More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3910 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3910  dehydrogenase  100 
 
 		 315 aa  639    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.715875  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0843  galactose 1-dehydrogenase  60.46 
 
 		 310 aa  372  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1017  galactose 1-dehydrogenase  55.26 
 
 		 308 aa  345  4e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1420  galactose 1-dehydrogenase  53.77 
 
 		 311 aa  335  7e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0883  putative D-galactose 1-dehydrogenase  52.08 
 
 		 341 aa  333  3e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0941  D-galactose 1-dehydrogenase, putative  52.27 
 
 		 311 aa  332  4e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1217  Galactose 1-dehydrogenase  50.5 
 
 		 308 aa  327  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.262624  decreased coverage  0.00000117945 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4216  galactose 1-dehydrogenase  50.49 
 
 		 309 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.552547  normal  0.714025 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3616  galactose 1-dehydrogenase  53.87 
 
 		 318 aa  327  2.0000000000000001e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1072  Galactose 1-dehydrogenase  50.17 
 
 		 308 aa  322  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.524055  decreased coverage  0.00000279105 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3971  galactose 1-dehydrogenase  52.75 
 
 		 310 aa  322  6e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0549531  normal  0.657914 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3077  galactose 1-dehydrogenase  53.38 
 
 		 323 aa  320  3e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.212276 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2134  galactose 1-dehydrogenase  51.49 
 
 		 308 aa  318  7.999999999999999e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1330  galactose 1-dehydrogenase  54.43 
 
 		 308 aa  318  1e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0301596 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4587  galactose 1-dehydrogenase  49.5 
 
 		 309 aa  316  3e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00120434 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2597  Galactose 1-dehydrogenase  51.32 
 
 		 312 aa  315  5e-85  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.730979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5217  D-galactose 1-dehydrogenase  49.5 
 
 		 309 aa  315  5e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3007  Galactose 1-dehydrogenase  51.64 
 
 		 312 aa  315  5e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5642  galactose 1-dehydrogenase  49.5 
 
 		 309 aa  315  5e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00221401  normal  0.105539 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5477  galactose 1-dehydrogenase  49.5 
 
 		 309 aa  315  6e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0273658 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4922  galactose 1-dehydrogenase  49.5 
 
 		 309 aa  315  7e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.486884 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3205  galactose 1-dehydrogenase  49.17 
 
 		 309 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.143629 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0043  L-arabinose 1-dehydrogenase (NADP+)  48.36 
 
 		 309 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0768  galactose 1-dehydrogenase  48.51 
 
 		 308 aa  313  1.9999999999999998e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0771142 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1629  dehydrogenase  49.83 
 
 		 309 aa  305  6e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0358495  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4782  D-galactose 1-dehydrogenase  46.56 
 
 		 308 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.144052  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04345  galactose 1-dehydrogenase  48.81 
 
 		 311 aa  290  2e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4331  D-galactose 1-dehydrogenase  46.23 
 
 		 308 aa  289  4e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4245  galactose 1-dehydrogenase  51.63 
 
 		 303 aa  284  1.0000000000000001e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.358266 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4632  galactose 1-dehydrogenase  49.52 
 
 		 313 aa  276  4e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0523811 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0745  D-galactose 1-dehydrogenase  45.07 
 
 		 306 aa  245  8e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0227  oxidoreductase domain protein  25.47 
 
 		 346 aa  66.6  0.0000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000151204  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01970  predicted dehydrogenase  23.62 
 
 		 323 aa  64.7  0.000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.395105 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2154  oxidoreductase domain protein  30 
 
 		 347 aa  63.5  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.273291  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1537  oxidoreductase domain protein  25.19 
 
 		 356 aa  63.2  0.000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0406  oxidoreductase domain protein  25.1 
 
 		 340 aa  62.4  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1832  oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family  28 
 
 		 353 aa  60.8  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000457819  normal  0.338324 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0344  oxidoreductase domain protein  23.05 
 
 		 347 aa  59.3  0.00000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2876  oxidoreductase domain-containing protein  26.27 
 
 		 337 aa  59.3  0.00000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4405  oxidoreductase domain-containing protein  26.7 
 
 		 369 aa  59.3  0.00000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0571768  normal  0.145119 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37800  predicted dehydrogenase  28.43 
 
 		 296 aa  59.3  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.176276 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1447  oxidoreductase domain protein  24.51 
 
 		 310 aa  58.9  0.0000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0737599 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3840  oxidoreductase domain protein  27.82 
 
 		 321 aa  58.9  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0183731  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09791  putative oxidoreductase  27.64 
 
 		 373 aa  58.5  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.678537  normal  0.0468377 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1244  oxidoreductase domain-containing protein  26.4 
 
 		 346 aa  58.9  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.173685 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3425  oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family  26.98 
 
