More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2031 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2031  aminotransferase  100 
 
 		 450 aa  930    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.670386 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2025  aminotransferase, class III  65.03 
 
 		 450 aa  615  1e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0797  aminotransferase class-III  49.67 
 
 		 461 aa  442  1e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277612 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2041  aminotransferase  51.7 
 
 		 455 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3134  aminotransferase class-III  47.88 
 
 		 463 aa  435  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.495081 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2908  aminotransferase class-III  47.88 
 
 		 485 aa  436  1e-121  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.597811 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3814  aminotransferase class-III  47.88 
 
 		 460 aa  430  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5513  aminotransferase class-III  47.22 
 
 		 460 aa  427  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.574518  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6604  aminotransferase  48.21 
 
 		 456 aa  422  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.112591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1928  aminotransferase  49.55 
 
 		 459 aa  418  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3032  aminotransferase class-III  48.08 
 
 		 463 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.503296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0199  aminotransferase  48.71 
 
 		 456 aa  412  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0221401  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0191  aminotransferase  49.41 
 
 		 456 aa  408  1e-113  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0848  aminotransferase class-III  47.66 
 
 		 462 aa  408  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0693468  decreased coverage  0.000282068 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0184  aminotransferase  49.41 
 
 		 456 aa  409  1e-113  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0145634  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3261  aminotransferase  45.58 
 
 		 460 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.899637  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0421  aminotransferase  47.7 
 
 		 456 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3993  aminotransferase  45.8 
 
 		 460 aa  404  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1491  aminotransferase  44.87 
 
 		 463 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.361229  normal  0.972235 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3280  aminotransferase  44.57 
 
 		 468 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.880154 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3738  aminotransferase  46.21 
 
 		 461 aa  390  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7510  hypothetical protein  45.01 
 
 		 467 aa  386  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5230  aminotransferase class-III  45.85 
 
 		 456 aa  381  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4421  hypothetical protein  44.54 
 
 		 463 aa  378  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000130906 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2724  hypothetical protein  45.62 
 
 		 468 aa  377  1e-103  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000637  gamma-aminobutyrate:alpha-ketoglutarate aminotransferase  43.66 
 
 		 468 aa  369  1e-101  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3196  aminotransferase class-III  46 
 
 		 458 aa  370  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.861833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2285  hypothetical protein  45.39 
 
 		 463 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.19249  hitchhiker  0.00838823 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4959  hypothetical protein  43.43 
 
 		 467 aa  364  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.11014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3217  aminotransferase  45.67 
 
 		 449 aa  364  2e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4382  hypothetical protein  44.69 
 
 		 459 aa  360  2e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.68656  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3858  hypothetical protein  43.57 
 
 		 469 aa  359  5e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.71802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2145  hypothetical protein  43.71 
 
 		 465 aa  357  1.9999999999999998e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.456692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0061  hypothetical protein  43.46 
 
 		 465 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.543932  hitchhiker  0.00333997 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3052  aminotransferase class-III  41.1 
 
 		 463 aa  354  2e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5780  hypothetical protein  44.52 
 
 		 464 aa  350  4e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.186427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5799  hypothetical protein  44.18 
 
 		 464 aa  349  7e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.267871  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6644  hypothetical protein  44.18 
 
 		 464 aa  349  7e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6163  hypothetical protein  44.18 
 
 		 464 aa  349  7e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6024  hypothetical protein  44.52 
 
 		 464 aa  348  1e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.428421  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2799  aminotransferase  42.04 
 
 		 459 aa  348  2e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.707111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6140  hypothetical protein  43.94 
 
 		 464 aa  347  4e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0159356  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3704  hypothetical protein  41.03 
 
 		 458 aa  333  5e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.464833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9130  aminotransferase  41.22 
 
 		 463 aa  330  4e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4663  putative aminotransferase  40.24 
 
 		 451 aa  329  5.0000000000000004e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3472  hypothetical protein  40.38 
 
 		 457 aa  329  6e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0632118  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1296  putative aminotransferase  40.48 
 
 		 460 aa  328  1.0000000000000001e-88  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.566567 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0545  putative aminotransferase  41.76 
 
 		 458 aa  328  1.0000000000000001e-88  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0290  hypothetical protein  39.91 
 
 		 456 aa  328  1.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2416  hypothetical protein  40.28 
 
 		 457 aa  328  2.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00276802  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3166  hypothetical protein  39.73 
 
