101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BLD_1139 on replicon NC_010816
Organism: Bifidobacterium longum DJO10A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010816  BLD_1139  reverse transcriptase  100 
 
 
414 aa  844    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.344979  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2266  reverse transcriptase family protein  27.74 
 
 
328 aa  77.8  0.0000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.334675  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1695  reverse transcriptase family protein  28.11 
 
 
344 aa  77  0.0000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.517212  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1227  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.73 
 
 
342 aa  75.9  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.01115  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2342  reverse transcriptase family protein  28.31 
 
 
344 aa  72.8  0.00000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.482317  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2387  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  27.31 
 
 
337 aa  66.2  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0908163  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2214  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.27 
 
 
364 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1035  hypothetical protein  26.56 
 
 
288 aa  63.9  0.000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.921224  normal  0.791043 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2189  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  26.04 
 
 
343 aa  64.3  0.000000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00134811  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1615  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  26.16 
 
 
377 aa  64.3  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.378938  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2350  Retron-type reverse transcriptase  22.82 
 
 
393 aa  63.5  0.000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2255  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  30.32 
 
 
339 aa  62  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0459  hypothetical protein  26.52 
 
 
343 aa  60.1  0.00000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00698134  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1321  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.75 
 
 
366 aa  59.3  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2079  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.75 
 
 
366 aa  59.3  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.225219  normal  0.513333 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0447  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.72 
 
 
362 aa  58.2  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3857  reverse transcriptase/endonuclease protein  22.71 
 
 
604 aa  57  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0869  hypothetical protein  29.44 
 
 
278 aa  56.2  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.461741 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0183  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.53 
 
 
467 aa  55.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0252  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.53 
 
 
467 aa  55.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.486482  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0645  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.53 
 
 
467 aa  55.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0867872  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1333  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.53 
 
 
467 aa  55.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0724737  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2156  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.53 
 
 
467 aa  55.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00341983  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2376  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.53 
 
 
467 aa  55.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.207221  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3888  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.53 
 
 
467 aa  55.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.248408  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4139  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.53 
 
 
467 aa  55.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.813307  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4251  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  25.53 
 
 
467 aa  55.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.90502  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1921  RNA-directed DNA polymerase  28.48 
 
 
595 aa  55.8  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2831  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.28 
 
 
469 aa  55.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0089  reverse transcriptase  23.08 
 
 
632 aa  54.7  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0653  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.3 
 
 
417 aa  54.7  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.008692  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1979  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.3 
 
 
417 aa  54.7  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.312745  normal 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4396  hypothetical protein  21.83 
 
 
434 aa  54.7  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0077  reverse transcriptase  23.08 
 
 
632 aa  54.7  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0589009  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0567  prophage LambdaSa1, reverse transcriptase/maturase family protein  22.69 
 
 
439 aa  53.9  0.000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1820  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.3 
 
 
434 aa  53.9  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.70829 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1129  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.03 
 
 
350 aa  53.9  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.951259  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2677  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.07 
 
 
447 aa  52.8  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1127  RNA-directed DNA polymerase  24.9 
 
 
449 aa  51.6  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.961113  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4971  RNA-directed DNA polymerase  25.52 
 
 
572 aa  51.2  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2627  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.08 
 
 
493 aa  50.8  0.00005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.332645  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1369  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.23 
 
 
487 aa  50.1  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2879  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.23 
 
 
487 aa  50.1  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.6071  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2930  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.23 
 
 
487 aa  50.1  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3066  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.23 
 
 
487 aa  50.1  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0086  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.38 
 
 
493 aa  49.3  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0483  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.38 
 
 
419 aa  49.3  0.0001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000125765  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0664  RNA-directed DNA polymerase  24.36 
 
 
605 aa  49.3  0.0001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3200  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.47 
 
 
467 aa  48.9  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1986  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.34 
 
 
433 aa  48.5  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.289767  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3013  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.46 
 
 
444 aa  48.9  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.301733  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2197  RNA-directed DNA polymerase  23.63 
 
 
458 aa  47.8  0.0004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.187035  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4601  RNA-directed DNA polymerase  25.21 
 
