139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1071 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_1071  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 		 209 aa  421  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1071  NAD-dependent epimerase/dehydratase  99.04 
 
 		 209 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.745456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  89.95 
 
 		 209 aa  377  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.63768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0712  NAD-dependent epimerase/dehydratase  86.12 
 
 		 209 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.976883  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1191  NAD-dependent epimerase/dehydratase  86.12 
 
 		 209 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  86.12 
 
 		 209 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0563163 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1498  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  83.73 
 
 		 209 aa  349  1e-95  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1359  hypothetical protein  83.73 
 
 		 209 aa  349  1e-95  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1365  hypothetical protein  83.73 
 
 		 209 aa  349  1e-95  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.551315  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2869  YhfK-like protein  82.3 
 
 		 209 aa  348  3e-95  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4301  NAD-dependent epimerase/dehydratase  87.08 
 
 		 209 aa  338  4e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.588565  normal  0.169405 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.41 
 
 		 212 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.809178  normal  0.950879 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2473  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.24 
 
 		 211 aa  115  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1875  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.07 
 
 		 211 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.146647  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2944  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.64 
 
 		 212 aa  105  7e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.376909  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0293  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.02 
 
 		 212 aa  102  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.572416  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09343  hypothetical protein  32.24 
 
 		 212 aa  101  8e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0414979  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2674  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.08 
 
 		 211 aa  98.2  8e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.172224  normal  0.0331815 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2813  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.28 
 
 		 214 aa  94  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1065  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.97 
 
 		 215 aa  92  6e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1174  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.26 
 
 		 213 aa  90.1  2e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02326  hypothetical protein  35.07 
 
 		 210 aa  89.4  3e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.544292  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2936  hypothetical protein  32.29 
 
 		 218 aa  74.7  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1226  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.91 
 
 		 209 aa  74.3  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2308  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.05 
 
 		 231 aa  74.3  0.000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5510  hypothetical protein  31.22 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.325809  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2657  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.4 
 
 		 230 aa  67.8  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.352219  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5653  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.88 
 
 		 222 aa  67  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.297602  normal  0.281198 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6100  histidine triad (HIT) protein  32.93 
 
 		 374 aa  65.1  0.0000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00945728  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.22 
 
 		 219 aa  63.5  0.000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0623  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.68 
 
 		 218 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2180  hypothetical protein  27.08 
 
 		 221 aa  60.8  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2218  hypothetical protein  27.08 
 
 		 221 aa  60.8  0.00000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.864295  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3079  hypothetical protein  31.39 
 
 		 218 aa  59.3  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1754  hypothetical protein  26.05 
 
 		 218 aa  58.9  0.00000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.843314  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2748  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.03 
 
 		 218 aa  58.9  0.00000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0203481 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4424  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.51 
 
 		 219 aa  58.2  0.00000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4511  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.51 
 
 		 219 aa  58.2  0.00000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4805  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.51 
 
 		 219 aa  58.2  0.00000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.638466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32240  putative NADH-flavin reductase  30.11 
 
 		 214 aa  57.4  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.778097  normal  0.45843 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.21 
 
 		 236 aa  57.4  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.93 
 
 		 231 aa  57  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_26382  predicted protein  28.16 
 
 		 267 aa  57.4  0.0000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0549744  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3617  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative  27.65 
 
 		 257 aa  57  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.753976 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2089  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.82 
 
 		 227 aa  56.6  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0760206  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_22130  putative NADH-flavin reductase  28.38 
 
 		 221 aa  56.2  0.0000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1151  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.72 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.166157  normal  0.313673 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1309  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.08 
 
 		 293 aa  55.5  0.0000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3044  hypothetical protein  27.03 
 
 		 219 aa  55.5  0.0000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000643211  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1484  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.41 
 
 		 320 aa  55.1  0.0000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0253949  normal  0.427643 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3236  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.21 
 
 		 216 aa  54.3  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.468435  normal  0.127341 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0227  NmrA family protein  30.65 
 
