178 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0853 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0853  Fe-S metabolism associated SufE  100 
 
 
145 aa  299  8.000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0858  Fe-S metabolism associated SufE  81.82 
 
 
146 aa  250  4.0000000000000004e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0766  Fe-S metabolism associated SufE  71.85 
 
 
148 aa  201  3e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0807  Fe-S metabolism associated SufE  68.79 
 
 
147 aa  198  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3132  Fe-S metabolism associated SufE  66.67 
 
 
147 aa  194  3e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0835  Fe-S metabolism associated SufE  66.67 
 
 
147 aa  194  3e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0734  Fe-S metabolism associated SufE  67.19 
 
 
150 aa  185  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0839  Fe-S metabolism associated SufE  64.75 
 
 
148 aa  186  1e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3182  Fe-S metabolism associated SufE  58.74 
 
 
151 aa  183  8e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3790  hypothetical protein  60.99 
 
 
147 aa  181  3e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3576  Fe-S metabolism associated SufE  67.74 
 
 
148 aa  179  9.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3508  Fe-S metabolism associated SufE  62.14 
 
 
148 aa  179  1e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3699  Fe-S metabolism associated SufE  67.74 
 
 
148 aa  179  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.486429 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0742  Fe-S metabolism associated SufE  61.43 
 
 
148 aa  176  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0752  Fe-S metabolism associated SufE  63.41 
 
 
147 aa  160  8.000000000000001e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2778  hypothetical protein  56.03 
 
 
152 aa  155  2e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0689  conserved hypothetical protein, SufE-related protein  46.51 
 
 
145 aa  137  3.9999999999999997e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0170145  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002692  sulfur acceptor protein SufE for iron-sulfur cluster assembly  48.06 
 
 
142 aa  135  3.0000000000000003e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03291  hypothetical protein  47.29 
 
 
142 aa  131  3e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1897  hypothetical protein  45.74 
 
 
144 aa  125  2.0000000000000002e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1420  cysteine desulfuration protein SufE  43.45 
 
 
144 aa  120  7e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0902464  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1491  Fe-S metabolism associated SufE  46.77 
 
 
139 aa  119  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2211  putative selenocysteine lyase  45.24 
 
 
569 aa  116  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.686434  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3380  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  44.09 
 
 
151 aa  114  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.669606  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0924  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  43.55 
 
 
151 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0457641  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1091  Fe-S metabolism associated SufE  43.2 
 
 
134 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0597  Fe-S metabolism associated SufE  42.75 
 
 
133 aa  112  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.149472  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3257  Fe-S metabolism associated SufE  43.1 
 
 
148 aa  110  4.0000000000000004e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1662  Fe-S metabolism associated SufE  45.31 
 
 
138 aa  109  1.0000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3059  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  43.8 
 
 
147 aa  108  3e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00674257  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1049  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  40 
 
 
146 aa  108  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3223  hypothetical protein  40 
 
 
146 aa  107  4.0000000000000004e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000637476  normal  0.384907 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0997  Fe-S metabolism associated protein  40 
 
 
146 aa  108  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00392215  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3181  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  38.52 
 
 
147 aa  107  5e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.680141  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1334  Fe-S metabolism associated SufE  45.3 
 
 
135 aa  106  9.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0936579 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3117  cysteine desulfuration protein CsdE  42.98 
 
 
147 aa  106  9.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000246129  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3351  Fe-S metabolism associated SufE  38.35 
 
 
148 aa  106  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.109894 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01363  Cysteine desulfurase SufE subunit  41.94 
 
 
136 aa  106  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.837457  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2952  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  42.98 
 
 
147 aa  106  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0280562  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1526  sufE protein  40.77 
 
 
135 aa  105  3e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2997  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  43.86 
 
 
147 aa  105  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.736409  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02662  predicted Fe-S metabolism protein  42.5 
 
 
147 aa  104  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0877  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  42.5 
 
 
147 aa  104  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.721288  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4076  cysteine desulfuration protein CsdE  42.5 
 
 
147 aa  104  4e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0951499  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0901  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  42.5 
 
 
147 aa  104  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3157  Fe-S metabolism associated SufE  41.73 
 
 
152 aa  104  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02623  hypothetical protein  42.5 
 
 
147 aa  104  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2955  cysteine desulfuration protein CsdE  42.5 
 
 
147 aa  104  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000740943  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3211  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  42.98 
 
 
147 aa  103  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.416029  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3131  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  42.98 
 
 
147 aa  103  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0738734  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3196  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  42.98 
 
 
147 aa  103  7e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.78287  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3148  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  42.98 
 
 
147 aa  103  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3311  chain A, Northeast Structural Genomic Consortium Target Er75  42.98 
 
 
147 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0299336  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1404  Fe-S metabolism associated SufE  40.3 
 
 
140 aa  102  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.803619 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1302  hypothetical protein  42.19 
 
