More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4953 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4953  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  100 
 
 		 687 aa  1391    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3872  phosphoenolpyruvate synthase/pyruvate phosphate dikinase-like  25.67 
 
 		 656 aa  148  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.53722  normal  0.168213 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2387  pyruvate phosphate dikinase, PEP/pyruvate-binding  25.56 
 
 		 625 aa  125  3e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0947705  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2573  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding protein  32.62 
 
 		 835 aa  124  4e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09338  hypothetical protein  27.43 
 
 		 970 aa  124  4e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.446903  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0588  phosphoenolpyruvate synthase  31.82 
 
 		 824 aa  123  9.999999999999999e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2165  phosphoenolpyruvate synthase  29.75 
 
 		 761 aa  121  3e-26  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3264  phosphoenolpyruvate synthase  31.6 
 
 		 890 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000174113  normal  0.320272 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0751  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  29.56 
 
 		 887 aa  120  7e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0402174 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3580  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding protein  28.57 
 
 		 887 aa  120  9e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1951  phosphoenolpyruvate synthase  31.37 
 
 		 871 aa  120  9e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1694  phosphoenolpyruvate synthase  29.57 
 
 		 779 aa  118  3e-25  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.434121 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1117  phosphoenolpyruvate synthase  31.6 
 
 		 891 aa  118  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4990  phosphoenolpyruvate synthase  30.89 
 
 		 765 aa  118  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.82613  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0644  phosphoenolpyruvate synthase  31.45 
 
 		 870 aa  114  5e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0824821 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4939  phosphoenolpyruvate synthase  33.23 
 
 		 865 aa  114  6e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0930681 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5062  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding protein  33.01 
 
 		 840 aa  113  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1574  pyruvate,water dikinase  33.74 
 
 		 366 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.328565  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6941  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  33.01 
 
 		 810 aa  111  3e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.951528  normal  0.75146 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0271  phosphoenolpyruvate synthase  29.11 
 
 		 769 aa  111  5e-23  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.187508  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2079  phosphoenolpyruvate synthase  29.06 
 
 		 761 aa  110  6e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2899  phosphoenolpyruvate synthase  28.3 
 
 		 868 aa  110  8.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.407068  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3116  phosphoenolpyruvate synthase  28.3 
 
 		 868 aa  110  8.000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2610  phosphoenolpyruvate synthase  29.97 
 
 		 762 aa  109  2e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1657  phosphoenolpyruvate synthase  29.68 
 
 		 792 aa  109  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0346  phosphoenolpyruvate synthase  28.8 
 
 		 758 aa  108  3e-22  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000716638 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3615  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  34.62 
 
 		 902 aa  108  3e-22  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4240  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  30.19 
 
 		 302 aa  108  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1849  phosphoenolpyruvate synthase  30.72 
 
 		 762 aa  108  4e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0313  phosphoenolpyruvate synthase  30.97 
 
 		 809 aa  107  6e-22  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0419  phosphoenolpyruvate synthase  29.34 
 
 		 757 aa  107  7e-22  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.603284  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0490  phosphoenolpyruvate synthase  27.85 
 
 		 758 aa  107  8e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1433  phosphoenolpyruvate synthase  30.93 
 
 		 801 aa  107  8e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0349  phosphoenolpyruvate synthase, putative  28.89 
 
 		 825 aa  106  1e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2728  phosphoenolpyruvate synthase  29.47 
 
 		 874 aa  106  1e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.336193 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2868  phosphoenolpyruvate synthase  27.67 
 
 		 868 aa  107  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.424665  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1730  phosphoenolpyruvate synthase  29.55 
 
 		 781 aa  107  1e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0554  phosphoenolpyruvate synthase  29.49 
 
 		 758 aa  106  2e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.435689  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1204  phosphoenolpyruvate synthase  32.26 
 
 		 810 aa  106  2e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.490144 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3119  phosphoenolpyruvate synthase  27.55 
 
 		 869 aa  105  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3108  phosphoenolpyruvate synthase  28.9 
 
 		 868 aa  105  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.721717  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1573  phosphoenolpyruvate synthase  28.16 
 
 		 758 aa  105  2e-21  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_494  phosphoenolpyruvate synthase/pyruvate phosphate dikinase  29.39 
 
 		 758 aa  105  2e-21  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000095153  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2758  phosphoenolpyruvate synthase  29.97 
 
 		 792 aa  105  2e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1157  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding protein  32.71 
 
 		 869 aa  105  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1713  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding  35.46 
 
 		 867 aa  105  4e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0623992  normal  0.0493713 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0510  pyruvate, water dikinase  29.43 
 
 		 334 aa  104  5e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.749276  normal  0.163777 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0634  pyruvate, water dikinase  31.37 
 
 		 898 aa  104  5e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.766252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1445  phosphoenolpyruvate synthase  28.92 
 
 		 812 aa  103  8e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.123077 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2456  phosphoenolpyruvate synthase  29.68 
 
 		 792 aa  103  9e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1894  Phosphoenolpyruvate synthase/pyruvate phosphate dikinase-like protein  31.88 
 
