53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_I1486 on replicon NC_011312
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011312  VSAL_I1486  cold-shock protein  100 
 
 		 176 aa  365  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00940094  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0485  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.42 
 
 		 205 aa  120  9e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.71 
 
 		 186 aa  117  9e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0104717 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3697  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.35 
 
 		 203 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.82 
 
 		 204 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3373  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.33 
 
 		 185 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0875  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.56 
 
 		 177 aa  107  9.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.377088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3544  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.56 
 
 		 192 aa  107  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0647  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.58 
 
 		 217 aa  107  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0680  cold-shock DNA-binding domain protein  32.87 
 
 		 219 aa  104  5e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3678  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.83 
 
 		 188 aa  105  5e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0537  cold-shock DNA-binding protein family protein  31.89 
 
 		 195 aa  105  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.120085  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0689  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.57 
 
 		 219 aa  103  9e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1304  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.81 
 
 		 201 aa  103  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.366521  normal  0.14728 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  35.47 
 
 		 168 aa  103  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0733  cold shock domain-contain protein  35.2 
 
 		 203 aa  102  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0659  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.37 
 
 		 217 aa  102  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0441  cold-shock protein, DNA-binding  31.36 
 
 		 239 aa  99.8  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00249195  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0580  cold-shock DNA-binding protein family protein  35.03 
 
 		 197 aa  97.4  8e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4295  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.98 
 
 		 206 aa  96.3  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3355  cold-shock DNA-binding protein family protein  30.39 
 
 		 193 aa  91.7  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4786  putative cold-shock protein, DNA-binding  56.45 
 
 		 104 aa  79  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.548437  normal  0.675436 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1043  hypothetical protein  51.61 
 
 		 156 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0355222  normal  0.453598 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4616  hypothetical protein  32.71 
 
 		 231 aa  68.9  0.00000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.825297 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0693  hypothetical protein  61.36 
 
 		 143 aa  67.4  0.00000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3705  Excalibur domain-containing protein  38.2 
 
 		 97 aa  63.9  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1911  hypothetical protein  55.26 
 
 		 87 aa  59.7  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.357462  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2336  hypothetical protein  55 
 
 		 111 aa  59.7  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.900928  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0396  hypothetical protein  53.33 
 
 		 134 aa  59.3  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.713289  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01686  cold shock domain protein  47.73 
 
 		 129 aa  57.8  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.711044  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0400  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  44.07 
 
 		 223 aa  57.8  0.00000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.666449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47870  SNase-like protein  41.67 
 
 		 225 aa  55.8  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3278  hypothetical protein  41.27 
 
 		 274 aa  55.5  0.0000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0154434  hitchhiker  0.000533264 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1841  Excalibur domain protein  45.1 
 
 		 102 aa  55.1  0.0000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3072  cold-shock protein, DNA-binding  23.96 
 
 		 197 aa  54.7  0.0000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2151  cold-shock domain-contain protein  39.62 
 
 		 225 aa  53.9  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0927  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.23 
 
 		 205 aa  51.2  0.000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2865  hypothetical protein  40.3 
 
 		 196 aa  50.8  0.000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00327413  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2176  hypothetical protein  44.12 
 
 		 240 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979062  normal  0.0387048 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1103  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.57 
 
 		 203 aa  50.1  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.984456 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3425  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.24 
 
 		 276 aa  50.4  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1593  nuclease-like protein  52.38 
 
 		 196 aa  49.3  0.00003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2942  prophage MuMc02, nuclease, putative  39.68 
 
 		 216 aa  48.9  0.00004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375298  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3336  hypothetical protein  51.02 
 
 		 238 aa  47.4  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.928903  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1832  cold-shock DNA-binding domain protein  35 
 
 		 204 aa  45.4  0.0004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2028  cold shock DNA-binding domain-containing protein  28.95 
 
 		 203 aa  45.1  0.0006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.344773  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2624  hypothetical protein  53.33 
 
 		 34 aa  44.3  0.0009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2851  hypothetical protein  41.18 
 
 		 207 aa  43.9  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1327  cold-shock DNA-binding domain protein  40.82 
 
 		 209 aa  44.3  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1356  cold-shock DNA-binding domain protein  40.82 
 
 		 211 aa  44.3  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728005 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3494  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.7 
 
 		 224 aa  42  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0199101  normal  0.508028 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2628  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.94 
 
 		 237 aa  41.6  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.326591  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1410  cold-shock protein, DNA-binding  50 
 
 		 66 aa  41.6  0.007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>