298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4057 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4057  formate dehydrogenase, subunit FdhD  100 
 
 		 290 aa  591  1e-168  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3256  formate dehydrogenase, subunit FdhD  73.29 
 
 		 280 aa  408  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.340615  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3459  formate dehydrogenase, subunit FdhD  72.08 
 
 		 296 aa  404  1.0000000000000001e-112  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.215556 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2786  formate dehydrogenase subunit FdhD  72.08 
 
 		 296 aa  404  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0374953  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1176  putative fdhD protein  67.73 
 
 		 299 aa  385  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.108793 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0839  formate dehydrogenase, subunit FdhD  68.18 
 
 		 290 aa  386  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.145713  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0942  formate dehydrogenase, subunit FdhD  65.36 
 
 		 319 aa  380  1e-104  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3723  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  57.86 
 
 		 303 aa  335  3.9999999999999995e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.521477 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2176  formate dehydrogenase subunit FdhD  59.07 
 
 		 291 aa  325  7e-88  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.60851  normal  0.0520829 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2580  formate dehydrogenase subunit FdhD  58.72 
 
 		 291 aa  321  8e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.437396  normal  0.264505 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2756  formate dehydrogenase subunit FdhD  57.66 
 
 		 278 aa  317  2e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000145311  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2367  FDHD protein  57.65 
 
 		 291 aa  311  7.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0478854 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0687  formate dehydrogenase, subunit FdhD  58.39 
 
 		 276 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3715  formate dehydrogenase subunit FdhD  53.28 
 
 		 275 aa  287  1e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.351414  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0648  formate dehydrogenase, subunit FdhD  49.1 
 
 		 276 aa  271  7e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1126  formate dehydrogenase accessory protein  49.81 
 
 		 337 aa  260  1e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0053  formate dehydrogenase, subunit FdhD  48.19 
 
 		 281 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3619  formate dehydrogenase accessory protein FdhD, putative  50 
 
 		 282 aa  258  7e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3714  formate dehydrogenase, subunit FdhD  49.25 
 
 		 298 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.272943  normal  0.525322 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3785  formate dehydrogenase, subunit FdhD  49.25 
 
 		 298 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0292467  normal  0.549187 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3910  formate dehydrogenase accessory protein FdhD, putative  48.88 
 
 		 298 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.131875  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1909  formate dehydrogenase, subunit FdhD  50.53 
 
 		 300 aa  251  7e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4143  formate dehydrogenase subunit FdhD  46.43 
 
 		 280 aa  251  7e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0239  formate dehydrogenase subunit FdhD  48.36 
 
 		 290 aa  250  1e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000144632 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0343  formate dehydrogenase, subunit FdhD  47.76 
 
 		 298 aa  249  3e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00229888  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0051  formate dehydrogenase, subunit FdhD  47.39 
 
 		 284 aa  249  3e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4218  formate dehydrogenase subunit FdhD  48 
 
 		 296 aa  248  9e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.072328  normal  0.431807 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4100  formate dehydrogenase subunit FdhD  48 
 
 		 296 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.015822  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4130  formate dehydrogenase subunit FdhD  48 
 
 		 296 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.142791  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02271  hypothetical protein  48.28 
 
 		 276 aa  246  3e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4819  formate dehydrogenase subunit FdhD  46.99 
 
 		 298 aa  246  4e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003500  formate dehydrogenase chain D  47.49 
 
 		 277 aa  245  4.9999999999999997e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4427  formate dehydrogenase, subunit FdhD  46.64 
 
 		 295 aa  241  1e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1448  putative formate dehydrogenase accessory protein  45.17 
 
 		 283 aa  239  2.9999999999999997e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4503  formate dehydrogenase accessory protein FdhD, putative  48.05 
 
 		 249 aa  238  1e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3132  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  41.49 
 
 		 296 aa  223  4e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2431  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  41.32 
 
 		 297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3282  putative formate dehydrogenase accessory protein FdhD  43.91 
 
 		 294 aa  212  5.999999999999999e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.610509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5485  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  43.61 
 
 		 290 aa  208  9e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3756  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  45.98 
 
 		 293 aa  206  5e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1205  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  31.76 
 
 		 303 aa  122  8e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.495294 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0989  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.91 
 
 		 266 aa  115  6e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0780  formate dehydrogenase accessory protein FdhD  31.71 
 
 		 478 aa  112  6e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.162723  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1840  formate dehydrogenase accessory protein  31.87 
 
 		 268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00380429  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3370  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.75 
 
 		 487 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1062  formate dehydrogenase, subunit FdhD  29.55 
 
