More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2547 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_1012  TonB-dependent receptor  60.1 
 
 		 626 aa  716    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2547  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 		 615 aa  1245    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.792273  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  61.33 
 
 		 593 aa  709    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2368  TonB-dependent receptor, plug  60.72 
 
 		 617 aa  742    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.848515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1096  TonB-dependent receptor  60.1 
 
 		 626 aa  717    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4773  TonB-dependent receptor  55.79 
 
 		 624 aa  660    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.386912  normal  0.53176 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0509  TonB-dependent outer membrane cobalamin receptor  52.38 
 
 		 614 aa  614  9.999999999999999e-175  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.194967  normal  0.193806 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3730  TonB-dependent receptor  44.93 
 
 		 637 aa  473  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0159073  normal  0.0113192 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3757  TonB-dependent receptor plug  36.35 
 
 		 612 aa  324  3e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0122  TonB-dependent receptor  34.65 
 
 		 624 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2667  TonB-dependent receptor  33.71 
 
 		 627 aa  290  4e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0986558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02166  TonB-dependent outer membrane Receptor  33.39 
 
 		 619 aa  289  8e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2209  TonB-dependent receptor  34.31 
 
 		 624 aa  289  8e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.400233 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0461  TonB-dependent vitamin B12 receptor  32.57 
 
 		 613 aa  289  1e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00224002  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33130  TonB-dependent vitamin B12 receptor  33.61 
 
 		 1023 aa  287  4e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47800  putative tonB-dependent receptor  34.05 
 
 		 616 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173562  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1502  TonB-dependent receptor  33.6 
 
 		 613 aa  271  2.9999999999999997e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3502  putative outer membrane cobalamin receptor, TonB dependent  32.35 
 
 		 623 aa  265  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.86203  normal  0.929142 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2400  outer membrane receptor protein  32.95 
 
 		 621 aa  265  3e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.901841 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4119  TonB-dependent vitamin B12 receptor  33.62 
 
 		 616 aa  262  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0834  vitamin B12 receptor BtuB, putative  32.69 
 
 		 680 aa  258  2e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.162621  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0995  TonB-dependent receptor  32.2 
 
 		 629 aa  258  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.864049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3845  TonB-dependent receptor, plug  32.67 
 
 		 628 aa  257  4e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.529618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0654  TonB-dependent receptor  32.2 
 
 		 638 aa  256  1.0000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.561107  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0192  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  32.63 
 
 		 631 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.051851  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0790  TonB-dependent receptor  31.4 
 
 		 614 aa  253  7e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.270148  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2648  TonB-dependent receptor  33.5 
 
 		 602 aa  252  1e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0198  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.99 
 
 		 631 aa  250  6e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0194454  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2789  TonB-dependent receptor  31.53 
 
 		 698 aa  247  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.973502 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1035  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  31.78 
 
 		 685 aa  247  4.9999999999999997e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.127064  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1028  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  31.78 
 
 		 685 aa  246  8e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.15146  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2959  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  31.67 
 
 		 685 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1639  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  31.67 
 
 		 685 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.18341  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1187  outer membrane receptor for transport of vitamin B  32.01 
 
 		 821 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.096047  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2327  putative TonB-dependent vitamin B12 receptor BtuB  31.67 
 
 		 685 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.52571  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0685  vitamin B12 receptor BtuB, putative  31.5 
 
 		 685 aa  242  1e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.174842  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0123  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  30.43 
 
 		 631 aa  241  2.9999999999999997e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000105264  normal  0.11479 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0132  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.66 
 
 		 631 aa  238  3e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00107286  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2815  TonB-dependent receptor  31.67 
 
 		 619 aa  237  6e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.186668  normal  0.478128 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0250  TonB-dependent receptor plug  29.93 
 
 		 597 aa  234  3e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5008  TonB-dependent receptor  29.38 
 
 		 627 aa  233  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.877838 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0142  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.48 
 
 		 630 aa  226  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000593825  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4073  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  31.48 
 
 		 630 aa  226  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000943492  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0578  TonB-dependent receptor plug  29.3 
 
 		 627 aa  226  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2213  TonB-dependent receptor plug  30.91 
 
 		 621 aa  223  8e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.604823  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1447  TonB-dependent receptor  29.28 
 
 		 632 aa  223  8e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3783  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.38 
 
 		 615 aa  221  3e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000781057  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0571  TonB-dependent receptor plug  29.49 
 
 		 628 aa  220  7e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.487741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1926  TonB-dependent receptor  29.45 
 
 		 627 aa  219  1e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.201933  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3556  TonB-dependent receptor plug  28.81 
 
 		 634 aa  218  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000211979  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4770  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  29.23 
 
