
 
 		 390 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.994856  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3273  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  26.11 
 
 		 389 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2401  2-methylcitrate synthase  25.23 
 
 		 371 aa  79.3  0.0000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.612256  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3292  methylcitrate synthase  26.11 
 
 		 389 aa  79.3  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3288  methylcitrate synthase  24.78 
 
 		 390 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281405  normal  0.014196 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4790  methylcitrate synthase  26.74 
 
 		 385 aa  78.6  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.427382  normal  0.159071 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2647  methylcitrate synthase  25.52 
 
 		 394 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0621  methylcitrate synthase  29.38 
 
 		 383 aa  78.2  0.0000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2319  methylcitrate synthase  24.85 
 
 		 386 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.16364  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0142  methylcitrate synthase  24.48 
 
 		 390 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.482229  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4756  methylcitrate synthase  25.07 
 
 		 390 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.394349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5345  methylcitrate synthase  24.41 
 
 		 390 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.417928  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5516  methylcitrate synthase  24.41 
 
 		 390 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0272926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10908  citrate synthase 2  34.5 
 
 		 373 aa  75.9  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0848  Citrate (Si)-synthase  31.79 
 
 		 368 aa  75.1  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4355  methylcitrate synthase  25.29 
 
 		 391 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3974  methylcitrate synthase  25 
 
 		 389 aa  75.5  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0651061 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3860  methylcitrate synthase  25 
 
 		 389 aa  75.5  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6707  methylcitrate synthase  25.29 
 
 		 389 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1508  methylcitrate synthase  26.16 
 
 		 386 aa  73.6  0.000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.83768  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1097  citrate synthase family protein  30.41 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.383469  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0942  citrate synthase family protein  31.7 
 
 		 450 aa  73.2  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0679891  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1245  citrate synthase  26.42 
 
 		 374 aa  73.2  0.000000000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0555  citrate synthase family protein  31.7 
 
 		 453 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2258  citrate synthase family protein  31.7 
 
 		 501 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2135  citrate synthase family protein  31.7 
 
 		 453 aa  72.4  0.00000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0866  methylcitrate synthase  23.89 
 
 		 391 aa  71.6  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5862  methylcitrate synthase  25.74 
 
 		 398 aa  71.6  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1347  methylcitrate synthase  25.43 
 
 		 389 aa  72  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.26517  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>