 		 479 aa  108  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0656292 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1208  formate dehydrogenase, subunit FdhD  52.43 
 
 		 109 aa  107  3e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000012099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2876  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.76 
 
 		 262 aa  103  3e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0487293  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2264  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.25 
 
 		 468 aa  102  7e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3364  formate dehydrogenase accessory protein  26.85 
 
 		 265 aa  102  9e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.144836  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3628  formate dehydrogenase accessory protein  26.85 
 
 		 265 aa  102  9e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3328  formate dehydrogenase accessory protein  26.85 
 
 		 265 aa  101  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0183588  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3385  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.27 
 
 		 483 aa  101  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1343  formate dehydrogenase accessory protein  28.05 
 
 		 263 aa  101  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1958  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.54 
 
 		 468 aa  100  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3578  formate dehydrogenase accessory protein  26.46 
 
 		 265 aa  99.8  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0466  formate dehydrogenase accessory protein  26.22 
 
 		 262 aa  99.8  5e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.276769  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3678  formate dehydrogenase accessory protein  27.24 
 
 		 265 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.688402  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2277  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.53 
 
 		 258 aa  97.4  2e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.181166  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2990  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.88 
 
 		 255 aa  97.1  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.68227e-19 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3585  formate dehydrogenase accessory protein  26.07 
 
 		 265 aa  95.9  6e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3595  formate dehydrogenase accessory protein  26.07 
 
 		 265 aa  96.3  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3278  formate dehydrogenase accessory protein  26.07 
 
 		 265 aa  95.5  9e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2305  formate dehydrogenase accessory protein  27.46 
 
 		 265 aa  95.5  9e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2347  formate dehydrogenase accessory protein  27.46 
 
 		 265 aa  95.5  9e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3374  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  25.82 
 
 		 260 aa  94.7  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1033  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  25.71 
 
 		 266 aa  92.4  7e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0364714  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0626  formate dehydrogenase accessory protein  26.53 
 
 		 268 aa  92.4  8e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4711  formate dehydrogenase accessory protein  26.53 
 
 		 268 aa  92.4  9e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1293  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.85 
 
 		 255 aa  91.7  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000222407  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1216  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.41 
 
 		 261 aa  92  1e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.944709  normal  0.100536 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1923  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.87 
 
 		 280 aa  91.7  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0715  formate dehydrogenase accessory protein  25.52 
 
 		 268 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0501  formate dehydrogenase accessory protein  26.29 
 
 		 268 aa  90.9  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0654  formate dehydrogenase accessory protein  26.12 
 
 		 268 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0504  formate dehydrogenase accessory protein  26.16 
 
 		 269 aa  90.1  4e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0145  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  30.58 
 
 		 289 aa  89.7  4e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4115  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  23.29 
 
 		 255 aa  89.7  5e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.271618  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2060  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.2 
 
 		 262 aa  89.7  5e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000863556  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2817  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.23 
 
 		 255 aa  88.6  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1639  formate dehydrogenase accessory protein  27.27 
 
 		 223 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0211  formate dehydrogenase accessory protein  24.9 
 
 		 260 aa  87.8  2e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06930  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.37 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.215671 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0556  formate dehydrogenase accessory protein  25.31 
 
 		 268 aa  87  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0498  formate dehydrogenase accessory protein  25.31 
 
 		 268 aa  87  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0500  formate dehydrogenase accessory protein  25.75 
 
 		 268 aa  87  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0588  formate dehydrogenase accessory protein  25.31 
 
 		 268 aa  87  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0644  formate dehydrogenase accessory protein  25.31 
 
 		 268 aa  87  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2076  formate dehydrogenase, subunit FdhD  28.63 
 
 		 263 aa  86.3  5e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.82479e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1437  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.94 
 
 		 255 aa  85.9  7e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0817  formate dehydrogenase accessory protein  24.6 
 
 		 276 aa  85.1  0.000000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0766349  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3467  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  29.08 
 
 		 294 aa  85.1  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3339  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  28.73 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.224084 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2122  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.59 
 
 		 259 aa  84  0.000000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.545765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1860  formate dehydrogenase accessory protein  24.59 
 
 		 260 aa  83.2  0.000000000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1681  formate dehydrogenase accessory protein  25.2 
 
 		 260 aa  82  0.00000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1500  formate dehydrogenase accessory protein  25.2 
 
 		 260 aa  82  0.00000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.919736  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1058  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  27.27 
 
 		 264 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2175  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  26.86 
 
 		 260 aa  79.7  0.00000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.145342 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2204  formate dehydrogenase family accessory protein FdhD  26.91 
 
 		 254 aa  79.7  0.00000000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.154366  normal  0.450296 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>