 		 457 aa  327  3e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.861673 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0851  hypothetical protein  39.06 
 
 		 460 aa  325  1e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.718133  normal  0.0976867 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5499  hypothetical protein  39.91 
 
 		 459 aa  323  6e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00377522 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5308  aminotransferase, class III  39.11 
 
 		 455 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0281  putative aminotransferase  40.85 
 
 		 453 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2633  putative aminotransferase  39.2 
 
 		 455 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0244739  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5231  hypothetical protein  38.98 
 
 		 459 aa  319  6e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.157566  normal  0.634287 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1902  putative aminotransferase  37.09 
 
 		 459 aa  319  7.999999999999999e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.483281  normal  0.25146 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2054  hypothetical protein  37.05 
 
 		 467 aa  318  9e-86  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4866  putative aminotransferase  38.73 
 
 		 454 aa  318  1e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00453658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5406  putative aminotransferase  38.55 
 
 		 454 aa  318  1e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00027228 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5089  putative aminotransferase  40.14 
 
 		 453 aa  318  2e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.441787  normal  0.847711 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5182  putative aminotransferase  40.14 
 
 		 453 aa  317  3e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1787  putative aminotransferase  38.53 
 
 		 452 aa  316  4e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5242  putative aminotransferase  40.47 
 
 		 453 aa  316  6e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.292623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0390  putative aminotransferase  40.42 
 
 		 456 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03900  putative aminotransferase  40.42 
 
 		 456 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2180  putative aminotransferase  38.86 
 
 		 452 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2923  aminotransferase class-III  40.63 
 
 		 451 aa  314  1.9999999999999998e-84  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0806486  normal  0.849242 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2631  aminotransferase class-III  40.91 
 
 		 451 aa  314  1.9999999999999998e-84  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2691  hypothetical protein  38.3 
 
 		 457 aa  313  4.999999999999999e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.869545 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1254  putative aminotransferase  41.65 
 
 		 464 aa  312  6.999999999999999e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.179444  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0343  putative aminotransferase  39.48 
 
 		 457 aa  312  1e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.457259 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3557  putative aminotransferase  38.41 
 
 		 452 aa  310  4e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.936496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2643  putative aminotransferase  37.79 
 
 		 460 aa  310  4e-83  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.431158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3946  putative aminotransferase  39.49 
 
 		 466 aa  309  8e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.118972  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1738  putative aminotransferase  38.16 
 
 		 470 aa  309  8e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000987202 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1101  putative aminotransferase  39.02 
 
 		 455 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.27722 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48850  putative aminotransferase  39.52 
 
 		 457 aa  308  1.0000000000000001e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3010  putative aminotransferase  36.89 
 
 		 466 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.115201  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4665  putative aminotransferase  39.11 
 
 		 482 aa  308  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0952  putative aminotransferase  38.32 
 
 		 455 aa  306  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2379  aminotransferase class-III  36.34 
 
 		 471 aa  306  5.0000000000000004e-82  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00692435  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2033  aminotransferase class-III  36.88 
 
 		 455 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3065  hypothetical protein  37.41 
 
 		 459 aa  304  2.0000000000000002e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0833151  normal  0.0300917 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0379  aminotransferase  36.88 
 
 		 455 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.996959  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0941  putative aminotransferase  38.12 
 
 		 481 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.140903  normal  0.500981 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2986  putative aminotransferase  40.23 
 
 		 465 aa  303  5.000000000000001e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3136  hypothetical protein  39.27 
 
 		 456 aa  302  9e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6344  putative aminotransferase  37.67 
 
 		 480 aa  302  9e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0727  putative aminotransferase  38.08 
 
 		 472 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0635  putative aminotransferase  38.08 
 
 		 472 aa  301  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2653  putative aminotransferase  38.08 
 
 		 472 aa  300  2e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2904  putative aminotransferase  37.89 
 
 		 477 aa  300  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2989  putative aminotransferase  38.12 
 
 		 475 aa  300  2e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3014  putative aminotransferase  37.67 
 
 		 480 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.672031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3042  putative aminotransferase  37.7 
 
 		 477 aa  300  3e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2381  putative aminotransferase  37.44 
 
 		 480 aa  300  4e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2995  putative aminotransferase  37.44 
 
 		 480 aa  300  4e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3573  putative aminotransferase  39.11 
 
 		 478 aa  299  6e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.67707 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>