More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1990 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1990  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 		 147 aa  291  1e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.137012  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0033  MerR family transcriptional regulator  72.54 
 
 		 164 aa  196  1.0000000000000001e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.696294  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2683  MerR family transcriptional regulator  76.23 
 
 		 142 aa  189  1e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.903809  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2694  MerR family transcriptional regulator  76.23 
 
 		 142 aa  189  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0035  MerR family transcriptional regulator  76.23 
 
 		 142 aa  189  1e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3269  MerR family transcriptional regulator  76.23 
 
 		 142 aa  189  1e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1858  MerR family transcriptional regulator  76.23 
 
 		 142 aa  189  1e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15558  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67550  putative transcriptional regulator  78.99 
 
 		 141 aa  188  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0955895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0248  MerR family transcriptional regulator  76.23 
 
 		 183 aa  188  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.849473  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0423  MerR family transcriptional regulator  65.47 
 
 		 140 aa  188  2.9999999999999997e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0035  MerR family transcriptional regulator  75.41 
 
 		 142 aa  187  4e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5849  putative transcriptional regulator  75.63 
 
 		 141 aa  183  8e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00369897  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01184  Transcriptional regulator, MerR family protein  66.67 
 
 		 137 aa  182  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2579  MerR family transcriptional regulator  67.97 
 
 		 143 aa  181  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136218  normal  0.025304 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2837  MerR family transcriptional regulator  67.72 
 
 		 133 aa  177  4e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.156081 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3541  MerR family transcriptional regulator  68 
 
 		 141 aa  176  7e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4022  MerR family transcriptional regulator  68 
 
 		 141 aa  176  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.605309  normal  0.369253 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2902  regulatory protein, MerR  63.08 
 
 		 143 aa  175  2e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2682  putative regulatory protein  64.34 
 
 		 172 aa  175  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.537318  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1905  MerR family transcriptional regulator  67.2 
 
 		 141 aa  173  6e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.380273  normal  0.440167 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4462  MerR family transcriptional regulator  67.2 
 
 		 141 aa  173  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.320257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3389  MerR family transcriptional regulator  65.6 
 
 		 141 aa  169  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.879982 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4236  MerR family transcriptional regulator  65.6 
 
 		 141 aa  169  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4130  MerR family transcriptional regulator  65.6 
 
 		 141 aa  169  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.601713  normal  0.465162 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3347  MerR family transcriptional regulator  63.2 
 
 		 144 aa  164  2.9999999999999998e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3439  MerR family transcriptional regulator  59.84 
 
 		 136 aa  160  5.0000000000000005e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0382  MerR family transcriptional regulator  60.45 
 
 		 154 aa  159  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4691  MerR family transcriptional regulator  62.2 
 
 		 159 aa  159  1e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1595  MerR family transcriptional regulator  54.81 
 
 		 139 aa  154  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.146181 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2614  MerR family transcriptional regulator  56.8 
 
 		 141 aa  149  1e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.144793 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4273  MerR family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 139 aa  148  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.652565  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1460  transcriptional regulator, MerR family  55.65 
 
 		 151 aa  149  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0645797  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3837  MerR family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 139 aa  147  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.265561  normal  0.533813 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3589  MerR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 137 aa  144  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4260  MerR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 141 aa  142  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.49412 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000248  transcriptional regulator  48.25 
 
 		 135 aa  140  6e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2311  transcriptional regulator, MerR family  48.41 
 
 		 135 aa  111  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113317  normal  0.278177 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3680  MerR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 151 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3642  transcriptional regulator, MerR family  40 
 
 		 158 aa  74.3  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6360  transcriptional regulator, MerR family  36.09 
 
 		 152 aa  73.9  0.0000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.241077  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2060  transcriptional regulator SoxR  38.76 
 
 		 151 aa  73.6  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0225  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  36.97 
 
 		 148 aa  73.2  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4538  transcriptional activator for superoxide response; Fe-S center for redox-sensing (MerR family)  40 
 
 		 169 aa  72.4  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485722  normal  0.455986 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0056  soxR protein  34.43 
 
 		 148 aa  71.6  0.000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0560475  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1579  MerR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 151 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0323657  normal  0.536322 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0926  transcriptional regulator, MerR family  39.52 
 
