236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0963 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0963  anti-sigma-factor antagonist  100 
 
 		 308 aa  629  1e-179  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0141  anti-sigma-factor antagonist  44.26 
 
 		 298 aa  261  1e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0116373  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3437  anti-sigma-factor antagonist  44.51 
 
 		 315 aa  135  8e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0379355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2484  anti-sigma-factor antagonist  41.33 
 
 		 281 aa  120  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.817104  normal  0.435935 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2118  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  32.37 
 
 		 285 aa  119  9e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.333632 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3744  anti-sigma-factor antagonist  36.36 
 
 		 288 aa  116  3.9999999999999997e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1671  anti-sigma-factor antagonist  30.81 
 
 		 288 aa  116  5e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.128227 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3768  anti-sigma-factor antagonist  32.63 
 
 		 284 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1219  positive regulator of sigma-B  33.33 
 
 		 286 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.30106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2482  anti-sigma-factor antagonist  46.67 
 
 		 293 aa  112  7.000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.700951  normal  0.474316 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2269  anti-sigma-factor antagonist  36.67 
 
 		 291 aa  112  8.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.169794 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2483  anti-sigma-factor antagonist  44.8 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.872627  normal  0.455884 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3133  anti-sigma-factor antagonist (STAS)  38.41 
 
 		 283 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.715564 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4411  anti-sigma-factor antagonist  38.81 
 
 		 280 aa  109  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.118778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4970  Sulfate transporter/antisigma-factor antagonist STAS  41.73 
 
 		 284 aa  109  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1475  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  37.67 
 
 		 272 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000603056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3137  anti-sigma-factor antagonist  31.25 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.225193  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2416  anti-sigma-factor antagonist  34.39 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0799  anti-sigma-factor antagonist  38.3 
 
 		 286 aa  106  5e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.224753  hitchhiker  0.00639287 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2793  anti-sigma-factor antagonist  32.66 
 
 		 272 aa  106  5e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1492  anti-sigma-factor antagonist  42.61 
 
 		 282 aa  105  7e-22  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0622527 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2460  putative PAS/PAC sensor protein  42.45 
 
 		 306 aa  105  8e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0675728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5779  anti-sigma-factor antagonist  36.03 
 
 		 288 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2851  putative PAS/PAC sensor protein  41.3 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4421  anti-sigma-factor antagonist  35.44 
 
 		 271 aa  105  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3158  anti-sigma-factor antagonist  43.65 
 
 		 445 aa  105  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1921  putative PAS/PAC sensor protein  35.8 
 
 		 295 aa  103  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.134745  hitchhiker  0.0000024656 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2307  anti-sigma-factor antagonist  42.06 
 
 		 439 aa  104  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2751  anti-sigma-factor antagonist  41.61 
 
 		 357 aa  104  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0474  anti-sigma-factor antagonist  40.6 
 
 		 279 aa  103  3e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2225  putative PAS/PAC sensor protein  40.65 
 
 		 509 aa  103  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00360384  normal  0.281465 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1645  anti-sigma-factor antagonist  37.5 
 
 		 358 aa  103  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2805  anti-sigma-factor antagonist  34.81 
 
 		 275 aa  102  8e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2970  anti-sigma-factor antagonist  41.88 
 
 		 285 aa  102  8e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.528649 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0129  anti-sigma-factor antagonist  33.7 
 
 		 287 aa  102  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2509  anti-sigma-factor antagonist  40.88 
 
 		 388 aa  101  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840655 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4420  anti-sigma-factor antagonist  36.23 
 
 		 271 aa  101  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0604  putative PAS/PAC sensor protein  40.16 
 
 		 428 aa  101  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0938215  hitchhiker  0.000133748 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4189  putative PAS/PAC sensor protein  40.94 
 
 		 428 aa  101  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000679447 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0148  putative PAS/PAC sensor protein  35.97 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32020  anti-anti-sigma regulatory factor (antagonist of anti-sigma factor)  42.45 
 
 		 283 aa  100  4e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.16584  normal  0.174453 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2716  anti-sigma-factor antagonist  42.74 
 
 		 559 aa  100  4e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2937  anti-sigma-factor antagonist  33.54 
 
 		 271 aa  100  5e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000434706  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0512  anti-sigma-factor antagonist  38.71 
 
 		 292 aa  99.4  7e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3800  putative PAS/PAC sensor protein  40.94 
 
 		 430 aa  99  9e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5229  anti-sigma-factor antagonist  32.96 
 
 		 291 aa  99  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  40.48 
 
 		 655 aa  98.6  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2495  anti-sigma-factor antagonist  40.32 
 
 		 568 aa  98.2  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0451  anti-sigma-factor antagonist  39.2 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3339  anti-sigma-factor antagonist  37.9 
 
 		 292 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.123389  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2667  putative PAS/PAC sensor protein  37.01 
 