 
585 aa  47.4  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4258  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.03 
 
 
369 aa  47.4  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4899  RNA-directed DNA polymerase  25.42 
 
 
585 aa  47.4  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.539476  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2212  RNA-directed DNA polymerase  25.1 
 
 
454 aa  47.4  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0905944  normal  0.180359 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0142  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.4 
 
 
475 aa  47.4  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0584  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.4 
 
 
475 aa  47.4  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0624  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.4 
 
 
475 aa  47.4  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0812  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.4 
 
 
475 aa  47.4  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.158231  hitchhiker  0.0000219513 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0976  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.4 
 
 
475 aa  47.4  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.307448  normal  0.190974 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1387  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.4 
 
 
475 aa  47.4  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.017267  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1714  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.4 
 
 
475 aa  47.4  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.125991 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1820  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.4 
 
 
475 aa  47.4  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.102915  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1901  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.4 
 
 
475 aa  47.4  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1923  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.4 
 
 
475 aa  47.4  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2067  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.4 
 
 
475 aa  47.4  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00121404  normal  0.0104805 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2185  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.4 
 
 
475 aa  47.4  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000124712 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2426  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.4 
 
 
475 aa  47.4  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2652  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.4 
 
 
475 aa  47.4  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2778  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.4 
 
 
475 aa  47.4  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2318  RNA-directed DNA polymerase  25.43 
 
 
425 aa  47  0.0006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.428183  normal  0.0142975 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2104  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  22.33 
 
 
413 aa  47  0.0006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0282857  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0466  group II intron reverse transcriptase/maturase  22.13 
 
 
599 aa  46.6  0.0008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0929  CRISPR-associated protein Cas1  24.56 
 
 
731 aa  46.6  0.0008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.400864  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1035  hypothetical protein  21.19 
 
 
482 aa  46.2  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1253  hypothetical protein  21.19 
 
 
482 aa  46.2  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1977  hypothetical protein  21.19 
 
 
482 aa  46.2  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2054  CRISPR-associated Cas1 family protein  25.15 
 
 
731 aa  46.2  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0955  group II intron, maturase  22.61 
 
 
434 aa  45.4  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2471  group II intron, maturase  22.61 
 
 
434 aa  45.4  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.546508  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0949  RNA-directed DNA polymerase  25 
 
 
569 aa  45.1  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.22082  normal  0.366472 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4617  RNA-directed DNA polymerase  25.42 
 
 
585 aa  45.4  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0447  RNA-directed DNA polymerase  24.35 
 
 
568 aa  45.1  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.499499  normal  0.735233 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2073  RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)  23.4 
 
 
409 aa  45.1  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00719283  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01366  hypothetical maturase  23.19 
 
 
423 aa  45.1  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.702192  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0722  RNA-directed DNA polymerase  25 
 
 
626 aa  45.1  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0690  RNA-directed DNA polymerase  25 
 
 
626 aa  45.1  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4539  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.91 
 
 
413 aa  44.7  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.605782  normal  0.634482 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1310  RNA-directed DNA polymerase  24.84 
 
 
428 aa  44.7  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389336  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1533  RNA-directed DNA polymerase  26.11 
 
 
607 aa  44.7  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2196  RNA-directed DNA polymerase  21.3 
 
 
633 aa  44.3  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.035125  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3928  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  21.3 
 
 
633 aa  44.3  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.105215  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24600  RNA-directed DNA polymerase  25.55 
 
 
505 aa  44.3  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5242  RNA-directed DNA polymerase  24.69 
 
 
587 aa  43.9  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.461209  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02784  hypothetical maturase  23.19 
 
 
423 aa  43.5  0.006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.59847  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5840  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  23.35 
 
 
309 aa  43.5  0.007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0622  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.29 
 
 
603 aa  43.1  0.008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00000352823  hitchhiker  0.00000108768 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1070  RNA-directed DNA polymerase (Reverse transcriptase)  24.29 
 
 
603 aa  43.5  0.008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.229974  normal  0.255999 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1685  retron-type reverse transcriptase  20.4 
 
 
599 aa  43.1  0.009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.950387  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>