 		 144 aa  71.2  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.129238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3141  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  35.83 
 
 		 159 aa  71.6  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.814433  normal  0.503062 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5717  transcriptional regulator, MerR family  40.5 
 
 		 163 aa  70.1  0.000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03935  DNA-binding transcriptional dual regulator, Fe-S center for redox-sensing  37.61 
 
 		 154 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.015828  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3929  transcriptional regulator, MerR family  37.61 
 
 		 154 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4305  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  37.61 
 
 		 154 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5566  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  37.61 
 
 		 154 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.953635  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3964  MerR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 154 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0321214 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4581  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  37.61 
 
 		 154 aa  69.7  0.00000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03895  hypothetical protein  37.61 
 
 		 154 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0184757  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4616  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  37.61 
 
 		 154 aa  69.7  0.00000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4517  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  37.61 
 
 		 152 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1053  MerR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 173 aa  68.6  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.582501 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4661  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  37.61 
 
 		 152 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4611  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  37.61 
 
 		 152 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0111034  normal  0.796254 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  37.61 
 
 		 154 aa  69.3  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  37.61 
 
 		 152 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4610  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  37.61 
 
 		 152 aa  68.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.327282 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2125  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  33.06 
 
 		 150 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0226644  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000675  redox-sensitive transcriptional activator soxR  34.45 
 
 		 143 aa  67.4  0.00000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.27209  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3152  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 131 aa  67  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.335124  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0267  MerR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 152 aa  66.2  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1546  MerR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 161 aa  66.6  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.548833  normal  0.109608 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06555  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  33.61 
 
 		 145 aa  66.6  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0812  MerR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 143 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1029  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  36.22 
 
 		 161 aa  65.9  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352753  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10940  transcriptional regulator, MerR family  36.07 
 
 		 153 aa  65.5  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.07291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2276  MerR family transcriptional regulator  38.84 
 
 		 184 aa  65.9  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.101998  hitchhiker  0.00000024461 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1915  putative transcriptional regulator, MerR family  36.84 
 
 		 166 aa  65.1  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3439  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 150 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.408622 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0548  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.5 
 
 		 138 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3453  MerR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 163 aa  63.9  0.0000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0445527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0803  HTH-type transcriptional regulator CueR (copper export regulator)  30.95 
 
 		 132 aa  63.9  0.0000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  41.88 
 
 		 135 aa  63.9  0.0000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3280  MerR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 139 aa  63.5  0.0000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10060  Cu(I)-responsive transcriptional regulator, MerR family  36.22 
 
 		 138 aa  63.5  0.0000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.198613  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3920  MerR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 152 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.692968  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3026  transcriptional regulator, MerR family  30.6 
 
 		 137 aa  63.2  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3941  MerR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.708141  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1565  transcriptional regulator, MerR family protein  28.23 
 
 		 146 aa  63.2  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.183057  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0179  MerR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 136 aa  63.2  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0607  DNA-binding transcriptional regulator CueR  30.71 
 
 		 138 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0563  DNA-binding transcriptional regulator CueR  30.71 
 
 		 138 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.620757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0546  DNA-binding transcriptional regulator CueR  30.71 
 
 		 138 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3972  MerR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 149 aa  62.4  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0553  DNA-binding transcriptional regulator CueR  30.71 
 
 		 138 aa  62.8  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.985745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01780  transcriptional regulator, MerR family  38.52 
 
 		 158 aa  62.4  0.000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.95899 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35170  putative redox-sensing activator of soxS  36.29 
 
 		 156 aa  62  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5536  MerR family transcriptional regulator  41 
 
 		 159 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.107615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3620  MerR family transcriptional regulator  41 
 
 		 159 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.065575  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0531  transcriptional regulator, MerR family  35.25 
 
 		 155 aa  62  0.000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3210  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 136 aa  62  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.303617  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4747  MerR family transcriptional regulator  41 
 
 		 159 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00623543 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00438  DNA-binding transcriptional activator of copper-responsive regulon genes  31.5 
 
 		 135 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3129  DNA-binding transcriptional regulator CueR  31.5 
 
 		 135 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.943376  hitchhiker  0.0000753695 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>