More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5523 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3299  glycoside hydrolase family protein  58.2 
 
 		 716 aa  757    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5523  glycoside hydrolase family 3 domain protein  100 
 
 		 714 aa  1428    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.131263  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0408  glycoside hydrolase family 3 domain protein  54.96 
 
 		 713 aa  706    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0536  glycoside hydrolase family 3 domain protein  50.21 
 
 		 754 aa  634  1e-180  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.0012986  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1567  glycoside hydrolase family 3 protein  42.45 
 
 		 743 aa  595  1e-169  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.599534  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1014  glycoside hydrolase family protein  44.63 
 
 		 772 aa  594  1e-168  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.285084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1816  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.67 
 
 		 751 aa  580  1e-164  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1012  glycoside hydrolase family 3 domain protein  40.8 
 
 		 804 aa  569  1e-161  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.722043  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0817  glycoside hydrolase family 3 protein  44.3 
 
 		 738 aa  559  1e-158  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306432 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2729  Beta-glucosidase  44.32 
 
 		 759 aa  552  1e-156  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.751661 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3521  glycoside hydrolase family 3 protein  40.06 
 
 		 766 aa  547  1e-154  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.656969  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1132  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.58 
 
 		 752 aa  540  9.999999999999999e-153  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.730093  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3638  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.81 
 
 		 766 aa  538  9.999999999999999e-153  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.456784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5411  glycoside hydrolase family 3 domain protein  44.86 
 
 		 751 aa  537  1e-151  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3463  glycoside hydrolase family 3 protein  43.33 
 
 		 721 aa  538  1e-151  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3972  glycoside hydrolase family 3 protein  44.27 
 
 		 763 aa  536  1e-151  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.471941  normal  0.534128 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3136  glycoside hydrolase family 3 domain protein  45.51 
 
 		 759 aa  538  1e-151  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4963  glycoside hydrolase family 3 protein  40.88 
 
 		 765 aa  530  1e-149  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.337001  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4366  glycoside hydrolase family 3 protein  39.53 
 
 		 743 aa  522  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04104  periplasmic beta-glucosidase  43.6 
 
 		 723 aa  521  1e-146  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3861  glycoside hydrolase family 3 protein  42.18 
 
 		 759 aa  520  1e-146  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.825752  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0699  glycoside hydrolase family 3 protein  39.56 
 
 		 743 aa  513  1e-144  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.788293  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3995  beta-D-glucoside glucohydrolase, periplasmic  40.8 
 
 		 774 aa  515  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000632005  normal  0.332036 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0249  glycoside hydrolase family 3 protein  41.9 
 
 		 750 aa  513  1e-144  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0331  glycoside hydrolase family 3 domain protein  43.88 
 
 		 724 aa  514  1e-144  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.398461  normal  0.549038 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3739  periplasmic beta-glucosidase  37.98 
 
 		 740 aa  509  1e-143  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.22686  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1800  beta-glucosidase  41.94 
 
 		 739 aa  501  1e-140  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2402  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.54 
 
 		 769 aa  501  1e-140  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.452314  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3993  glycoside hydrolase family protein  38.24 
 
 		 753 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.848681  normal  0.0961182 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2497  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.98 
 
 		 769 aa  500  1e-140  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1732  glycoside hydrolase family 3 protein  41.94 
 
 		 740 aa  499  1e-140  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0078  glycoside hydrolase family 3 domain protein  43.1 
 
 		 702 aa  496  1e-139  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4408  glycoside hydrolase family 3 protein  39.08 
 
 		 763 aa  498  1e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.721312  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1047  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.08 
 
 		 733 aa  492  9.999999999999999e-139  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1044  glycoside hydrolase family 3 protein  39.4 
 
 		 763 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2400  periplasmic beta-glucosidase  38.54 
 
 		 755 aa  493  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0530  glycoside hydrolase family protein  40.47 
 
 		 751 aa  494  9.999999999999999e-139  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.60857 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1547  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.96 
 
 		 768 aa  493  9.999999999999999e-139  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2311  periplasmic beta-glucosidase  38.54 
 
 		 765 aa  493  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2915  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.58 
 
 		 768 aa  495  9.999999999999999e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2355  periplasmic beta-glucosidase  38.26 
 
 		 755 aa  493  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1403  periplasmic beta-glucosidase  38.81 
 
 		 763 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4290  beta-glucosidase  37.83 
 
 		 765 aa  492  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0593  glycoside hydrolase family 3 protein  40.96 
 
 		 727 aa  491  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2512  periplasmic beta-glucosidase  38.26 
 
 		 755 aa  491  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0532  putative periplasmic beta-glucosidase  40.96 
 
 		 727 aa  491  1e-137  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3784  b-glucosidase, glycoside hydrolase family 3 protein  37.06 
 
 		 745 aa  491  1e-137  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.299854 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2404  periplasmic beta-glucosidase  38.26 
 
 		 755 aa  492  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3237  glycoside hydrolase family 3 protein  40.52 
 
 		 768 aa  489  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4320  glycoside hydrolase family 3 protein  38.68 
 