 		 653 aa  98.2  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000189051 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0195  putative PAS/PAC sensor protein  36.43 
 
 		 255 aa  97.1  3e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.1074  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3527  putative PAS/PAC sensor protein  38.4 
 
 		 667 aa  96.7  4e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6567  anti-sigma-factor antagonist  34.38 
 
 		 286 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.967653  normal  0.0460746 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4199  putative PAS/PAC sensor protein  37.29 
 
 		 562 aa  96.3  6e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00362058 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4858  anti-sigma-factor antagonist  40.52 
 
 		 295 aa  95.9  8e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3162  putative PAS/PAC sensor protein  33.75 
 
 		 638 aa  95.5  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.13851  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  39.83 
 
 		 653 aa  95.1  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2953  putative PAS/PAC sensor protein  35.66 
 
 		 549 aa  95.5  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0621  anti-sigma-factor antagonist  45.05 
 
 		 377 aa  95.1  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0312248 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  36.43 
 
 		 694 aa  94.7  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0363  anti-sigma-factor antagonist  30.2 
 
 		 279 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.700389  normal  0.857593 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0903  anti-sigma-factor antagonist  42.52 
 
 		 376 aa  94.4  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000110303  hitchhiker  0.00000527056 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2373  putative PAS/PAC sensor protein  39.53 
 
 		 424 aa  94.7  2e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0322633  normal  0.629706 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1962  putative PAS/PAC sensor protein  33.59 
 
 		 538 aa  94  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.118262  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2651  putative PAS/PAC sensor protein  36.43 
 
 		 653 aa  93.6  4e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3859  anti-sigma-factor antagonist  39.47 
 
 		 295 aa  93.6  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3508  anti-sigma-factor antagonist  43.24 
 
 		 359 aa  93.6  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4067  putative PAS/PAC sensor protein  40.52 
 
 		 429 aa  93.6  4e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.220594 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1903  anti-sigma-factor antagonist  37.07 
 
 		 689 aa  93.2  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2789  putative PAS/PAC sensor protein  43.48 
 
 		 323 aa  93.2  5e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  37.17 
 
 		 433 aa  92.8  6e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1810  anti-sigma-factor antagonist  40.17 
 
 		 252 aa  92.8  7e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4771  anti-sigma-factor antagonist  38.66 
 
 		 231 aa  92.4  9e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2486  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  37.07 
 
 		 294 aa  91.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3016  anti-sigma-factor antagonist  38.71 
 
 		 510 aa  92  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000586353  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2566  anti-sigma-factor antagonist  40.94 
 
 		 362 aa  89.7  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1317  anti-sigma-factor antagonist  39.09 
 
 		 286 aa  89.7  6e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0350  anti-sigma-factor antagonist  45.13 
 
 		 385 aa  89  9e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.341427 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1662  anti-sigma-factor antagonist  31.33 
 
 		 290 aa  89  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.80194  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0550  anti-sigma-factor antagonist  40.62 
 
 		 372 aa  88.2  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4058  anti-sigma-factor antagonist  36.75 
 
 		 370 aa  87.8  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0053  anti-sigma-factor antagonist  40.8 
 
 		 377 aa  88.2  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0493156  normal  0.337885 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1270  anti-sigma-factor antagonist  35.16 
 
 		 325 aa  87.4  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0410  anti-sigma-factor antagonist  41.53 
 
 		 361 aa  87  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2646  anti-sigma-factor antagonist  41.96 
 
 		 261 aa  85.9  7e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1894  anti-sigma-factor antagonist  35.96 
 
 		 344 aa  85.9  8e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1936  anti-sigma-factor antagonist  42.73 
 
 		 314 aa  85.9  8e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.729747  normal  0.557199 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4490  anti-sigma-factor antagonist  41.59 
 
 		 511 aa  85.1  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.30603  decreased coverage  0.000741245 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3404  anti-sigma-factor antagonist  36.36 
 
 		 361 aa  84.7  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1835  anti-sigma-factor antagonist  36.64 
 
 		 331 aa  85.1  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4193  anti-sigma-factor antagonist  40.17 
 
 		 388 aa  84  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.512657  hitchhiker  0.00496827 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0221  anti-sigma-factor antagonist  38.17 
 
 		 366 aa  84  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1935  anti-sigma-factor antagonist  39.06 
 
 		 421 aa  84  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201597 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2689  anti-sigma-factor antagonist  39.32 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.958123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3857  anti-sigma-factor antagonist  41.82 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2296  anti-sigma-factor antagonist  32.59 
 
 		 342 aa  82.8  0.000000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0948081  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1316  anti-sigma-factor antagonist  31.91 
 
 		 284 aa  82.4  0.000000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2715  anti-sigma-factor antagonist  40 
 
 		 341 aa  81.6  0.00000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2503  anti-sigma-factor antagonist  38.05 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.244324 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>