More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4358 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4358  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 289 aa  569  1e-161  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.261709  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3463  LysR family transcriptional regulator  61.49 
 
 		 305 aa  333  2e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.600683 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3079  LysR family transcriptional regulator  55.25 
 
 		 345 aa  290  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2879  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 292 aa  288  5.0000000000000004e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0627  transcriptional regulator, LysR family  51.93 
 
 		 295 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.133406  normal  0.406767 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4176  LysR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 290 aa  279  3e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4698  LysR family transcriptional regulator  54.33 
 
 		 290 aa  279  4e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.981446 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3809  LysR family transcriptional regulator  52.76 
 
 		 291 aa  278  7e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.22688  hitchhiker  0.00755616 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4073  LysR family transcriptional regulator  51.23 
 
 		 322 aa  276  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5490  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 290 aa  275  9e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3575  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 290 aa  275  9e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.441848  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4792  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 290 aa  275  9e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0919  LysR family transcriptional regulator  52.6 
 
 		 290 aa  270  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0352  LysR family transcriptional regulator  49.13 
 
 		 297 aa  264  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4630  transcriptional regulator, LysR family  50.53 
 
 		 290 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.474885  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0718  LysR family transcriptional regulator  50.18 
 
 		 294 aa  255  7e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.235527 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  39 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  39 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 288 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 288 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 300 aa  138  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 306 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 316 aa  137  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  36.19 
 
 		 292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 287 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 287 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 286 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  34.7 
 
 		 293 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 287 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 287 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.97 
 
 		 291 aa  132  9e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 316 aa  129  6e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 292 aa  128  9.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 287 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 283 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 306 aa  123  3e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  33.21 
 
 		 332 aa  123  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 296 aa  122  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2857  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 348 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.682675 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 		 285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 285 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 287 aa  120  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  32.71 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 282 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 281 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 309 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 282 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  32.44 
 
 		 312 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4590  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 318 aa  119  7.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7471  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 292 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  32.44 
 
 		 312 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 293 aa  119  7.999999999999999e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  32.44 
 
 		 312 aa  119  7.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 312 aa  118  9e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 294 aa  118  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  32.44 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  32.44 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  32.44 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 282 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  32.44 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 282 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0106  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 283 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 282 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 328 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 282 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2994  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 348 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  31.82 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 285 aa  116  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 317 aa  117  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1431  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 289 aa  117  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 321 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 313 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 301 aa  115  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 282 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 299 aa  115  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5676  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6040  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 292 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.061034 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 284 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 292 aa  115  8.999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 288 aa  115  8.999999999999998e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 286 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>