 		 763 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1297  glycoside hydrolase family protein  38.41 
 
 		 763 aa  484  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00926582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2731  beta-galactosidase  37.43 
 
 		 772 aa  484  1e-135  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02062  beta-D-glucoside glucohydrolase, periplasmic  37.33 
 
 		 765 aa  481  1e-134  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1525  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.33 
 
 		 765 aa  479  1e-134  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2421  beta-glucosidase, periplasmic  37.19 
 
 		 765 aa  480  1e-134  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2267  beta-glucosidase, periplasmic  37.33 
 
 		 765 aa  479  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3577  glycoside hydrolase family 3 domain protein  44.37 
 
 		 723 aa  482  1e-134  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.622283  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1515  glycoside hydrolase family 3 protein  37.33 
 
 		 765 aa  481  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02020  hypothetical protein  37.33 
 
 		 765 aa  481  1e-134  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3580  periplasmic beta-glucosidase  40.61 
 
 		 764 aa  481  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0326173  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0912  beta-glucosidase, periplasmic  37.47 
 
 		 765 aa  479  1e-134  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.611673 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0841  beta-glucosidase, periplasmic  37.33 
 
 		 765 aa  479  1e-133  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42230  periplasmic beta-glucosidase  40.19 
 
 		 764 aa  478  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.33573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3257  beta-glucosidase, periplasmic  37.19 
 
 		 765 aa  474  1e-132  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621974 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1611  glycoside hydrolase family protein  41.96 
 
 		 764 aa  474  1e-132  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1371  glycoside hydrolase family 3 protein  38.05 
 
 		 765 aa  470  1.0000000000000001e-131  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2291  glycoside hydrolase family 3 domain protein  39.94 
 
 		 733 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2442  glycoside hydrolase family 3 domain protein  41.68 
 
 		 742 aa  456  1e-127  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3526  glycoside hydrolase family 3 domain protein  38.78 
 
 		 727 aa  444  1e-123  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.045935 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2514  glycoside hydrolase family 3 protein  42.9 
 
 		 743 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0628734 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2737  glycoside hydrolase family 3 domain protein  42.47 
 
 		 743 aa  440  9.999999999999999e-123  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.728913 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0397  Beta-glucosidase-related glycosidase  34.88 
 
 		 760 aa  437  1e-121  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000776871 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2630  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.73 
 
 		 782 aa  403  1e-111  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.829499  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0229  glycoside hydrolase family 3 protein  32.81 
 
 		 777 aa  403  1e-111  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.270264  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0852  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.91 
 
 		 762 aa  398  1e-109  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0847818  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2354  glycoside hydrolase family 3 domain protein  31.82 
 
 		 771 aa  396  1e-109  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0901  glycoside hydrolase family 3 protein  35.15 
 
 		 790 aa  393  1e-108  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.72185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0871  glycoside hydrolase family 3 protein  33.95 
 
 		 778 aa  387  1e-106  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0848  glycoside hydrolase family 3 protein  34.56 
 
 		 778 aa  388  1e-106  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0323  glycoside hydrolase family 3 domain protein  32.28 
 
 		 807 aa  377  1e-103  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000125133  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1089  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.55 
 
 		 795 aa  373  1e-102  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03740  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  35.29 
 
 		 765 aa  370  1e-101  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.653977 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0502  glycoside hydrolase family 3 protein  33.47 
 
 		 772 aa  372  1e-101  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1163  glycoside hydrolase family 3 domain protein  36.27 
 
 		 762 aa  371  1e-101  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0692  glycoside hydrolase family 3 domain protein  37.3 
 
 		 736 aa  367  1e-100  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0501235 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3730  glycoside hydrolase family protein  33.46 
 
 		 805 aa  363  6e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.414697  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1832  glycoside hydrolase family 3 protein  33.55 
 
 		 808 aa  360  4e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0261035 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2862  glycoside hydrolase family 3 domain protein  31.17 
 
 		 757 aa  360  5e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.18832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1370  Beta-glucosidase  35.2 
 
 		 737 aa  353  8.999999999999999e-96  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3292  glycoside hydrolase family 3 protein  35.57 
 
 		 1037 aa  352  2e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1607  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.06 
 
 		 760 aa  349  1e-94  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0198  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.47 
 
 		 749 aa  348  3e-94  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1564  glycoside hydrolase family 3 protein  30.55 
 
 		 755 aa  346  1e-93  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.180056  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11570  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  36.3 
 
 		 785 aa  345  1e-93  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0110088 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23450  beta-glucosidase-like glycosyl hydrolase  36.28 
 
 		 773 aa  343  5e-93  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.594543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0928  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.68 
 
 		 780 aa  335  2e-90  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5261  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.77 
 
 		 806 aa  335  2e-90  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2069  glycoside hydrolase family 3 domain protein  34.72 
 
 		 760 aa  335  2e-90  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1080  glycoside hydrolase family 3 domain protein  33.98 
 
 		 792 aa  333  7.000000000000001e-90  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.353054  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1723  glycoside hydrolase family 3 domain protein  31.75 
 
 		 756 aa  330  5.0000000000000004e-89  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000651092  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>