More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3848 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008042  TM1040_3848  ABC transporter related  100 
 
 
585 aa  1192    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135668  normal  0.677159 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1342  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  47.27 
 
 
588 aa  537  1e-151  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1050  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  41.11 
 
 
609 aa  470  1.0000000000000001e-131  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.718087  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0988  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  41.11 
 
 
591 aa  471  1.0000000000000001e-131  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1331  ABC transporter related  39.75 
 
 
609 aa  457  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134992  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3370  ABC transporter related  41.83 
 
 
601 aa  448  1.0000000000000001e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4442  ABC transporter related  41.94 
 
 
595 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.601236 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4128  ABC transporter related  42.11 
 
 
595 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3593  ABC transporter related  40.52 
 
 
624 aa  436  1e-121  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0413499  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4514  ABC transporter related  39.37 
 
 
600 aa  432  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.350646  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0238  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  40.24 
 
 
596 aa  427  1e-118  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1064  ABC transporter, transmembrane region  39.24 
 
 
602 aa  424  1e-117  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.415501  normal  0.35627 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1426  ABC transporter related  39.54 
 
 
600 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.484971 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4230  ABC transporter related  40.95 
 
 
621 aa  417  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1596  ABC transporter related  41.26 
 
 
600 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0640452  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1608  ABC transporter related  41.85 
 
 
600 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.645383  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1292  ABC transporter related  39.93 
 
 
601 aa  418  9.999999999999999e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5011  ABC transporter related  40 
 
 
601 aa  406  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0190935 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5675  ABC transporter permease/ATP-binding protein  38.96 
 
 
601 aa  403  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.400511  normal  0.191323 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1259  ATP-binding transport protein; multicopy suppressor of HtrB  38.69 
 
 
579 aa  390  1e-107  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0289  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  36.43 
 
 
600 aa  379  1e-104  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2260  ABC transporter ATP-binding protein  35.89 
 
 
571 aa  362  7.0000000000000005e-99  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2349  ABC transporter-related protein  35.94 
 
 
571 aa  352  8e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2616  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.39 
 
 
577 aa  348  1e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0639798  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0774  ABC transporter related  35.8 
 
 
589 aa  346  7e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3415  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.78 
 
 
580 aa  345  1e-93  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3296  ABC transporter related  36.12 
 
 
588 aa  344  2.9999999999999997e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3231  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.08 
 
 
572 aa  343  4e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.659501  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0888  ABC transporter related  34.4 
 
 
593 aa  342  1e-92  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.315462  hitchhiker  0.00000912514 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0367  ABC transporter related  35.44 
 
 
618 aa  340  4e-92  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0353572 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2419  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.94 
 
 
583 aa  340  5.9999999999999996e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.736336 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1960  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  34.53 
 
 
602 aa  339  9e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.281863  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1371  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.93 
 
 
587 aa  338  1.9999999999999998e-91  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.680862  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1001  ABC transporter related protein  37.04 
 
 
598 aa  335  1e-90  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.710389  normal  0.620497 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0627  ABC transporter related  35.2 
 
 
627 aa  335  1e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2998  ABC transporter related protein  34.56 
 
 
575 aa  334  2e-90  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000215819  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1433  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.69 
 
 
582 aa  332  8e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.855683  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2206  lipid transporter ATP-binding/permease protein  34.71 
 
 
582 aa  332  1e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0719842  normal  0.317534 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00918  fused lipid transporter subunits of ABC superfamily: membrane component/ATP-binding component  34.71 
 
 
582 aa  332  1e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.409137  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2729  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.71 
 
 
582 aa  332  1e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2410  lipid transporter ATP-binding/permease protein  34.71 
 
 
582 aa  332  1e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2682  lipid transporter ATP-binding/permease protein  34.71 
 
 
582 aa  332  1e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.316458 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1012  lipid transporter ATP-binding/permease protein  34.71 
 
 
582 aa  332  1e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00350049  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00925  hypothetical protein  34.71 
 
 
582 aa  332  1e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.433065  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1021  lipid transporter ATP-binding/permease protein  34.71 
 
 
582 aa  332  1e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0261521  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1075  lipid transporter ATP-binding/permease protein  34.71 
 
 
582 aa  332  1e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.220185  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18960  ABC transporter related  37.02 
 
 
556 aa  331  2e-89  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2836  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.57 
 
 
585 aa  332  2e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.333651  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2309  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.88 
 
 
582 aa  331  3e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.928794  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3501  ABC transporter related  36.06 
 
 
575 aa  330  5.0000000000000004e-89  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1954  ABC transporter related  36.04 
 
