More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4124 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4124  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  623  1e-177  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.774115  decreased coverage  0.0000191033 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3968  LysR family transcriptional regulator  94.06 
 
 		 303 aa  593  1e-169  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3219  LysR family transcriptional regulator  92.74 
 
 		 303 aa  587  1e-167  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00312841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0604  LysR family transcriptional regulator  91.09 
 
 		 303 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3439  LysR family transcriptional regulator  87.09 
 
 		 303 aa  553  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0327434  normal  0.240925 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0839  LysR family transcriptional regulator  86.42 
 
 		 303 aa  551  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0846  LysR family transcriptional regulator  86.75 
 
 		 303 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.579018  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3156  LysR family transcriptional regulator  87.09 
 
 		 303 aa  553  1e-156  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000483738  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3521  LysR family transcriptional regulator  86.75 
 
 		 303 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00124324  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0695  LysR family transcriptional regulator  87.09 
 
 		 303 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000273507  normal  0.730196 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0814  LysR family transcriptional regulator  86.75 
 
 		 303 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000116496  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3327  LysR family transcriptional regulator  87.09 
 
 		 303 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.9019 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0839  transcriptional regulator, LysR family  86.42 
 
 		 303 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.771385  hitchhiker  0.0000128794 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0547  transcriptional regulator, LysR family protein  84.44 
 
 		 303 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.444887  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2963  LysR, substrate-binding  83.11 
 
 		 303 aa  535  1e-151  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0579  LysR family transcriptional regulator  81.79 
 
 		 303 aa  522  1e-147  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.264482  normal  0.0538028 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6327  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 291 aa  209  5e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0493  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 291 aa  208  8e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00906  transcription regulator protein  37.33 
 
 		 292 aa  200  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.440828 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16470  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 291 aa  198  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4261  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 303 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.902003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0999  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1518  transcriptional regulator, LysR family  35.67 
 
 		 317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2339  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 317 aa  196  3e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  35.49 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 328 aa  196  5.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2366  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 		 300 aa  196  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0908002 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 294 aa  195  6e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 313 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.08 
 
 		 315 aa  192  5e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3870  putative transcriptional regulator  36.21 
 
 		 289 aa  192  7e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  0.618692 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23540  putative transcriptional regulator  39.45 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00483794 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2697  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  35.14 
 
 		 298 aa  189  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 306 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2357  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  36.7 
 
 		 301 aa  188  8e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal  0.547268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1994  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.7 
 
 		 301 aa  188  8e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.415294  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2104  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 301 aa  188  8e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1993  putative transcriptional regulator  39.3 
 
 		 306 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 		 293 aa  186  4e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3610  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 302 aa  186  5e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 330 aa  186  5e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2154  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 305 aa  186  6e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.224535  normal  0.610808 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4263  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.391438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  31.33 
 
 		 309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 296 aa  183  3e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3985  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  34.35 
 
 		 337 aa  183  4.0000000000000006e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 313 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  34.35 
 
 		 337 aa  183  4.0000000000000006e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4613  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 296 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.565718 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.87 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2542  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 311 aa  182  7e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  0.053524 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0990  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.97 
 
 		 302 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1541  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1224  carbonate dehydratase  34.13 
 
 		 313 aa  181  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000421173  normal  0.31799 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1127  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.157186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4685  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.775055  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 297 aa  180  2e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0519  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.84589 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1973  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0331729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1330  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00626709  hitchhiker  0.000619665 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3048  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0118588  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3191  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0504852  normal  0.2192 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 295 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 330 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 315 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2006  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 290 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.126264  normal  0.0111016 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1324  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 313 aa  179  4e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.230209 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2889  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 300 aa  179  4e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4145  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 315 aa  179  5.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.687298  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 308 aa  179  5.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4320  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 307 aa  179  5.999999999999999e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4759  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 314 aa  179  5.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.983634  normal  0.183649 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2868  transcriptional regulator, LysR family protein  34.47 
 
 		 313 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0376307  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1185  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 313 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0305189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1029  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 305 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.874195  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2373  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 301 aa  179  7e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3363  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 312 aa  178  8e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 307 aa  178  8e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2733  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 300 aa  179  8e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5396  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 304 aa  178  9e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.350527 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3034  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 313 aa  178  9e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 323 aa  178  1e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4053  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 302 aa  177  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 321 aa  178  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1186  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.177283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1256  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 313 aa  178  1e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00128178  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>