277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3040 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_0508  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  69.34 
 
 
601 aa  820    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.619983  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1781  Pyrrolo-quinoline quinone  68.2 
 
 
601 aa  817    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.981644  normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0299  methanol dehydrogenase protein, large subunit, putative  65.73 
 
 
619 aa  811    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0065801  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1932  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  60.42 
 
 
592 aa  716    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0203998 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5977  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  69.87 
 
 
600 aa  834    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.391325  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5752  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  69.65 
 
 
599 aa  825    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0649397 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2578  putative PQQ dehydrogenase protein  67.79 
 
 
600 aa  827    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4686  Pyrrolo-quinoline quinone  64.22 
 
 
607 aa  764    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.829526 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3040  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  100 
 
 
608 aa  1251    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.520136  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1587  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  67.86 
 
 
601 aa  805    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.174692 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0344  Pyrrolo-quinoline quinone  55.77 
 
 
623 aa  655    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.122301  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2314  Pyrrolo-quinoline quinone  56.53 
 
 
625 aa  644    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000100555  unclonable  0.000000320672 
 
 
 
NC_011894  Mnod_0421  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  58.26 
 
 
590 aa  724    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2427  methanol dehydrogenase-like protein (xoxF)  69.68 
 
 
605 aa  878    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0410852  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3943  Pyrrolo-quinoline quinone  68.93 
 
 
601 aa  833    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.237421  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3106  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  86.68 
 
 
606 aa  1096    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5444  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  68.86 
 
 
599 aa  833    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0020  Pyrrolo-quinoline quinone  66.23 
 
 
600 aa  812    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5968  methanol dehydrogenase large subunit  68.43 
 
 
601 aa  805    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.366255  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2082  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  58.49 
 
 
588 aa  703    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.687191  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1761  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  69.34 
 
 
601 aa  823    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4972  Pyrrolo-quinoline quinone  72.36 
 
 
608 aa  910    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.779778  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2145  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  68.14 
 
 
601 aa  815    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.885263  normal  0.307838 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2260  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  53.81 
 
 
601 aa  656    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3393  putative methanol dehydrogenase protein, large subunit  87.83 
 
 
606 aa  1117    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.078697  normal  0.0119159 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1236  Pyrrolo-quinoline quinone  67.62 
 
 
600 aa  825    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.278366 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1945  Pyrrolo-quinoline quinone  65.56 
 
 
600 aa  823    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.188003  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0476  quinoprotein glucose dehydrogenase  65.61 
 
 
600 aa  814    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1809  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  68.14 
 
 
601 aa  815    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6478  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  72.19 
 
 
606 aa  895    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.975384  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2790  Pyrrolo-quinoline quinone  52.59 
 
 
615 aa  629  1e-179  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1717  Pyrrolo-quinoline quinone  49.92 
 
 
620 aa  609  1e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000584084  unclonable  0.000000429175 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1829  Pyrrolo-quinoline quinone  51 
 
 
620 aa  603  1.0000000000000001e-171  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.732346 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0779  methanol dehydrogenase protein, large subunit  50.34 
 
 
601 aa  599  1e-170  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0879687  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2044  Pyrrolo-quinoline quinone  50 
 
 
599 aa  585  1e-166  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.115508  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4210  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  48.68 
 
 
627 aa  560  1e-158  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.719388  normal  0.669409 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2993  Pyrrolo-quinoline quinone  46.69 
 
 
632 aa  557  1e-157  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.391865  normal  0.445791 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4632  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  49.57 
 
 
626 aa  552  1e-156  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.271906 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8040  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  48.74 
 
 
629 aa  551  1e-155  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.771392  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4518  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  48.57 
 
 
626 aa  547  1e-154  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.966685  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0471  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  47.85 
 
 
625 aa  546  1e-154  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4150  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  48.57 
 
 
626 aa  547  1e-154  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.383489  normal  0.812853 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1907  Pyrrolo-quinoline quinone  47.98 
 
 
624 aa  539  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0135977  normal 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6351  Pyrrolo-quinoline quinone  47.55 
 
 
604 aa  523  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.346402  normal  0.871662 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0700  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  44.86 
 
 
613 aa  506  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3387  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  46.41 
 
 
601 aa  501  1e-140  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3149  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  45.82 
 
 
631 aa  482  1e-135  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1451  Pyrrolo-quinoline quinone  43.92 
 
 
616 aa  482  1e-135  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.924401  normal  0.0179554 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2994  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  43.68 
 
 
613 aa  474  1e-132  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0170734 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0099  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  43.86 
 
 
605 aa  462  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.850532  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2344  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  44.21 
 
 
611 aa  464  1e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0903405  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4873  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.18 
 