 		 971 aa  103  9e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1605  putative phosphoenolpyruvate synthase (pyruvate, water dikinase) (PEP synthase)  30.63 
 
 		 364 aa  103  9e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1306  phosphoenolpyruvate synthase  30.36 
 
 		 799 aa  103  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.124264  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1535  phosphoenolpyruvate synthase  30.36 
 
 		 799 aa  103  1e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.116027  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2438  phosphoenolpyruvate synthase  30.65 
 
 		 801 aa  103  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0972203  normal  0.0321023 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2561  phosphoenolpyruvate synthase  30.36 
 
 		 799 aa  103  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.424098  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3277  phosphoenolpyruvate synthase  30.36 
 
 		 799 aa  103  1e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.818512  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2415  phosphoenolpyruvate synthase  30.95 
 
 		 812 aa  103  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0611735  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2470  phosphoenolpyruvate synthase  30.36 
 
 		 799 aa  103  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2035  phosphoenolpyruvate synthase  30.36 
 
 		 799 aa  103  1e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.128691  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1321  phosphoenolpyruvate synthase  30.95 
 
 		 801 aa  103  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.134227  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1689  phosphoenolpyruvate synthase  29.11 
 
 		 792 aa  103  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2174  phosphoenolpyruvate synthase  29.11 
 
 		 792 aa  103  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0176662 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0529  phosphoenolpyruvate synthase  28.3 
 
 		 758 aa  102  2e-20  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000746686  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2046  phosphoenolpyruvate synthase  30.56 
 
 		 799 aa  102  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0453767  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2857  phosphoenolpyruvate synthase  33.44 
 
 		 892 aa  102  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.321665  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1637  phosphoenolpyruvate synthase  30.49 
 
 		 754 aa  102  2e-20  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5613  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding protein  32.72 
 
 		 873 aa  102  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.650843  normal  0.554799 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3137  phosphoenolpyruvate synthase  27.83 
 
 		 868 aa  102  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1904  phosphoenolpyruvate synthase  30.36 
 
 		 799 aa  102  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.809978 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2035  phosphoenolpyruvate synthase  30.36 
 
 		 799 aa  102  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.733283  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2815  pyruvate, water dikinase  33.12 
 
 		 853 aa  101  4e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.217826  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0592  phosphoenolpyruvate synthase  30.53 
 
 		 788 aa  101  6e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.245818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1274  phosphoenolpyruvate synthase  29.76 
 
 		 799 aa  100  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0121  phosphoenolpyruvate synthase  32.07 
 
 		 800 aa  100  9e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1888  phosphoenolpyruvate synthase  29.68 
 
 		 809 aa  100  9e-20  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2869  phosphoenolpyruvate synthase  31.91 
 
 		 810 aa  100  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2894  phosphoenolpyruvate synthase  26.67 
 
 		 868 aa  100  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.497322  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1737  phosphoenolpyruvate synthase  28.14 
 
 		 794 aa  100  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1699  phosphoenolpyruvate synthase  30.36 
 
 		 800 aa  99.8  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.251717  normal  0.789638 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2600  phosphoenolpyruvate synthase  28.14 
 
 		 794 aa  100  1e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1843  phosphoenolpyruvate synthase  28.14 
 
 		 794 aa  100  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1823  phosphoenolpyruvate synthase  29.7 
 
 		 792 aa  100  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1905  phosphoenolpyruvate synthase  29.39 
 
 		 792 aa  99.4  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2825  phosphoenolpyruvate synthase  28.16 
 
 		 869 aa  99.8  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5312  phosphoenolpyruvate synthase  29.46 
 
 		 800 aa  99  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0521327  normal  0.180473 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2022  phosphoenolpyruvate synthase  30.06 
 
 		 800 aa  99.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.233402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6075  phosphoenolpyruvate synthase  30.06 
 
 		 800 aa  99.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2297  phosphoenolpyruvate synthase  28.83 
 
 		 808 aa  99.4  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000505096  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1972  phosphoenolpyruvate synthase  30.64 
 
 		 805 aa  99.4  2e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2002  phosphoenolpyruvate synthase  30.06 
 
 		 800 aa  99.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2666  pyruvate, water dikinase  32.32 
 
 		 868 aa  99.4  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2655  phosphoenolpyruvate synthase  28.88 
 
 		 788 aa  98.6  3e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00600909  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5940  phosphoenolpyruvate synthase  32.35 
 
 		 803 aa  98.6  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1461  phosphoenolpyruvate synthase  29.39 
 
 		 792 aa  98.6  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2689  phosphoenolpyruvate synthase  31.78 
 
 		 871 aa  99  3e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.769187 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1479  phosphoenolpyruvate synthase  29.39 
 
 		 792 aa  98.6  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.328062  normal  0.259297 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1453  phosphoenolpyruvate synthase  29.67 
 
 		 794 aa  98.6  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0718621  normal  0.314007 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0174  pyruvate, water dikinase  31.53 
 
 		 884 aa  98.2  4e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000648  phosphoenolpyruvate synthase  27.74 
 
 		 790 aa  98.2  5e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.45337  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>