More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1362 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1362  histidine kinase internal region  100 
 
 		 366 aa  722    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.186679  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1948  histidine kinase internal region  60.22 
 
 		 354 aa  366  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.78828  hitchhiker  0.00774821 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1711  histidine kinase internal protein  59.22 
 
 		 347 aa  364  1e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.462992  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5317  histidine kinase internal region  59.82 
 
 		 364 aa  354  2e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.500348  normal  0.455673 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2665  histidine kinase internal region  61.34 
 
 		 355 aa  344  1e-93  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.662272  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3671  histidine kinase internal region  62.65 
 
 		 352 aa  341  1e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3313  histidine kinase internal region  61.06 
 
 		 355 aa  338  9.999999999999999e-92  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.569837  normal  0.103131 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1353  histidine kinase internal region  58.47 
 
 		 384 aa  334  1e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3097  histidine kinase internal region  60.68 
 
 		 372 aa  299  5e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3090  histidine kinase internal region  50.86 
 
 		 349 aa  282  6.000000000000001e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1112  putative two-component system sensor protein  48.93 
 
 		 318 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0563295  normal  0.307234 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3680  histidine kinase internal region  44.12 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2672  sensory transduction protein kinase AlgZ  39.13 
 
 		 346 aa  172  5.999999999999999e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000156498 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0230  two-component system sensor ATPase  39.7 
 
 		 358 aa  170  4e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.779882 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0037  histidine kinase internal region  34.24 
 
 		 340 aa  167  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1434  histidine kinase internal region  38.98 
 
 		 369 aa  151  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.675991  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69480  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  39.04 
 
 		 358 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.168313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6008  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  39.44 
 
 		 358 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0126  alginate biosynthesis protein AlgZ/FimS  36.96 
 
 		 360 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2150  signal transduction histidine kinase, LytS  36.71 
 
 		 367 aa  144  2e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000713054  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0032  sensory transduction protein kinase AlgZ  43.98 
 
 		 364 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0278  sensory transduction protein kinase AlgZ  41.67 
 
 		 360 aa  142  8e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0064  histidine kinase internal region  37.35 
 
 		 360 aa  142  9e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0489  histidine kinase internal region  38.61 
 
 		 372 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3532  histidine kinase internal region  34.69 
 
 		 338 aa  138  1e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.928574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04139  two-component system sensor protein  36.43 
 
 		 350 aa  138  2e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.821661  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3669  sensory transduction protein kinase AlgZ  35.75 
 
 		 343 aa  138  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00147493  normal  0.157843 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2698  histidine kinase internal region  43.82 
 
 		 576 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01917  sensor histidine kinase  37.31 
 
 		 357 aa  133  3.9999999999999996e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0014  signal transduction histidine kinase, LytS  36.84 
 
 		 346 aa  133  5e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.292227 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07025  histidine kinase  31.25 
 
 		 340 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4032  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  43.86 
 
 		 446 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0162124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3488  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38 
 
 		 357 aa  129  6e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2973  signal transduction histidine kinase, LytS  42.23 
 
 		 369 aa  129  6e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.341771 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2330  signal transduction histidine kinase, LytS  40 
 
 		 362 aa  126  7e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0802688  hitchhiker  0.00786489 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2277  sensor histidine kinase  37.44 
 
 		 358 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0616  signal transduction histidine kinase, LytS  43.21 
 
 		 349 aa  124  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.650329  normal  0.363889 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1965  histidine kinase internal region  39.66 
 
 		 576 aa  124  3e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1762  signal transduction histidine kinase, LytS  38.8 
 
 		 465 aa  123  6e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.513767  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2442  signal transduction histidine kinase, LytS  35.53 
 
 		 367 aa  123  6e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3593  signal transduction histidine kinase, LytS  33.48 
 
 		 491 aa  123  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0532594 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2674  signal transduction histidine kinase, LytS  43.22 
 
 		 374 aa  122  9.999999999999999e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.957681 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2386  signal transduction histidine kinase, LytS  34.55 
 
 		 360 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1260  two-component system, sensor protein  40.31 
 
 		 332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0223  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.02 
 
 		 502 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000975  autolysin sensor kinase  37.79 
 
 		 342 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.948194  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0899  signal transduction histidine kinase, LytS  38.8 
 
 		 572 aa  120  4.9999999999999996e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.144133  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0468  signal transduction histidine kinase, LytS  35.32 
 
 		 450 aa  119  6e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4496  signal transduction histidine kinase, LytS  38.6 
 
