65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amuc_1158 on replicon NC_010655
Organism: Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010655  Amuc_1158  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 		 198 aa  407  1e-113  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00528384 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3499  RNA polymerase sigma-70 factor  31.71 
 
 		 210 aa  87.4  1e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2569  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.34 
 
 		 193 aa  55.1  0.0000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0863  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  32.24 
 
 		 202 aa  51.6  0.000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.523408  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4879  RNA polymerase sigma factor  28.83 
 
 		 236 aa  51.2  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.452771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3371  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.43 
 
 		 210 aa  50.4  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0253707 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4403  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.38 
 
 		 192 aa  49.3  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0790596  normal  0.211953 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6225  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.93 
 
 		 232 aa  49.3  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.939561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4425  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.4 
 
 		 205 aa  49.3  0.00004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0203569  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2791  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.27 
 
 		 201 aa  47.4  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.080251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1637  sigma 28  33.82 
 
 		 262 aa  46.6  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.195318  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6883  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.61 
 
 		 214 aa  46.6  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4790  RNA polymerase sigma factor  25.77 
 
 		 237 aa  47  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0962359 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1062  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.87 
 
 		 194 aa  46.2  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.602875  normal  0.18502 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0863  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  39.68 
 
 		 172 aa  45.4  0.0005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.674297  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3697  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  24.2 
 
 		 201 aa  45.4  0.0005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5579  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.45 
 
 		 189 aa  45.1  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1644  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.74 
 
 		 222 aa  44.7  0.0009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1558  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  40.32 
 
 		 185 aa  43.9  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.779421 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6216  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  23.65 
 
 		 188 aa  43.9  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2423  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  38.03 
 
 		 194 aa  44.3  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  27.12 
 
 		 190 aa  43.9  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0525  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26 
 
 		 222 aa  44.3  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.784341 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1122  2-succinyl-6-hydroxy-2, 4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase  31.91 
 
 		 561 aa  44.3  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.727681 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3264  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.71 
 
 		 189 aa  43.5  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6380  RNA polymerase sigma factor  22.22 
 
 		 241 aa  43.5  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.505499  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3022  putative RNA polymerase sigma factor  26.74 
 
 		 175 aa  43.9  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3195  RNA polymerase sigma factor  28.66 
 
 		 234 aa  43.5  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6032  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  36.51 
 
 		 199 aa  43.5  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.40169 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0951  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.88 
 
 		 218 aa  43.1  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.941158  normal  0.954881 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0177  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  31.51 
 
 		 272 aa  43.5  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000404132  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  26.54 
 
 		 171 aa  43.5  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4279  RNA polymerase sigma factor  32.88 
 
 		 239 aa  42.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0415  RNA polymerase sigma factor  30.52 
 
 		 197 aa  42.7  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.26316  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2630  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  24.53 
 
 		 186 aa  42.7  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0312805  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4933  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.58 
 
 		 218 aa  42.7  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.366814 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5050  RNA polymerase sigma factor  29.41 
 
 		 234 aa  42.7  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5003  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.87 
 
 		 209 aa  42.7  0.003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3056  RNA polymerase sigma factor  23.6 
 
 		 203 aa  42.4  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.331913  normal  0.0420414 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1787  RNA polymerase sigma factor  26.86 
 
 		 223 aa  42.4  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.99637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2072  RNA polymerase sigma factor  30.52 
 
 		 197 aa  42.7  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.530899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2091  RNA polymerase sigma factor SigX  40.82 
 
 		 196 aa  42.4  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0133508  normal  0.223352 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13315  RNA polymerase sigma factor SigF  42.86 
 
 		 261 aa  42.4  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1591  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.14 
 
 		 203 aa  42.4  0.004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3400  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  37.68 
 
 		 176 aa  42.4  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0526069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41575  RNA polymerase sigma factor SigX  40.82 
 
 		 196 aa  42.4  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000797839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1785  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.05 
 
 		 202 aa  42  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3625  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.85 
 
 		 199 aa  42.4  0.005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.347473  normal  0.725536 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3625  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.38 
 
 		 188 aa  42.4  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0173124 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3530  RNA polymerase sigma factor SigX  40.82 
 
 		 196 aa  42.4  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0988658  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0621  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  25.91 
 
 		 208 aa  42  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.939664  normal  0.179191 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4364  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  23.04 
 
 		 217 aa  42  0.006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0543  RNA polymerase, ECF-type sigma factor  25.54 
 
 		 194 aa  42  0.006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0552939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1567  RNA polymerase sigma factor  28 
 
 		 231 aa  41.6  0.007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0697  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  26.16 
 
 		 227 aa  41.6  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.40387  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4064  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.92 
 
 		 186 aa  41.6  0.007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0072  RNA polymerase sigma factor  28 
 
 		 231 aa  41.6  0.007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04710  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  36.23 
 
 		 190 aa  41.6  0.008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.76285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4546  transcriptional regulator, LuxR family  28.57 
 
 		 198 aa  41.6  0.008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.104822 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1426  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.73 
 
 		 192 aa  41.6  0.008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.267228 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5152  transcriptional regulator, LuxR family  26.97 
 
 		 168 aa  41.6  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.448203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0089  RNA polymerase sigma factor  28 
 
 		 231 aa  41.6  0.008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0706  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.13 
 
 		 189 aa  41.6  0.009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.727205  normal  0.0985674 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1438  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  25.81 
 
 		 167 aa  41.2  0.009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5050  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.1 
 
 		 191 aa  41.2  0.01  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0706246  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>