 		 623 aa  219  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000262019  normal  0.0314633 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0273  TonB-dependent receptor  28.38 
 
 		 602 aa  211  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0292443  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07860  TonB-dependent vitamin B12 receptor  28.67 
 
 		 630 aa  209  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.239557  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3189  TonB-dependent receptor, plug  31.06 
 
 		 623 aa  209  2e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0969  outer membrane receptor for transport of vitamin B  28.39 
 
 		 645 aa  207  5e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.01117 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2720  iron complex outermembrane recepter protein  29.89 
 
 		 631 aa  207  6e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.83965  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0525  B12 family TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 641 aa  205  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0560  TonB-dependent receptor, plug  29.56 
 
 		 623 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1651  TonB-dependent receptor  27.75 
 
 		 648 aa  202  9.999999999999999e-51  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.613844 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0521  TonB-dependent receptor  28.25 
 
 		 617 aa  202  1.9999999999999998e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2342  TonB-dependent receptor  28.37 
 
 		 611 aa  202  1.9999999999999998e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.499314  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1271  TonB-dependent receptor plug  29.61 
 
 		 634 aa  201  3e-50  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.732381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4020  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.19 
 
 		 615 aa  200  7e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000194494  normal  0.015002 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1957  TonB-dependent receptor, putative  29.15 
 
 		 638 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0488183  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4341  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.16 
 
 		 614 aa  199  1.0000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.139999  normal  0.582372 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4459  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.16 
 
 		 614 aa  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0519388  hitchhiker  0.0000109547 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4372  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.16 
 
 		 614 aa  198  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0258695  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00261  phosphatidylglycerophosphatase  27.55 
 
 		 617 aa  197  3e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4462  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.59 
 
 		 614 aa  198  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0180001  hitchhiker  0.0000000000824718 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5430  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  28.36 
 
 		 614 aa  196  1e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0043717  normal  0.0207602 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4536  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.99 
 
 		 614 aa  196  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.329693  hitchhiker  0.0000000267555 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4507  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.97 
 
 		 614 aa  195  2e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000315572  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4200  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.97 
 
 		 614 aa  194  4e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000101627  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3340  TonB-dependent receptor, plug  27.58 
 
 		 613 aa  194  5e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4413  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.97 
 
 		 614 aa  193  8e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000903793  hitchhiker  0.00898611 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4020  TonB-dependent vitamin B12 receptor  27.8 
 
 		 614 aa  192  1e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00348064  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4050  vitamin B12/cobalamin outer membrane transporter  27.8 
 
 		 614 aa  192  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00780594  decreased coverage  0.000540594 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0084  TonB-dependent receptor, plug  28.59 
 
 		 671 aa  192  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.380129  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1162  tonB-dependent vitamin B12 receptor  27.78 
 
 		 622 aa  184  3e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1004  TonB-dependent receptor  29.4 
 
 		 618 aa  184  3e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0684927  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1347  iron compound TonB-dependent receptor, putative  27.97 
 
 		 620 aa  183  6e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1306  putative iron compound TonB-dependent receptor  27.97 
 
 		 697 aa  184  6e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.986607  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1485  TonB-dependent receptor  29.47 
 
 		 735 aa  183  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.22369 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1110  TonB-dependent receptor  28.81 
 
 		 625 aa  182  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000459108  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2735  TonB-dependent receptor  29.27 
 
 		 641 aa  180  4.999999999999999e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  decreased coverage  0.00964506  normal  0.0993289 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5290  TonB-dependent receptor plug  26.63 
 
 		 673 aa  180  5.999999999999999e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1826  TonB-dependent receptor  28.32 
 
 		 621 aa  179  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.568285  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3206  TonB-dependent receptor plug  25.65 
 
 		 617 aa  177  4e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00965358  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3886  TonB-dependent receptor  27.99 
 
 		 642 aa  177  5e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.322303 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4347  TonB-dependent receptor  28.3 
 
 		 642 aa  177  5e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2092  TonB-dependent receptor  28.31 
 
 		 670 aa  177  5e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2886  putative outer membrane associated TonB dependent receptor  24.35 
 
 		 618 aa  177  7e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0141972  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1065  TonB-dependent receptor  31.46 
 
 		 611 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.362217 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4173  TonB-dependent receptor  28.53 
 
 		 638 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.422037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5855  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 642 aa  174  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.699256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3916  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 642 aa  173  9e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4452  TonB-dependent receptor  28.09 
 
 		 642 aa  173  9e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2402  putative TonB dependent vitamin B12 outer membrane receptor  30.81 
 
 		 611 aa  172  1e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1186  TonB-dependent receptor  29.91 
 
 		 634 aa  172  1e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.874956  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3735  TonB-dependent receptor plug  25.95 
 
 		 628 aa  172  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000331916  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>