 
587 aa  358  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.518263  normal  0.0810929 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1339  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.46 
 
 
587 aa  353  4e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.38566  normal  0.435914 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1540  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  37.46 
 
 
587 aa  353  4e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3624  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.19 
 
 
579 aa  353  7e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214303  hitchhiker  0.00920421 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1784  Pyrrolo-quinoline quinone  40.25 
 
 
580 aa  352  1e-95  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2409  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.02 
 
 
589 aa  351  2e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13814  normal  0.848808 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0693  Pyrrolo-quinoline quinone  38.94 
 
 
579 aa  348  2e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.804984  normal  0.410128 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2100  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  40.48 
 
 
584 aa  346  8e-94  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1963  Pyrrolo-quinoline quinone  38.76 
 
 
591 aa  343  7e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0160229  normal  0.256272 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2494  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  40.11 
 
 
584 aa  342  9e-93  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.295659  normal  0.19306 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2729  Pyrrolo-quinoline quinone  39.31 
 
 
602 aa  342  1e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0556411  normal  0.602163 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0473  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  38.83 
 
 
580 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0101481 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5964  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase  37.71 
 
 
554 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.206262  normal  0.383589 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2679  quinoprotein ethanol dehydrogenase, putative  38.05 
 
 
595 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3124  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.05 
 
 
595 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0497789  normal  0.831174 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1855  Pyrrolo-quinoline quinone  37.63 
 
 
587 aa  334  3e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.668201  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3084  Pyrrolo-quinoline quinone  38.05 
 
 
595 aa  334  3e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2255  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.3 
 
 
588 aa  334  3e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.217629  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1023  Pyrrolo-quinoline quinone  40.23 
 
 
593 aa  332  1e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1811  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  37.34 
 
 
582 aa  330  4e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000177841 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2817  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  39.24 
 
 
602 aa  330  4e-89  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1887  quinoprotein alcohol dehydrogenase  36.83 
 
 
587 aa  328  1.0000000000000001e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.186722  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6242  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  38.65 
 
 
597 aa  328  1.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2696  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  38.44 
 
 
726 aa  326  7e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0726  Pyrrolo-quinoline quinone  40.38 
 
 
549 aa  325  1e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0623502 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0721  Pyrrolo-quinoline quinone  38.71 
 
 
702 aa  324  3e-87  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00760072 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1741  Pyrrolo-quinoline quinone  36.55 
 
 
570 aa  311  2.9999999999999997e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3312  quinoprotein alcohol dehydrogenase  36.48 
 
 
623 aa  310  4e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38860  quinoprotein alcohol dehydrogenase  37.16 
 
 
623 aa  310  6.999999999999999e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1957  Pyrrolo-quinoline quinone  36.05 
 
 
620 aa  306  7e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0809644  normal  0.548455 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5302  Pyrrolo-quinoline quinone  35.9 
 
 
721 aa  304  3.0000000000000004e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.178096  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2673  quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  36.1 
 
 
588 aa  302  1e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0513715  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3129  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.95 
 
 
631 aa  301  3e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.957958  normal  0.28425 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1001  Pyrrolo-quinoline quinone  36.2 
 
 
698 aa  301  3e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.132908 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0877  alcohol dehydrogenase large subunit  34.89 
 
 
720 aa  301  3e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3089  Pyrrolo-quinoline quinone  36.81 
 
 
631 aa  300  5e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326291  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5972  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36.28 
 
 
575 aa  300  5e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0151209 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2674  quinoprotein ethanol dehydrogenase  36.81 
 
 
631 aa  300  6e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3601  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.79 
 
 
724 aa  300  7e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0476  quinoprotein alcohol dehydrogenase  38.06 
 
 
618 aa  299  1e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0260666 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1306  Pyrrolo-quinoline quinone  33.63 
 
 
738 aa  298  2e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0575142 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0341  putative quinoprotein ethanol dehydrogenase precursor  35.47 
 
 
562 aa  298  3e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.409253  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5018  PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family  35.9 
 
 
697 aa  296  8e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.729726  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5136  Pyrrolo-quinoline quinone  35.11 
 
 
709 aa  296  8e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.388908  normal  0.506379 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6162  Pyrrolo-quinoline quinone  36 
 
 
575 aa  294  3e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.114811  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5895  methanol/ethanol family PQQ-dependent dehydrogenase  36 
 
 
575 aa  293  7e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136104  normal  0.867214 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3110  Pyrrolo-quinoline quinone  36.23 
 
 
726 aa  293  9e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.125237 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2870  Pyrrolo-quinoline quinone  35.37 
 
 
705 aa  292  1e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.489222  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5126  Pyrrolo-quinoline quinone  33.57 
 
 
573 aa  292  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281211  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>