More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3564 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_3564  DNA binding domain protein, excisionase family  100 
 
 		 410 aa  805    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3240  DNA binding domain protein, excisionase family  93.41 
 
 		 410 aa  752    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1148  citrate synthase  53.79 
 
 		 429 aa  376  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0705512  normal  0.385377 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4908  citrate synthase  56.02 
 
 		 397 aa  363  4e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.115723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0781  citrate synthase  45.45 
 
 		 545 aa  287  2e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0856  citrate synthase  44.06 
 
 		 406 aa  279  6e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2391  citrate synthase  44.72 
 
 		 391 aa  277  2e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0550  citrate synthase  45.89 
 
 		 414 aa  276  5e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0425635 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3184  Citrate synthase  45.34 
 
 		 413 aa  268  1e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00740532 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2582  citrate synthase  47.45 
 
 		 410 aa  262  8e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.11188  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2452  citrate synthase  47.45 
 
 		 410 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000202962 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4145  citrate synthase  40 
 
 		 395 aa  255  1.0000000000000001e-66  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.017146  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7567  putative citrate synthase  43.22 
 
 		 407 aa  254  3e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4867  citrate synthase  44.84 
 
 		 385 aa  250  2e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0287319  normal  0.592181 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1922  citrate synthase  46.15 
 
 		 410 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.409228  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2534  citrate synthase  46.15 
 
 		 410 aa  251  2e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0988843  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2558  citrate synthase  45.67 
 
 		 410 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.01047 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4949  citrate synthase  44.33 
 
 		 382 aa  227  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.537298  normal  0.392134 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0845  citrate synthase  39.11 
 
 		 390 aa  228  2e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.627781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2102  citrate synthase  39.75 
 
 		 384 aa  224  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3955  citrate synthase  41.06 
 
 		 386 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.999666  normal  0.101767 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1829  Citrate synthase  42.25 
 
 		 381 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.375812  hitchhiker  0.00523151 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0761  citrate synthase  46.15 
 
 		 410 aa  219  6e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0771063  normal  0.040487 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4951  citrate synthase  38.81 
 
 		 415 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3209  citrate synthase  38.81 
 
 		 415 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5753  Citrate synthase  38.94 
 
 		 384 aa  218  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149777  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2556  citrate synthase  43.83 
 
 		 426 aa  216  4e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6374  citrate synthase  38.44 
 
 		 413 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.154136 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1760  citrate synthase  38.11 
 
 		 374 aa  211  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6077  citrate synthase  37.69 
 
 		 413 aa  210  4e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2026  Citrate synthase  42.25 
 
 		 381 aa  207  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4213  Citrate synthase  37.28 
 
 		 414 aa  189  5e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.425435 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2258  citrate synthase family protein  53.7 
 
 		 501 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0946  citrate synthase family protein  53.7 
 
 		 450 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2135  citrate synthase family protein  53.7 
 
 		 453 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0555  citrate synthase family protein  53.7 
 
 		 453 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0942  citrate synthase family protein  53.7 
 
 		 450 aa  184  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0679891  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1097  citrate synthase family protein  53.24 
 
 		 289 aa  182  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.383469  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0483  DNA binding domain-containing protein  36.25 
 
 		 389 aa  178  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2245  citrate synthase  42.68 
 
 		 402 aa  176  8e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1721  excisionase/Xis, DNA-binding  35.71 
 
 		 404 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2716  putative citrate synthase  35.25 
 
 		 418 aa  162  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000320245  normal  0.180168 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2580  regulatory protein MerR  33.17 
 
 		 425 aa  154  2e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0647  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  29.63 
 
 		 367 aa  138  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.029125  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0622  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  29.63 
 
 		 367 aa  138  2e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0115525  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1008  citrate synthase  32.13 
 
 		 429 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.115669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2401  2-methylcitrate synthase  30.14 
 
 		 371 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.612256  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10908  citrate synthase 2  31.65 
 
 		 373 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1523  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  32.78 
 
 		 379 aa  133  6e-30  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.297697  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1245  citrate synthase  37.89 
 