 		 232 aa  54.3  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1014  hypothetical protein  27.64 
 
 		 212 aa  53.5  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.177874  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2014  hypothetical protein  29.53 
 
 		 231 aa  53.9  0.000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.441743 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4847  NmrA family protein  33.33 
 
 		 216 aa  53.5  0.000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  decreased coverage  0.00912445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.19 
 
 		 220 aa  53.9  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0501  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase-like  29.06 
 
 		 216 aa  53.1  0.000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.82125 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2224  hypothetical protein  28.22 
 
 		 228 aa  52.8  0.000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.133127 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3938  hypothetical protein  30.18 
 
 		 212 aa  52.8  0.000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3977  NmrA family protein  26.06 
 
 		 209 aa  52.4  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000385201 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0474  hypothetical protein  27.68 
 
 		 214 aa  52.4  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.84085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1275  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.9 
 
 		 238 aa  52.4  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0108279  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1303  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.57 
 
 		 333 aa  52.4  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.956027  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.99 
 
 		 211 aa  52.4  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.825731  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1016  hypothetical protein  33.54 
 
 		 231 aa  52  0.000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.861732  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0585  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.73 
 
 		 218 aa  52  0.000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_18769  predicted protein  23.23 
 
 		 294 aa  51.6  0.000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.032519  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0868  saccharopine dehydrogenase related protein  29.45 
 
 		 217 aa  50.8  0.00001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1942  binding/catalytic/coenzyme-binding protein  25.55 
 
 		 257 aa  51.2  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1916  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase, putative  25.55 
 
 		 257 aa  51.2  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5164  NmrA family protein  28.5 
 
 		 321 aa  51.2  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000496465 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1147  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.89 
 
 		 306 aa  50.4  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0675  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.61 
 
 		 223 aa  50.4  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.523369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3916  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.23 
 
 		 218 aa  50.1  0.00003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2558  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  29.81 
 
 		 291 aa  49.3  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3216  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.79 
 
 		 270 aa  48.9  0.00005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2676  hypothetical protein  28.77 
 
 		 229 aa  48.5  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.01 
 
 		 299 aa  48.5  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_7116  predicted protein  25.85 
 
 		 218 aa  48.1  0.00008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.150512  normal  0.0561113 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.12 
 
 		 225 aa  48.1  0.00009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03900  putative NADH-flavin reductase  25.69 
 
 		 215 aa  48.1  0.00009  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0627666 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.75 
 
 		 296 aa  48.1  0.00009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1211  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.65 
 
 		 211 aa  47.8  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.858868  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0979  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.42 
 
 		 211 aa  48.1  0.0001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08411  putative NADH-flavin reductase  25.13 
 
 		 222 aa  48.1  0.0001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.40154  hitchhiker  0.00485134 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1372  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.15 
 
 		 235 aa  47.8  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0745309  normal  0.267287 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3928  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25 
 
 		 209 aa  47.8  0.0001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0209  putative NADH-flavin reductase  25.13 
 
 		 222 aa  47  0.0002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.995838  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3563  NmrA-like  26.53 
 
 		 291 aa  46.6  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.86 
 
 		 294 aa  46.6  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0193  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.06 
 
 		 216 aa  46.6  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.296771  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08621  putative NADH-flavin reductase  21.43 
 
 		 219 aa  47  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00500  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  27.33 
 
 		 220 aa  47  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.39496  normal  0.546332 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.01 
 
 		 233 aa  47  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.984722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011681  PHATRDRAFT_47367  predicted protein  26.34 
 
 		 366 aa  47  0.0002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.389479  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3052  hypothetical protein  30.83 
 
 		 219 aa  46.6  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000885422  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3482  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.95 
 
 		 315 aa  46.2  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.20524 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2797  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.65 
 
 		 228 aa  46.6  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1086  hypothetical protein  31.11 
 
 		 231 aa  45.8  0.0004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.951647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1655  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.38 
 
 		 219 aa  46.2  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>