 
578 aa  328  1.0000000000000001e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1920  ABC transporter related  36.04 
 
 
578 aa  328  1.0000000000000001e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0845  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.09 
 
 
580 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.814931  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1017  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.99 
 
 
582 aa  326  7e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.71873 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0990  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.99 
 
 
582 aa  326  7e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.796284  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1082  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.99 
 
 
582 aa  326  7e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.123674  normal  0.113361 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1049  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.99 
 
 
582 aa  326  7e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.183717 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1098  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.99 
 
 
582 aa  326  7e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.687379  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2665  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.41 
 
 
582 aa  325  2e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789085  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2577  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.41 
 
 
582 aa  325  2e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.436168  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1712  lipid transporter ATP-binding/permease protein  33.69 
 
 
582 aa  325  2e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1959  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.41 
 
 
582 aa  325  2e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.278742  normal  0.389818 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1416  ABC transporter related  34.91 
 
 
601 aa  324  3e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.218265  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2090  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  36.06 
 
 
583 aa  323  4e-87  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.121229  normal  0.848171 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1769  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.8 
 
 
597 aa  322  9.000000000000001e-87  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.631617  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3025  ABC transporter related  32.44 
 
 
582 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0787  lipid export ABC transport protein  32.12 
 
 
572 aa  318  1e-85  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.113646  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1630  ABC transporter related  34.17 
 
 
608 aa  317  4e-85  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1403  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  34.72 
 
 
578 aa  316  7e-85  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0444  ABC transporter related  35.37 
 
 
586 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2041  lipid transporter ATP-binding/permease protein  35.43 
 
 
582 aa  315  9.999999999999999e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0435  ABC transporter ATP-binding and permease; multidrug resistance protein  35.39 
 
 
586 aa  314  1.9999999999999998e-84  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.290198  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4538  ABC transporter related  36.27 
 
 
596 aa  315  1.9999999999999998e-84  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.232749 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0584  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  35.21 
 
 
586 aa  314  2.9999999999999996e-84  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1526  ABC transporter related  32.46 
 
 
597 aa  314  2.9999999999999996e-84  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00462588  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1741  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.45 
 
 
590 aa  313  3.9999999999999997e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0544  ABC transporter related  32.11 
 
 
587 aa  313  4.999999999999999e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0583  ABC transporter, ATP-binding/permease protein  35.21 
 
 
586 aa  313  5.999999999999999e-84  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2208  lipid transporter ATP-binding/permease protein  34.16 
 
 
582 aa  313  5.999999999999999e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0825  ABC transporter related  34.53 
 
 
575 aa  313  5.999999999999999e-84  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2675  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  32.11 
 
 
597 aa  313  6.999999999999999e-84  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0439  ABC transporter ATP-binding and permease; multidrug resistance protein  35.21 
 
 
586 aa  312  1e-83  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.214785  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0511  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  35.21 
 
 
586 aa  312  1e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0610  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  32.38 
 
 
587 aa  311  2e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2826  ABC transporter, ATP-binding protein MsbA  34.44 
 
 
604 aa  311  2e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.070781 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0964  lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  34.64 
 
 
601 aa  311  2.9999999999999997e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.519828  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0921  phospholipid-lipopolysaccharide ABC transporter  32.64 
 
 
596 aa  310  2.9999999999999997e-83  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3474  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  33.81 
 
 
596 aa  311  2.9999999999999997e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6513  ABC transporter related protein  36.48 
 
 
613 aa  311  2.9999999999999997e-83  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.330093  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0496  ABC transporter ATP-binding/permease  35.03 
 
 
586 aa  310  4e-83  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.384636  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0528  ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.03 
 
 
586 aa  310  4e-83  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.249641  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1586  Lipid A export ATP-binding/permease protein MsbA  32.36 
 
 
579 aa  310  4e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0765157  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1495  ABC transporter-like protein protein  35.83 
 
 
578 aa  310  4e-83  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.155275  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2803  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  34.94 
 
 
589 aa  310  5e-83  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1638  lipid A ABC exporter, fused ATPase and inner membrane subunits MsbA  35.73 
 
 
604 aa  310  5.9999999999999995e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3561  ABC transporter, transmembrane region  36.15 
 
 
579 aa  309  1.0000000000000001e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1094  lipid A export permease/ATP-binding protein MsbA  32.64 
 
 
588 aa  309  1.0000000000000001e-82  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0532  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  34.66 
 
 
586 aa  308  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.117534  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0684  ABC transporter related  35.44 
 
 
598 aa  307  3e-82  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000210902  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4793  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  34.48 
 
 
586 aa  306  6e-82  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.646278  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>