 		 374 aa  131  2.0000000000000002e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2027  citrate synthase 2  43.28 
 
 		 362 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0781  citrate synthase  38.19 
 
 		 372 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1035  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  31.86 
 
 		 375 aa  129  9.000000000000001e-29  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4725  citrate synthase  29.14 
 
 		 371 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5025  citrate synthase 2  31.39 
 
 		 371 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.761314 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3029  methylcitrate synthase  28.86 
 
 		 385 aa  128  2.0000000000000002e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5345  methylcitrate synthase  28.24 
 
 		 390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.417928  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5516  methylcitrate synthase  28.24 
 
 		 390 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0272926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4756  methylcitrate synthase  28.53 
 
 		 390 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.394349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0837  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  29.69 
 
 		 378 aa  127  5e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.531649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0142  methylcitrate synthase  28.24 
 
 		 390 aa  127  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.482229  normal  0.590891 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1586  methylcitrate synthase  29.14 
 
 		 385 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000154256  normal  0.49975 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4424  citrate synthase  29.63 
 
 		 371 aa  126  7e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4323  citrate synthase  28.88 
 
 		 371 aa  126  9e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4335  citrate synthase  28.88 
 
 		 371 aa  126  9e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4720  citrate synthase  28.88 
 
 		 382 aa  125  9e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4709  citrate synthase  28.88 
 
 		 382 aa  125  9e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000257504 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4704  citrate synthase  28.61 
 
 		 382 aa  125  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.842149  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4488  citrate synthase  28.88 
 
 		 371 aa  125  1e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0534  citrate synthase  28.61 
 
 		 382 aa  125  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0555246 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4839  citrate synthase  28.88 
 
 		 371 aa  125  1e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2679  citrate synthase  37.24 
 
 		 372 aa  125  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0198833  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4355  methylcitrate synthase  28.29 
 
 		 391 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1476  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  32.41 
 
 		 382 aa  125  1e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.644774  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6707  methylcitrate synthase  27.72 
 
 		 389 aa  125  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3278  citrate synthase  28.24 
 
 		 386 aa  125  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.312589  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1830  citrate synthase 2  42.79 
 
 		 362 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.011311 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3288  methylcitrate synthase  28.77 
 
 		 390 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281405  normal  0.014196 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0574  citrate synthase  31.94 
 
 		 378 aa  124  4e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2142  methylcitrate synthase  28.29 
 
 		 390 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1869  methylcitrate synthase  28.29 
 
 		 390 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1737  methylcitrate synthase  28.29 
 
 		 390 aa  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1165  methylcitrate synthase  28.29 
 
 		 390 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0383  methylcitrate synthase  28.29 
 
 		 390 aa  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679335  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0621  methylcitrate synthase  35.42 
 
 		 383 aa  123  6e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0878  methylcitrate synthase  28.29 
 
 		 390 aa  123  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0289  methylcitrate synthase  28.29 
 
 		 390 aa  123  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1809  methylcitrate synthase  29.07 
 
 		 384 aa  123  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.507238  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0723  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  32.05 
 
 		 382 aa  123  8e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.517524  normal  0.584309 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2713  citrate synthase  29.28 
 
 		 378 aa  122  9e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.656469 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5388  methylcitrate synthase  28.49 
 
 		 390 aa  122  9e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4841  citrate synthase 2  38.65 
 
 		 376 aa  122  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.169021 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1016  Citrate (Si)-synthase  36.71 
 
 		 366 aa  122  9.999999999999999e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.525155  hitchhiker  0.00235766 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3860  methylcitrate synthase  28.29 
 
 		 389 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1063  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  31.61 
 
 		 393 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4841  methylcitrate synthase  28.49 
 
 		 390 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.994856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1658  citrate synthase  38.1 
 
 		 373 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.617148  normal  0.567466 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3974  methylcitrate synthase  28.29 
 
 		 389 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0651061 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0404  2-methylcitrate synthase/citrate synthase II  30.85 
 
 		 378 aa  122  9.999999999999999e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4459  citrate synthase 2  37.73 
 
 		 376 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>