81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_p0235 on replicon NC_009475
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009475  BBta_p0235  hypothetical protein  100 
 
 		 106 aa  215  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.946889 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7310  putative ParB-like nuclease  77.46 
 
 		 528 aa  114  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3808  nuclease  71.83 
 
 		 694 aa  108  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.310263 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2859  ParB-like nuclease  60.56 
 
 		 726 aa  97.4  6e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3672  nuclease  53.95 
 
 		 715 aa  90.1  9e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2659  hypothetical protein  55.26 
 
 		 713 aa  87.4  6e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.603455  normal  0.436395 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0192  ParB family protein  51.95 
 
 		 703 aa  85.1  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0771  nuclease  50 
 
 		 708 aa  82.8  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2858  nuclease  50 
 
 		 709 aa  83.2  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0970138 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1541  parB-like partition proteins  54.05 
 
 		 708 aa  82.8  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.79146  normal  0.0178306 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7711  hypothetical protein  50 
 
 		 582 aa  80.9  0.000000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0320471 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4025  parB-like partition protein  51.95 
 
 		 687 aa  80.5  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.934499  normal  0.037787 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2520  ParB-like nuclease  48.68 
 
 		 694 aa  79.7  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4579  parB-like partition protein  50.65 
 
 		 687 aa  79  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.914169  normal  0.147919 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2346  putative DNA-binding protein  50 
 
 		 536 aa  78.6  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.598568  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0538  ParB family protein  48.72 
 
 		 714 aa  79  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3060  ParB domain protein nuclease  51.35 
 
 		 714 aa  78.2  0.00000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.658709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2123  hypothetical protein  50 
 
 		 717 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4146  ParB-like nuclease  52.05 
 
 		 717 aa  77.4  0.00000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0488845  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6187  ParB domain protein nuclease  52.7 
 
 		 711 aa  77.4  0.00000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00276297 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2781  ParB domain protein nuclease  47.06 
 
 		 714 aa  77  0.00000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6053  nuclease  54.05 
 
 		 694 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3513  nuclease  50 
 
 		 706 aa  76.3  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557046 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1222  nuclease  50 
 
 		 706 aa  76.3  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3151  hypothetical protein  44.74 
 
 		 716 aa  75.5  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.258373  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3031  nuclease  51.35 
 
 		 712 aa  75.9  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0571  parB-like partition protein  48.05 
 
 		 687 aa  75.5  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.462321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3333  putative plasmid stabilization protein  50.65 
 
 		 577 aa  75.9  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1474  ParB family protein  50 
 
 		 577 aa  75.9  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.430156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3920  ParB-like nuclease  44.87 
 
 		 703 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0730  nuclease  48.65 
 
 		 734 aa  74.7  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.232794  normal  0.968585 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1059  ParB domain protein nuclease  50 
 
 		 685 aa  74.3  0.0000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0380  ParB family protein  45.45 
 
 		 713 aa  73.2  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7409  hypothetical protein  47.44 
 
 		 546 aa  73.2  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4923  parB-like partition protein  48.65 
 
 		 706 aa  72.8  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.953106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3567  ParB-like nuclease  43.59 
 
 		 703 aa  72.4  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8287  ParB domain protein nuclease  47.3 
 
 		 709 aa  72  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.246382  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0550  parB-like partition protein  46.67 
 
 		 615 aa  67.8  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4594  putative plasmid stabilization protein  50 
 
 		 696 aa  67  0.00000000009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473967  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0315  nuclease  47.22 
 
 		 636 aa  62.4  0.000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2078  ParB domain protein nuclease  46.84 
 
 		 677 aa  62.4  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5564  ParB domain protein nuclease  53.52 
 
 		 759 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0978774 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9896  transcriptional regulator  40.79 
 
 		 645 aa  60.1  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3089  hypothetical protein  39.56 
 
 		 369 aa  59.3  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.762612  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3819  hypothetical protein  44.59 
 
 		 723 aa  59.3  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4602  parB-like partition protein  45.33 
 
 		 654 aa  58.5  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.469215  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0467  nuclease  41.89 
 
 		 687 aa  58.5  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0680  nuclease  46.48 
 
 		 681 aa  57.8  0.00000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2465  ParB-like nuclease  43.84 
 
 		 658 aa  57.4  0.00000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2640  ParB family protein  43.42 
 
 		 690 aa  57  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.587748  normal  0.035821 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2322  nuclease  44.74 
 
 		 682 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6194  nuclease  41.89 
 
 		 751 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0926146  normal  0.731953 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31190  hypothetical protein  42.31 
 
 		 684 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000126349  unclonable  1.05034e-21 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1245  ParB family protein  42.11 
 
 		 683 aa  55.1  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.034848 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4159  nuclease  42.86 
 
 		 679 aa  54.7  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.841229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2943  nuclease  42.86 
 
 		 683 aa  54.3  0.0000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.24471  normal  0.819404 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2617  hypothetical protein  44.16 
 
 		 597 aa  52.4  0.000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1478  ParB family protein  44.16 
 
 		 680 aa  52.8  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3033  ParB family protein  41.56 
 
 		 688 aa  52  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2733  nuclease  41.56 
 
 		 688 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.905416  normal  1 
 
 
-
 
NC_010158  YpAngola_0139  ParB domain-containing protein  37.5 
 
 		 669 aa  52  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000818484 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2612  ParB domain protein nuclease  41.56 
 
 		 679 aa  51.6  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3534  ParB domain protein nuclease  42.67 
 
 		 687 aa  50.1  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1277  ParB domain protein nuclease  43.06 
 
 		 689 aa  50.1  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3740  nuclease  41.56 
 
 		 692 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2079  hypothetical protein  39.76 
 
 		 321 aa  48.5  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.862852  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2219  ParB-like nuclease  37.68 
 
 		 667 aa  47.8  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.488609  normal  0.287852 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6935  nuclease  40.3 
 
 		 709 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0146149  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6483  ParB domain protein nuclease  34.21 
 
 		 740 aa  45.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.656524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3345  nuclease  56.41 
 
 		 603 aa  45.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.0526297 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1870  ParB domain protein nuclease  40.79 
 
 		 684 aa  45.4  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2258  nuclease  56.41 
 
 		 607 aa  44.7  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0720626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3852  hypothetical protein  56.41 
 
 		 560 aa  44.7  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.921055  normal  0.646797 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3609  ParB family protein  56.41 
 
 		 606 aa  44.7  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1660  ParB family protein  56.41 
 
 		 389 aa  43.9  0.0007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.295778  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3925  parB-like partition protein  36.62 
 
 		 690 aa  43.9  0.0008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2198  ParB family protein  32.94 
 
 		 662 aa  43.1  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776578  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2079  ParB family protein  53.85 
 
 		 603 aa  43.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0428  parB-like partition proteins  32.94 
 
 		 662 aa  42.7  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.62662  normal  0.628869 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0024  plasmid partition protein B  36.71 
 
 		 654 aa  42  0.003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0068  plasmid partition protein B  35.9 
 
 		 652 aa  40.4  0.009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.878087 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>