275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3354 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3354  di-haem cytochrome c peroxidase  100 
 
 		 449 aa  919    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.475738  normal  0.135039 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2749  putative cytochrome c peroxidase  63.03 
 
 		 437 aa  508  1e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0452779 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2005  putative cytochrome c peroxidase  46.34 
 
 		 451 aa  334  2e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0792169 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3672  di-haem cytochrome c peroxidase  44.03 
 
 		 498 aa  323  3e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0114  di-haem cytochrome c peroxidase  43.27 
 
 		 483 aa  311  1e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0031  methylamine utilization protein MauG, putative  46.28 
 
 		 435 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0868971  normal  0.24254 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2247  putative methylamine utilization protein MauG precursor  28.85 
 
 		 419 aa  173  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0810  Cytochrome-c peroxidase  31.46 
 
 		 336 aa  151  3e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4658  Cytochrome-c peroxidase  30.88 
 
 		 768 aa  149  9e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0540  di-haem cytochrome c peroxidase  28.95 
 
 		 499 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2766  cytochrome-c peroxidase  31.64 
 
 		 431 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.783041  normal  0.878036 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1545  Cytochrome-c peroxidase  31.09 
 
 		 384 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.16368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1600  Cytochrome-c peroxidase  32.11 
 
 		 357 aa  137  6.0000000000000005e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.282012 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0345  cytochrome c peroxidase family protein  27.8 
 
 		 343 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4685  Cytochrome-c peroxidase  27.89 
 
 		 328 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0812  Cytochrome-c peroxidase  29.66 
 
 		 334 aa  129  8.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0285  Cytochrome-c peroxidase  28.8 
 
 		 473 aa  129  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.906916  normal  0.908563 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0900  Cytochrome-c peroxidase  26.52 
 
 		 337 aa  125  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.897307 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2378  cytochrome-c peroxidase  27.49 
 
 		 346 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0541294  normal  0.454259 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0372  cytochrome-c peroxidase  31.4 
 
 		 349 aa  121  3e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.393962  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2854  cytochrome-c peroxidase  29.34 
 
 		 335 aa  120  4.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0318  SCO1/SenC family protein/methylamine utilization protein MauG, putative  30.29 
 
 		 626 aa  120  7e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0559  Cytochrome-c peroxidase  30.21 
 
 		 353 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5340  Cytochrome-c peroxidase  27.71 
 
 		 377 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3135  cytochrome-c peroxidase  27.65 
 
 		 302 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0552  cytochrome-c peroxidase  25.7 
 
 		 333 aa  117  3e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0893  cytochrome-c peroxidase  33.22 
 
 		 340 aa  118  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.849776  normal  0.50285 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7510  putative di-haem cytochrome c peroxidase  29.69 
 
 		 358 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733811  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3340  cytochrome-c peroxidase  28.64 
 
 		 369 aa  116  7.999999999999999e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0994  Cytochrome-c peroxidase  30.49 
 
 		 626 aa  116  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0184035  normal  0.251241 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0523  cytochrome C peroxidase  30.03 
 
 		 343 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00240388 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0466  cytochrome c551 peroxidase  30.99 
 
 		 346 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.656943  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1377  cytochrome-c peroxidase  28.51 
 
 		 347 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.189071 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4821  cytochrome-c peroxidase  28.18 
 
 		 328 aa  114  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0098  Cytochrome-c peroxidase  29.7 
 
 		 365 aa  114  5e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1860  di-haem cytochrome c peroxidase  29.61 
 
 		 358 aa  112  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.39839  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1263  cytochrome c peroxidase  31.29 
 
 		 358 aa  112  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0564  Cytochrome-c peroxidase  29.21 
 
 		 607 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.390743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3631  cytochrome-c peroxidase  33.23 
 
 		 390 aa  111  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03366  predicted cytochrome C peroxidase  28.35 
 
 		 465 aa  111  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.157341  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0195  Cytochrome-c peroxidase  28.35 
 
 		 465 aa  111  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2395  BCCP, cytochrome c peroxidase  30.99 
 
 		 347 aa  111  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03319  hypothetical protein  28.35 
 
 		 465 aa  111  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.08517  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1058  cytochrome-c peroxidase  30.99 
 
 		 347 aa  111  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0622508  normal  0.212255 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3821  di-haem cytochrome c peroxidase family protein  28.35 
 
 		 465 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.057161 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0101  Cytochrome-c peroxidase  30.72 
 
 		 348 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4880  di-haem cytochrome c peroxidase family protein  28.35 
 
 		 465 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3721  di-haem cytochrome c peroxidase family protein  28.35 
 
 		 465 aa  110  5e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0199  cytochrome-c peroxidase  28.35 
 
 		 465 aa  110  5e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.910181 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5227  cytochrome c551 peroxidase precursor  26.57 
 
 		 346 aa  110  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2655  cytochrome-c peroxidase  30.35 
 