 		 586 aa  119  7e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.124467 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2398  signal transduction histidine kinase, LytS  40 
 
 		 568 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0931  signal transduction histidine kinase, LytS  39.29 
 
 		 390 aa  119  9e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.738687  normal  0.827716 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1227  histidine kinase internal region  42.37 
 
 		 341 aa  119  9e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1351  putative transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  35.42 
 
 		 414 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1567  signal transduction histidine kinase, LytS  35.81 
 
 		 1016 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0336431  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0386  hypothetical protein  41.61 
 
 		 359 aa  117  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1319  membrane receptor, histidine kinase  38.26 
 
 		 560 aa  117  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1339  signal transduction histidine kinase, LytS  36.16 
 
 		 426 aa  117  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0419  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.36 
 
 		 394 aa  117  3.9999999999999997e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.287755  normal  0.0120323 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3543  signal transduction histidine kinase, LytS  38.2 
 
 		 403 aa  116  5e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00838652  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3160  histidine kinase internal region  35.27 
 
 		 350 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3342  signal transduction histidine kinase, LytS  41.73 
 
 		 556 aa  115  8.999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.891854 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0375  signal transduction histidine kinase, LytS  35.06 
 
 		 346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3417  signal transduction histidine kinase, LytS  34.78 
 
 		 559 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.23462  normal  0.076956 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0958  signal transduction histidine kinase, LytS  30.6 
 
 		 563 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1289  histidine kinase  39.66 
 
 		 420 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.847717  normal  0.228137 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4800  signal transduction histidine kinase, LytS  34.36 
 
 		 374 aa  114  2.0000000000000002e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.670817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0228  histidine kinase internal region  37.68 
 
 		 381 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0985365  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00985  hypothetical protein  39.69 
 
 		 556 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1152  signal transduction histidine kinase, LytS  36.9 
 
 		 394 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.08 
 
 		 422 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.789837  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0494  signal transduction histidine kinase, LytS  31.12 
 
 		 645 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000248497  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0189  histidine kinase internal region  41.28 
 
 		 642 aa  114  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1401  histidine kinase  36.2 
 
 		 360 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004413  autolysin sensor kinase  40.46 
 
 		 556 aa  114  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1441  signal transduction histidine kinase, LytS  36.36 
 
 		 559 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.645903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00390  putative regulator of cell autolysis  34.17 
 
 		 431 aa  113  6e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.848872  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2114  histidine kinase  41.77 
 
 		 607 aa  112  7.000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.156393  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0225  hypothetical protein  39.1 
 
 		 558 aa  112  7.000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4385  signal transduction histidine kinase, LytS  35.67 
 
 		 482 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3061  signal transduction histidine kinase, LytS  43.18 
 
 		 560 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3001  DEAD/DEAH box helicase-like  31.98 
 
 		 370 aa  111  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271978 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3169  signal transduction histidine kinase, LytS  43.18 
 
 		 560 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0377  Signal transduction histidine kinase (STHK), LytS  36.36 
 
 		 576 aa  110  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2506  sensor histidine kinase  32.43 
 
 		 561 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.454206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0196  histidine kinase  36.65 
 
 		 339 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.918677  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0472  histidine kinase  36.65 
 
 		 339 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1103  histidine kinase  36.65 
 
 		 339 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0280712  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2394  sensor histidine kinase  34.55 
 
 		 561 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.764867  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01150  putative regulator of cell autolysis  35.45 
 
 		 440 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0978  signal transduction histidine kinase, LytS  37.89 
 
 		 345 aa  110  4.0000000000000004e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0251166 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2349  sensor histidine kinase  34.55 
 
 		 561 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.896071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2398  sensor histidine kinase  34.55 
 
 		 561 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.79648  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2305  sensor histidine kinase  34.55 
 
 		 561 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3732  putative regulator of cell autolysis-like  34.25 
 
 		 726 aa  110  5e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.55783  normal  0.877346 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0848  histidine kinase internal region  33.73 
 
 		 326 aa  110  5e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.751522  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00850  putative regulator of cell autolysis  36.75 
 
 		 428 aa  110  5e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.432322  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2358  signal transduction histidine kinase, LytS  37.95 
 
 		 566 aa  110  5e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.551334  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3404  signal transduction histidine kinase, LytS  37.85 
 
 		 563 aa  110  6e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.823402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5735  signal transduction histidine kinase, LytS  33.33 
 
 		 345 aa  109  6e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2355  signal transduction histidine kinase, LytS  35.52 
 
 		 580 aa  109  6e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.461368  normal  0.170824 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>