175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2944 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2944  Fe-S metabolism associated SufE  100 
 
 
149 aa  302  1.0000000000000001e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.970825  normal  0.017638 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1164  Fe-S metabolism associated SufE  80.15 
 
 
137 aa  218  1.9999999999999999e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.656319  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0215  Fe-S metabolism associated SufE  79.39 
 
 
136 aa  213  5e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5927  hypothetical protein  43.65 
 
 
151 aa  103  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1472  cysteine desulfuration protein SufE  39.23 
 
 
140 aa  95.1  3e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1840  Fe-S metabolism associated SufE  41.22 
 
 
137 aa  94.4  5e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.757057  normal  0.0307633 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3059  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  38.79 
 
 
147 aa  92.4  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00674257  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02662  predicted Fe-S metabolism protein  41.75 
 
 
147 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0877  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  41.75 
 
 
147 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.721288  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2625  Fe-S metabolism associated SufE  38.21 
 
 
142 aa  91.7  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0386264  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02623  hypothetical protein  41.75 
 
 
147 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0901  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  41.75 
 
 
147 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2955  cysteine desulfuration protein CsdE  41.75 
 
 
147 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000740943  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4076  cysteine desulfuration protein CsdE  41.75 
 
 
147 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0951499  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4443  Fe-S metabolism associated SufE  39.26 
 
 
140 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.168146  normal  0.896938 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4178  Fe-S metabolism associated SufE  39.26 
 
 
142 aa  90.9  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259445  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1236  Fe-S metabolism associated SufE  39.23 
 
 
141 aa  90.9  6e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0210251 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2952  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  40.78 
 
 
147 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0280562  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3043  putative sufE-like protein  37.98 
 
 
141 aa  90.1  9e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3117  cysteine desulfuration protein CsdE  40.78 
 
 
147 aa  90.1  9e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000246129  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1420  cysteine desulfuration protein SufE  40.48 
 
 
144 aa  90.1  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0902464  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1662  Fe-S metabolism associated SufE  40.77 
 
 
138 aa  89.4  1e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0725  Fe-S metabolism associated SufE  41.8 
 
 
145 aa  90.1  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2685  Fe-S metabolism associated SufE  39.06 
 
 
141 aa  89.7  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1641  Fe-S metabolism associated SufE  38.46 
 
 
141 aa  88.6  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.234613  normal  0.31626 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4099  Fe-S metabolism associated SufE  38.17 
 
 
135 aa  89  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1404  Fe-S metabolism associated SufE  34.65 
 
 
140 aa  89  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.803619 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3257  Fe-S metabolism associated SufE  37.93 
 
 
148 aa  88.6  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3070  Fe-S metabolism associated SufE  38.28 
 
 
142 aa  87.8  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.424531 
 
 
-
 
NC_004310  BR0574  hypothetical protein  38.28 
 
 
141 aa  87  8e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.594133  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0575  hypothetical protein  38.28 
 
 
141 aa  87  8e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03291  hypothetical protein  37.82 
 
 
142 aa  87  8e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1491  Fe-S metabolism associated SufE  40.48 
 
 
139 aa  86.7  9e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3475  cysteine desulfuration protein SufE  38.46 
 
 
141 aa  86.3  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00677521  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1885  Fe-S metabolism associated SufE  38.41 
 
 
136 aa  86.7  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0116695  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2061  Fe-S metabolism associated SufE  35.38 
 
 
142 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002692  sulfur acceptor protein SufE for iron-sulfur cluster assembly  38.14 
 
 
142 aa  86.3  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0615  Fe-S metabolism associated SufE  37.21 
 
 
140 aa  86.3  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.606248  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3380  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  38.14 
 
 
151 aa  85.9  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.669606  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2223  Fe-S metabolism associated SufE  36.51 
 
 
142 aa  85.5  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.416471  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3311  chain A, Northeast Structural Genomic Consortium Target Er75  38.83 
 
 
147 aa  85.5  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0299336  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3196  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  36.75 
 
 
147 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.78287  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1973  SufE protein  36.3 
 
 
142 aa  85.1  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2445  cysteine desufuration protein SufE  33.58 
 
 
138 aa  85.1  3e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.032262  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3211  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  36.75 
 
 
147 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.416029  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0681  Fe-S metabolism associated SufE  36.3 
 
 
142 aa  85.1  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3148  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  38.83 
 
 
147 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3131  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  36.75 
 
 
147 aa  85.1  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0738734  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1777  Fe-S metabolism associated SufE  35.38 
 
 
164 aa  84.3  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0862185  normal  0.039925 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2747  cysteine desufuration protein SufE  33.58 
 
 
138 aa  84.3  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00745111  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3517  Fe-S metabolism associated SufE  34.35 
 
 
142 aa  84  7e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0960536  normal  0.75307 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1672  Fe-S metabolism associated SufE  36.36 
 
 
142 aa  83.2  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.398454 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1942  Fe-S metabolism associated SufE  33.86 
 
