149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3872 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3872  phosphoenolpyruvate synthase/pyruvate phosphate dikinase-like  100 
 
 		 656 aa  1354    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.53722  normal  0.168213 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2387  pyruvate phosphate dikinase, PEP/pyruvate-binding  34.95 
 
 		 625 aa  399  1e-109  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0947705  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4953  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  25.15 
 
 		 687 aa  140  8.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.717786  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4240  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  27.6 
 
 		 302 aa  74.3  0.000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0313  phosphoenolpyruvate synthase  25.07 
 
 		 809 aa  68.9  0.0000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1565  Pyruvate, water dikinase  26.75 
 
 		 871 aa  67  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.747222  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1433  phosphoenolpyruvate synthase  26.59 
 
 		 801 aa  64.3  0.000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0510  pyruvate, water dikinase  25.79 
 
 		 334 aa  63.5  0.00000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.749276  normal  0.163777 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1730  phosphoenolpyruvate synthase  24.92 
 
 		 781 aa  62  0.00000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1204  phosphoenolpyruvate synthase  23.38 
 
 		 810 aa  62  0.00000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.490144 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12720  phosphoenolpyruvate synthase  26.27 
 
 		 764 aa  61.2  0.00000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_87084  predicted protein  24.04 
 
 		 997 aa  60.5  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.019106  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32991  predicted protein  30.05 
 
 		 918 aa  60.1  0.0000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0660064  normal  0.166301 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09338  hypothetical protein  22.83 
 
 		 970 aa  59.3  0.0000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.446903  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1405  phosphoenolpyruvate synthase  26.11 
 
 		 798 aa  59.7  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.640066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1768  phosphoenolpyruvate synthase  26.24 
 
 		 791 aa  58.9  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.513341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2610  phosphoenolpyruvate synthase  24.79 
 
 		 762 aa  58.9  0.0000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1657  phosphoenolpyruvate synthase  25.98 
 
 		 792 aa  58.9  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23280  phosphoenolpyruvate synthase  24.86 
 
 		 790 aa  58.5  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1888  phosphoenolpyruvate synthase  23.66 
 
 		 809 aa  57.8  0.0000006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2009  phosphoenolpyruvate synthase  26.7 
 
 		 791 aa  57.8  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000127973  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0644  phosphoenolpyruvate synthase  25 
 
 		 870 aa  56.6  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0824821 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1592  phosphoenolpyruvate synthase  27.48 
 
 		 789 aa  56.6  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000471516  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1736  phosphoenolpyruvate synthase  27.48 
 
 		 789 aa  56.6  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00335783  normal  0.358822 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0605  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  29.69 
 
 		 950 aa  57  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00206316 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000648  phosphoenolpyruvate synthase  24.22 
 
 		 790 aa  55.8  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.45337  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1972  phosphoenolpyruvate synthase  26.36 
 
 		 805 aa  56.2  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1694  phosphoenolpyruvate synthase  24.24 
 
 		 779 aa  55.8  0.000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.434121 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1162  phosphoenolpyruvate synthase  24.32 
 
 		 799 aa  55.5  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2062  phosphoenolpyruvate synthase  27.13 
 
 		 796 aa  55.1  0.000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.224612  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2243  phosphoenolpyruvate synthase  27.03 
 
 		 789 aa  55.1  0.000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0079831  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2758  phosphoenolpyruvate synthase  27.62 
 
 		 792 aa  54.7  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2085  phosphoenolpyruvate synthase  27.73 
 
 		 790 aa  54.3  0.000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.213037  normal  0.122816 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2481  phosphoenolpyruvate synthase  26.58 
 
 		 789 aa  54.3  0.000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0281757  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1355  pyruvate, water dikinase  23.93 
 
 		 870 aa  54.3  0.000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.590002  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1863  phosphoenolpyruvate synthase  26.58 
 
 		 789 aa  54.3  0.000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0183397  hitchhiker  0.0000000630455 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2488  phosphoenolpyruvate synthase  26.58 
 
 		 789 aa  53.9  0.000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.172291  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2601  phosphoenolpyruvate synthase  26.58 
 
 		 789 aa  53.9  0.000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000925203  normal  0.0344247 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0751  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  25.18 
 
 		 887 aa  53.9  0.000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0402174 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2644  phosphoenolpyruvate synthase  27.19 
 
 		 789 aa  53.5  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1335  phosphoenolpyruvate synthase  27.46 
 
 		 794 aa  53.5  0.00001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000416419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2456  phosphoenolpyruvate synthase  27.2 
 
 		 792 aa  53.1  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1034  phosphoenolpyruvate synthase  27.46 
 
 		 794 aa  52.8  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00422574  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2045  Pyruvate, water dikinase  23.48 
 
 		 887 aa  53.1  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1894  Phosphoenolpyruvate synthase/pyruvate phosphate dikinase-like protein  25.29 
 
 		 971 aa  53.1  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2833  phosphoenolpyruvate synthase  25.79 
 
 		 798 aa  53.1  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1535  phosphoenolpyruvate synthase  28.75 
 
 		 799 aa  52.4  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.116027  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2561  phosphoenolpyruvate synthase  28.75 
 
 		 799 aa  52.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.424098  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2046  phosphoenolpyruvate synthase  28.33 
 
 		 799 aa  52.4  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0453767  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2035  phosphoenolpyruvate synthase  28.75 
 
 		 799 aa  52.4  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.128691  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3277  phosphoenolpyruvate synthase  28.75 
 