 		 353 aa  58.5  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3390  Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase  26.14 
 
 		 343 aa  57.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3184  Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase  26.98 
 
 		 353 aa  58.5  0.0000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3302  Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase  26.14 
 
 		 343 aa  58.2  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3655  Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase  26.14 
 
 		 343 aa  57.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.32508  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1960  gfo/idh/mocA family protein  25.12 
 
 		 351 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.430175  normal  0.910454 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1807  gfo/idh/mocA family protein  25 
 
 		 347 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3804  oxidoreductase domain protein  25.13 
 
 		 353 aa  57.8  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0084  oxidoreductase domain-containing protein  26.57 
 
 		 370 aa  58.2  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01303  hypothetical protein  26.18 
 
 		 351 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01292  predicted oxidoreductase, NADH-binding  26.18 
 
 		 351 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2331  oxidoreductase domain protein  26.18 
 
 		 351 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.318532  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3353  Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase  26.14 
 
 		 343 aa  57.4  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0022588  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3606  oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family  26.14 
 
 		 343 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.28667e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3413  oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family  27.2 
 
 		 353 aa  57.4  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0020549  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2310  oxidoreductase domain-containing protein  26.18 
 
 		 351 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1430  gfo/idh/mocA family protein  26.18 
 
 		 351 aa  57.4  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3812  putative dehydrogenase  30.13 
 
 		 345 aa  57  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2159  oxidoreductase domain-containing protein  24.52 
 
 		 351 aa  57  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.473931 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3622  oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family  26.14 
 
 		 343 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000912709  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3425  Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase  28 
 
 		 353 aa  56.6  0.0000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00879234  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2126  oxidoreductase domain protein  25.12 
 
 		 320 aa  56.6  0.0000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3112  oxidoreductase  26.4 
 
 		 353 aa  56.6  0.0000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2245  oxidoreductase domain-containing protein  25.57 
 
 		 342 aa  56.2  0.0000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00745524  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3454  oxidoreductase domain-containing protein  26.21 
 
 		 373 aa  56.6  0.0000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0346302 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0209  oxidoreductase domain-containing protein  30.15 
 
 		 346 aa  55.8  0.0000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1611  oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family  25 
 
 		 343 aa  55.8  0.0000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0635321  hitchhiker  0.0000000369623 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0203  oxidoreductase domain-containing protein  30.15 
 
 		 346 aa  55.8  0.0000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3615  Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase  25.57 
 
 		 343 aa  55.8  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000987324  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0787  oxidoreductase domain protein  28.08 
 
 		 374 aa  55.1  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0208  oxidoreductase domain-containing protein  27.34 
 
 		 359 aa  55.1  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1201  oxidoreductase-like  29.37 
 
 		 374 aa  55.5  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3914  putative dehydrogenase  29.49 
 
 		 345 aa  55.5  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.465022 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1476  oxidoreductase-like protein  23.23 
 
 		 370 aa  55.5  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.408484 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07991  putative oxidoreductase  27.62 
 
 		 367 aa  55.1  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.716989  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1525  gfo/idh/mocA family protein  24.64 
 
 		 351 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0202  oxidoreductase domain-containing protein  27.34 
 
 		 359 aa  55.1  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03291  predicted oxidoreductase with NAD(P)-binding Rossmann-fold domain  31.75 
 
 		 345 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.283514  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0275  oxidoreductase domain protein  31.75 
 
 		 345 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3639  putative dehydrogenase  31.75 
 
 		 345 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.117542  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1431  Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase  25.15 
 
 		 288 aa  54.7  0.000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.953147  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0273  putative dehydrogenase  31.75 
 
 		 345 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03244  hypothetical protein  31.75 
 
 		 345 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.414276  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3918  putative dehydrogenase  31.75 
 
 		 345 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3745  putative dehydrogenase  29.49 
 
 		 345 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3854  putative dehydrogenase  28.97 
 
 		 345 aa  55.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4013  oxidoreductase domain-containing protein  29.29 
 
 		 362 aa  54.7  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0962  oxidoreductase domain-containing protein  22.05 
 
 		 357 aa  54.7  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3437  oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family  25.6 
 
 		 353 aa  55.1  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3885  oxidoreductase, NAD-binding  31.75 
 
 		 308 aa  53.9  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.432138  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4443  oxidoreductase domain protein  26.71 
 
 		 366 aa  53.9  0.000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.280845  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4541  oxidoreductase domain protein  26.55 
 
 		 373 aa  54.3  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1052  oxidoreductase domain-containing protein  22.06 
 
 		 359 aa  53.9  0.000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.704406  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0040  Gfo/Idh/MocA family oxidoreductase  27.34 
 
 		 346 aa  54.3  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4956  oxidoreductase domain protein  29.6 
 
 		 344 aa  53.9  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>