 
143 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0211559  normal  0.278491 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0924  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  38.14 
 
 
151 aa  83.2  0.000000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0457641  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0877  Fe-S metabolism associated SufE  34.62 
 
 
141 aa  83.6  0.000000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.264737  normal  0.923404 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2026  Fe-S metabolism associated SufE  35.34 
 
 
147 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.908248  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0938  Fe-S metabolism associated SufE  35.83 
 
 
139 aa  82.4  0.000000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00125991  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0896  Fe-S metabolism associated SufE  37.3 
 
 
139 aa  82.4  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0608769  normal  0.19145 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1049  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  34.75 
 
 
146 aa  82  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0424  cysteine desulfuration protein SufE  33.08 
 
 
135 aa  82  0.000000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.617411  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3223  hypothetical protein  34.75 
 
 
146 aa  82.4  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000637476  normal  0.384907 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01363  Cysteine desulfurase SufE subunit  35.29 
 
 
136 aa  81.6  0.000000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.837457  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1069  Fe-S metabolism associated SufE  31.94 
 
 
164 aa  81.3  0.000000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.801847  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3157  Fe-S metabolism associated SufE  34.88 
 
 
152 aa  80.9  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0858  Fe-S metabolism associated SufE  35.96 
 
 
146 aa  80.9  0.000000000000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0997  Fe-S metabolism associated protein  33.9 
 
 
146 aa  81.3  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00392215  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3808  Fe-S metabolism associated SufE  35.38 
 
 
144 aa  80.9  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000105316  hitchhiker  0.000000411108 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2732  Fe-S metabolism associated SufE  39.67 
 
 
150 aa  80.1  0.000000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0280  Fe-S metabolism associated SufE  37.86 
 
 
146 aa  79  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1625  Fe-S metabolism associated SufE  36.22 
 
 
147 aa  79  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00154018  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0734  Fe-S metabolism associated SufE  40.2 
 
 
150 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0882  Fe-S metabolism associated SufE  33.58 
 
 
140 aa  78.2  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000850545  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG2158  hypothetical protein  36.8 
 
 
141 aa  77.8  0.00000000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00356  SufE protein probably involved in Fe-S center assembly  37.93 
 
 
145 aa  77.8  0.00000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.118758  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0689  conserved hypothetical protein, SufE-related protein  36.36 
 
 
145 aa  77.8  0.00000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0170145  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0752  Fe-S metabolism associated SufE  35.34 
 
 
147 aa  77.4  0.00000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1699  cysteine desufuration protein SufE  33.62 
 
 
148 aa  77.4  0.00000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000746018  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0310  hypothetical protein  36.43 
 
 
146 aa  77.4  0.00000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.507041  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1897  hypothetical protein  35.34 
 
 
144 aa  77.4  0.00000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1302  hypothetical protein  33.07 
 
 
139 aa  77.4  0.00000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0875  Fe-S metabolism associated SufE  34.38 
 
 
144 aa  77.4  0.00000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0629601  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3181  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  33.33 
 
 
147 aa  77  0.00000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.680141  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0997  hypothetical protein  34.65 
 
 
140 aa  77  0.00000000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.249209 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1350  Fe-S metabolism associated SufE  36.64 
 
 
141 aa  76.6  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.590476  unclonable  0.00000000000311985 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04475  hypothetical protein  31.39 
 
 
141 aa  76.3  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1008  Fe-S metabolism associated SufE  34.11 
 
 
140 aa  76.3  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000255666  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2184  cysteine desufuration protein SufE  29.92 
 
 
137 aa  75.5  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000219554  hitchhiker  0.00000283333 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0853  Fe-S metabolism associated SufE  31.9 
 
 
145 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1199  Fe-S metabolism associated SufE  37.6 
 
 
145 aa  74.7  0.0000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.475517  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1746  cysteine desufuration protein SufE  31.25 
 
 
140 aa  74.7  0.0000000000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133663  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1852  cysteine desufuration protein SufE  31.25 
 
 
140 aa  74.3  0.0000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000534736  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2589  cysteine desufuration protein SufE  31.25 
 
 
140 aa  74.3  0.0000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.403656  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3576  Fe-S metabolism associated SufE  33.33 
 
 
148 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3699  Fe-S metabolism associated SufE  33.33 
 
 
148 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.486429 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0461  cysteine desufuration protein SufE  29.23 
 
 
144 aa  72.8  0.000000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.197192  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3351  Fe-S metabolism associated SufE  29.93 
 
 
148 aa  72.4  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.109894 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0839  Fe-S metabolism associated SufE  34.21 
 
 
148 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0766  Fe-S metabolism associated SufE  35.64 
 
 
148 aa  72  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0506  Fe-S metabolism associated SufE  30.83 
 
 
137 aa  71.6  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0176221 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1176  Fe-S metabolism associated SufE  33.05 
 
 
141 aa  71.6  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>