 		 799 aa  52.4  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.818512  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2415  phosphoenolpyruvate synthase  28.75 
 
 		 812 aa  52.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0611735  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2470  phosphoenolpyruvate synthase  28.75 
 
 		 799 aa  52.4  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1306  phosphoenolpyruvate synthase  28.75 
 
 		 799 aa  52.4  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.124264  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2419  phosphoenolpyruvate synthase  26.59 
 
 		 792 aa  52  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3658  phosphoenolpyruvate synthase  24.65 
 
 		 791 aa  52  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224142  normal  0.417276 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2934  phosphoenolpyruvate synthase  23.81 
 
 		 789 aa  52  0.00003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0384  phosphoenolpyruvate synthase  25.48 
 
 		 907 aa  52  0.00004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2082  phosphoenolpyruvate synthase  27.27 
 
 		 791 aa  51.6  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.665806  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1699  phosphoenolpyruvate synthase  23.97 
 
 		 800 aa  51.6  0.00005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.251717  normal  0.789638 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3536  phosphoenolpyruvate synthase  25 
 
 		 792 aa  51.2  0.00005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5064  phosphoenolpyruvate synthase  26.97 
 
 		 796 aa  51.6  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.307557 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2577  phosphoenolpyruvate synthase  26.82 
 
 		 790 aa  51.2  0.00006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.395998 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1689  phosphoenolpyruvate synthase  26.78 
 
 		 792 aa  51.2  0.00006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41670  phosphoenolpyruvate synthase  24.72 
 
 		 791 aa  50.8  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0349  phosphoenolpyruvate synthase, putative  27.56 
 
 		 825 aa  50.8  0.00008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0634  pyruvate, water dikinase  27.43 
 
 		 898 aa  50.8  0.00009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.766252  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01671  phosphoenolpyruvate synthase  26.19 
 
 		 792 aa  50.1  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.437893  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1940  phosphoenolpyruvate synthase  26.19 
 
 		 792 aa  50.1  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.887116  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01660  hypothetical protein  26.19 
 
 		 792 aa  50.1  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.417356  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2438  phosphoenolpyruvate synthase  23.69 
 
 		 801 aa  50.1  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0972203  normal  0.0321023 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2399  phosphoenolpyruvate synthase  27.45 
 
 		 799 aa  50.1  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.628825 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0220  phosphoenolpyruvate synthase  25.38 
 
 		 790 aa  50.4  0.0001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.556806  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1445  phosphoenolpyruvate synthase  24.07 
 
 		 812 aa  50.1  0.0001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.123077 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1781  phosphoenolpyruvate synthase  26.19 
 
 		 792 aa  50.1  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1919  phosphoenolpyruvate synthase  26.19 
 
 		 792 aa  50.1  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1929  phosphoenolpyruvate synthase  26.19 
 
 		 792 aa  50.1  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217189  normal  0.175873 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1489  phosphoenolpyruvate synthase  26.19 
 
 		 792 aa  50.4  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1995  phosphoenolpyruvate synthase  26.19 
 
 		 792 aa  49.7  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.367287  normal  0.176053 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3108  phosphoenolpyruvate synthase  27.62 
 
 		 868 aa  49.7  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.721717  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1445  phosphoenolpyruvate synthase  26.19 
 
 		 792 aa  49.7  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.732195  normal  0.149027 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3119  phosphoenolpyruvate synthase  22.47 
 
 		 869 aa  49.3  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1849  phosphoenolpyruvate synthase  22.57 
 
 		 762 aa  49.7  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1622  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  25.81 
 
 		 891 aa  49.7  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0173  phosphoenolpyruvate synthase  24.52 
 
 		 812 aa  48.9  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1605  putative phosphoenolpyruvate synthase (pyruvate, water dikinase) (PEP synthase)  26.22 
 
 		 364 aa  48.5  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1600  phosphoenolpyruvate synthase  26.82 
 
 		 791 aa  48.5  0.0004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000263384 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2689  phosphoenolpyruvate synthase  26.24 
 
 		 871 aa  48.1  0.0005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.769187 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3042  phosphoenolpyruvate synthase  26.67 
 
 		 799 aa  48.1  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2050  phosphoenolpyruvate synthase  24.21 
 
 		 801 aa  48.1  0.0005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.112575  normal  0.511905 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1593  phosphoenolpyruvate synthase  26.82 
 
 		 791 aa  48.1  0.0005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.313637  normal  0.0743943 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1157  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate- binding protein  26.46 
 
 		 869 aa  48.1  0.0005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1382  phosphoenolpyruvate synthase  25.78 
 
 		 796 aa  47.8  0.0006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.446776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1890  phosphoenolpyruvate synthase  22.8 
 
 		 815 aa  47.8  0.0007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.15516  normal  0.186411 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0251  phosphoenolpyruvate synthase  24.01 
 
 		 803 aa  47.8  0.0007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2825  phosphoenolpyruvate synthase  22.86 
 
 		 869 aa  47.4  0.0008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1453  phosphoenolpyruvate synthase  25.3 
 
 		 794 aa  47.4  0.0008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0718621  normal  0.314007 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6941  pyruvate phosphate dikinase PEP/pyruvate-binding  23.94 
 
 		 810 aa  47.4  0.0008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.951528  normal  0.75146 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1479  phosphoenolpyruvate synthase  25.79 
 
 		 792 aa  47.4  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.328062  normal  0.259297 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1461  phosphoenolpyruvate synthase  25.79 
 
 		 792 aa  47.4  0.0009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>