 
139 aa  102  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04475  hypothetical protein  37.6 
 
 
141 aa  102  2e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1765  cysteine desufuration protein SufE  40.31 
 
 
138 aa  101  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000206434  hitchhiker  0.0000210323 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3808  Fe-S metabolism associated SufE  44.63 
 
 
144 aa  101  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000105316  hitchhiker  0.000000411108 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16920  hypothetical protein  41.13 
 
 
140 aa  101  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.106423  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1471  hypothetical protein  41.13 
 
 
140 aa  100  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0896  Fe-S metabolism associated SufE  37.3 
 
 
139 aa  100  6e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0608769  normal  0.19145 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0938  Fe-S metabolism associated SufE  36.51 
 
 
139 aa  100  7e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00125991  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1176  Fe-S metabolism associated SufE  36.09 
 
 
141 aa  100  8e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2026  Fe-S metabolism associated SufE  40.52 
 
 
147 aa  99.4  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.908248  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0882  Fe-S metabolism associated SufE  41.09 
 
 
140 aa  98.6  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000850545  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3475  cysteine desulfuration protein SufE  39.5 
 
 
141 aa  97.4  5e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00677521  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3036  Fe-S metabolism associated SufE  37.6 
 
 
147 aa  97.4  6e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.011002 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1008  Fe-S metabolism associated SufE  41.6 
 
 
140 aa  96.7  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000255666  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1471  cysteine desufuration protein SufE  37.21 
 
 
138 aa  95.9  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00486624  normal  0.0737338 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1797  cysteine desufuration protein SufE  37.21 
 
 
138 aa  95.9  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000335199  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0875  Fe-S metabolism associated SufE  41.46 
 
 
144 aa  95.9  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0629601  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2685  Fe-S metabolism associated SufE  40.16 
 
 
141 aa  94  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1699  cysteine desufuration protein SufE  37.21 
 
 
148 aa  93.6  7e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000746018  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1968  cysteine desufuration protein SufE  36.43 
 
 
138 aa  93.6  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0109106  hitchhiker  0.0000000878422 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1506  cysteine desufuration protein SufE  36.43 
 
 
138 aa  93.6  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000138977 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1487  cysteine desufuration protein SufE  36.43 
 
 
138 aa  93.6  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0255513  hitchhiker  0.000000000108827 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2445  cysteine desufuration protein SufE  38.02 
 
 
138 aa  93.2  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.032262  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1625  Fe-S metabolism associated SufE  34.13 
 
 
147 aa  93.2  1e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00154018  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2747  cysteine desufuration protein SufE  37.19 
 
 
138 aa  92  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00745111  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3084  Fe-S metabolism associated SufE  39.31 
 
 
150 aa  92.4  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0119204 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01648  cysteine desufuration protein SufE  37.3 
 
 
138 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000768854  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1963  Fe-S metabolism associated SufE  37.3 
 
 
138 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000464178  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2061  Fe-S metabolism associated SufE  37.69 
 
 
142 aa  91.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01638  hypothetical protein  37.3 
 
 
138 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00000509918  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1517  cysteine desufuration protein SufE  37.3 
 
 
138 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000018022  hitchhiker  0.000000327732 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0615  Fe-S metabolism associated SufE  37.98 
 
 
140 aa  91.7  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.606248  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1760  cysteine desufuration protein SufE  37.3 
 
 
138 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000168999  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1952  cysteine desufuration protein SufE  37.3 
 
 
138 aa  91.7  3e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000146804  unclonable  0.00000000819474 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1885  Fe-S metabolism associated SufE  36.51 
 
 
136 aa  91.3  4e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0116695  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2393  cysteine desufuration protein SufE  36.51 
 
 
138 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000216673  hitchhiker  0.0000615703 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5783  Fe-S metabolism associated SufE  39.2 
 
 
142 aa  91.3  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.131653  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4451  Fe-S metabolism associated SufE  32.26 
 
 
133 aa  90.9  5e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.700475  hitchhiker  0.0000330295 
 
 
-
 
NC_004310  BR0574  hypothetical protein  39.37 
 
 
141 aa  90.5  6e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.594133  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1973  SufE protein  36.69 
 
 
142 aa  90.5  6e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0681  Fe-S metabolism associated SufE  36.69 
 
 
142 aa  90.5  6e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0575  hypothetical protein  39.37 
 
 
141 aa  90.5  6e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1895  cysteine desufuration protein SufE  37.3 
 
 
138 aa  90.5  7e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000720615  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4099  Fe-S metabolism associated SufE  36.59 
 
 
135 aa  90.5  8e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1880  cysteine desufuration protein SufE  36.51 
 
 
138 aa  90.1  9e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000195157  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4443  Fe-S metabolism associated SufE  37.4 
 
 
140 aa  89.4  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.168146  normal  0.896938 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>