 		 350 aa  110  6e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.872358  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2381  Cytochrome-c peroxidase  27.37 
 
 		 616 aa  110  6e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.298438  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5007  cytochrome-c peroxidase  27.03 
 
 		 347 aa  110  6e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2527  cytochrome-c peroxidase  30.18 
 
 		 359 aa  109  9.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.730316  normal  0.0763035 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0020  Di-haem cytochrome c peroxidase  27.09 
 
 		 345 aa  109  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3091  di-haem cytochrome c peroxidase  30.82 
 
 		 346 aa  109  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60700  cytochrome c551 peroxidase precursor  27.02 
 
 		 346 aa  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2813  cytochrome c551 peroxidase  31.75 
 
 		 345 aa  108  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.259536  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4048  cytoChrome-c peroxidase  31.08 
 
 		 466 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6837  Cytochrome-c peroxidase  28.4 
 
 		 365 aa  108  2e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4103  cytochrome-c peroxidase  31.08 
 
 		 466 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4152  cytoChrome-c peroxidase  31.08 
 
 		 466 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.418537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0350  Cytochrome-c peroxidase  29.32 
 
 		 311 aa  108  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4031  cytoChrome-c peroxidase  31.08 
 
 		 466 aa  108  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0766  cytochrome-c peroxidase  29.74 
 
 		 379 aa  107  3e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04430  probable cytochrome-c peroxidase  25.71 
 
 		 359 aa  108  3e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0505  cytochrome-c peroxidase  31.75 
 
 		 365 aa  106  7e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0442639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4210  cytochrome-c peroxidase  31.08 
 
 		 466 aa  106  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4161  Cytochrome-c peroxidase  27.44 
 
 		 598 aa  106  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0171649  normal  0.0843454 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06375  cytochrome c peroxidase  27.97 
 
 		 437 aa  106  1e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0019  Cytochrome-c peroxidase  27.6 
 
 		 345 aa  105  1e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2573  cytochrome-c peroxidase  29.52 
 
 		 346 aa  104  3e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0145  di-haem cytochrome c peroxidase  28.49 
 
 		 383 aa  104  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2892  cytochrome-c peroxidase  29.83 
 
 		 399 aa  104  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411121 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0203  cytochrome-c peroxidase  26.9 
 
 		 346 aa  104  4e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.908377  normal  0.102484 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0026  Cytochrome-c peroxidase  28.3 
 
 		 521 aa  104  4e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2947  cytochrome-c peroxidase  27.76 
 
 		 317 aa  104  4e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0431502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2477  cytochrome-c peroxidase  28.66 
 
 		 594 aa  103  4e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0233589  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4968  di-heme cytochrome c peroxidase  25.89 
 
 		 342 aa  103  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.222129  normal  0.30735 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2827  cytochrome-c peroxidase  30.61 
 
 		 377 aa  103  5e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2426  cytochrome c551 peroxidase  26.87 
 
 		 333 aa  103  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3462  di-haem cytochrome c peroxidase  30.29 
 
 		 361 aa  103  6e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.835058  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10230  Di-heme cytochrome c peroxidase, CCP_MauG family  27.36 
 
 		 464 aa  103  6e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1488  cytochrome-c peroxidase  26.46 
 
 		 322 aa  103  8e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.39743  normal  0.0300205 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0940  cytochrome c peroxidase  27.44 
 
 		 459 aa  102  9e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0216007  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4046  Cytochrome-c peroxidase  28.05 
 
 		 360 aa  103  9e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.399285  normal  0.0466935 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3411  cytochrome-c peroxidase  27.44 
 
 		 459 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.267851  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3278  cytochrome c peroxidase  27.44 
 
 		 459 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1789  cytochrome-c peroxidase  30.7 
 
 		 348 aa  102  1e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3522  Cytochrome-c peroxidase  26.76 
 
 		 333 aa  102  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.044968  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05063  lipoprotein transmembrane  29.43 
 
 		 441 aa  102  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.42633  normal  0.0603302 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3388  Cytochrome-c peroxidase  28.33 
 
 		 373 aa  101  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.109099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1107  cytochrome-c peroxidase  27.09 
 
 		 417 aa  102  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.63501  normal  0.861161 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2671  Cytochrome-c peroxidase  29.69 
 
 		 397 aa  101  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1316  cytochrome-c peroxidase  29.06 
 
 		 346 aa  101  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000633381  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0047  cytochrome c551 peroxidase  27.76 
 
 		 304 aa  102  2e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2292  cytochrome-c peroxidase  25.58 
 
 		 333 aa  101  3e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.273294  normal  0.924998 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4553  di-haem cytochrome c peroxidase  27.99 
 
 		 314 aa  100  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3904  cytochrome-c peroxidase  30.63 
 
 		 330 aa  100  4e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.0489303 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1968  cytochrome-c peroxidase  28.62 
 
 		 463 aa  100  5e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0786511  normal  0.0102191 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>