172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3182 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_3182  Fe-S metabolism associated SufE  100 
 
 
151 aa  311  9.999999999999999e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0858  Fe-S metabolism associated SufE  61.87 
 
 
146 aa  185  2e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0853  Fe-S metabolism associated SufE  58.74 
 
 
145 aa  183  8e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0752  Fe-S metabolism associated SufE  61.81 
 
 
147 aa  179  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0839  Fe-S metabolism associated SufE  60.84 
 
 
148 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3132  Fe-S metabolism associated SufE  67.52 
 
 
147 aa  169  9e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0835  Fe-S metabolism associated SufE  60.29 
 
 
147 aa  169  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0807  Fe-S metabolism associated SufE  67.52 
 
 
147 aa  169  1e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3790  hypothetical protein  68.38 
 
 
147 aa  168  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3508  Fe-S metabolism associated SufE  66.95 
 
 
148 aa  169  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3576  Fe-S metabolism associated SufE  66.1 
 
 
148 aa  167  3e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3699  Fe-S metabolism associated SufE  66.1 
 
 
148 aa  166  8e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.486429 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0742  Fe-S metabolism associated SufE  65.25 
 
 
148 aa  164  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0734  Fe-S metabolism associated SufE  57.78 
 
 
150 aa  161  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2778  hypothetical protein  55.3 
 
 
152 aa  159  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0766  Fe-S metabolism associated SufE  54.81 
 
 
148 aa  156  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0689  conserved hypothetical protein, SufE-related protein  42.86 
 
 
145 aa  125  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0170145  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03291  hypothetical protein  45.19 
 
 
142 aa  121  4e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002692  sulfur acceptor protein SufE for iron-sulfur cluster assembly  44.27 
 
 
142 aa  119  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3059  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  41.33 
 
 
147 aa  116  9.999999999999999e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00674257  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3117  cysteine desulfuration protein CsdE  41.33 
 
 
147 aa  115  9.999999999999999e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000246129  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02662  predicted Fe-S metabolism protein  41.33 
 
 
147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0877  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  41.33 
 
 
147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.721288  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0901  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  41.33 
 
 
147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02623  hypothetical protein  41.33 
 
 
147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2955  cysteine desulfuration protein CsdE  41.33 
 
 
147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000740943  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4076  cysteine desulfuration protein CsdE  41.33 
 
 
147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0951499  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2952  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  40.67 
 
 
147 aa  114  5e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0280562  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1420  cysteine desulfuration protein SufE  41.46 
 
 
144 aa  112  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0902464  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1897  hypothetical protein  43.97 
 
 
144 aa  111  4.0000000000000004e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3196  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  41.22 
 
 
147 aa  110  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.78287  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3131  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  41.22 
 
 
147 aa  110  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0738734  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3211  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  41.22 
 
 
147 aa  110  7.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.416029  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3148  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  41.22 
 
 
147 aa  110  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3311  chain A, Northeast Structural Genomic Consortium Target Er75  41.22 
 
 
147 aa  109  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0299336  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2211  putative selenocysteine lyase  39.42 
 
 
569 aa  108  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.686434  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1491  Fe-S metabolism associated SufE  42.52 
 
 
139 aa  109  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0997  Fe-S metabolism associated protein  44.88 
 
 
146 aa  108  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00392215  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1049  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  44.88 
 
 
146 aa  107  5e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3223  hypothetical protein  44.88 
 
 
146 aa  107  5e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000637476  normal  0.384907 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1091  Fe-S metabolism associated SufE  41.86 
 
 
134 aa  105  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3257  Fe-S metabolism associated SufE  45.95 
 
 
148 aa  105  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3380  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  45.97 
 
 
151 aa  105  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.669606  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3181  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  39.69 
 
 
147 aa  105  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.680141  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0924  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  50 
 
 
151 aa  104  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0457641  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3351  Fe-S metabolism associated SufE  39.84 
 
 
148 aa  104  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.109894 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0597  Fe-S metabolism associated SufE  41.18 
 
 
133 aa  100  7e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.149472  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3808  Fe-S metabolism associated SufE  40.77 
 
 
144 aa  100  7e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000105316  hitchhiker  0.000000411108 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2026  Fe-S metabolism associated SufE  39.53 
 
 
147 aa  99  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.908248  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16920  hypothetical protein  37.8 
 
 
140 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.106423  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1526  sufE protein  39.2 
 
 
135 aa  97.1  8e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1471  hypothetical protein  36.3 
 
 
140 aa  96.7  9e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3475  cysteine desulfuration protein SufE  37.59 
 
 
141 aa  95.5  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00677521  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0896  Fe-S metabolism associated SufE  36.8 
 
 
139 aa  95.5  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0608769  normal  0.19145 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1662  Fe-S metabolism associated SufE  42.64 
 
 
138 aa  95.5  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2997  cysteine desulfurase, sulfur acceptor subunit CsdE  42.61 
 
 
147 aa  93.6  7e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.736409  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0882  Fe-S metabolism associated SufE  38.79 
 
 
140 aa  94  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000850545  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1008  Fe-S metabolism associated SufE  38.79 
 
 
140 aa  93.6  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000255666  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5783  Fe-S metabolism associated SufE  37.12 
 
 
142 aa  93.6  8e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.131653  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1334  Fe-S metabolism associated SufE  36.8 
 
 
135 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0936579 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3043  putative sufE-like protein  38.79 
 
 
141 aa  93.2  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1302  hypothetical protein  41.74 
 
 
139 aa  92.8  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2061  Fe-S metabolism associated SufE  37.23 
 
 
142 aa  92  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2445  cysteine desufuration protein SufE  39.5 
 
 
138 aa  92.4  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.032262  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3157  Fe-S metabolism associated SufE  36.62 
 
 
152 aa  91.7  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0938  Fe-S metabolism associated SufE  34.33 
 
 
139 aa  91.7  3e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00125991  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4099  Fe-S metabolism associated SufE  32.82 
 
 
135 aa  91.7  4e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2747  cysteine desufuration protein SufE  38.66 
 
 
138 aa  91.7  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00745111  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1404  Fe-S metabolism associated SufE  36.97 
 
 
140 aa  90.9  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.803619 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2223  Fe-S metabolism associated SufE  37.69 
 
 
142 aa  90.5  7e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.416471  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1472  cysteine desulfuration protein SufE  37.98 
 
 
140 aa  89.7  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3084  Fe-S metabolism associated SufE  37.88 
 
 
150 aa  89.7  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0119204 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1885  Fe-S metabolism associated SufE  35.71 
 
 
136 aa  88.6  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0116695  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3070  Fe-S metabolism associated SufE  37.93 
 
 
142 aa  89  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.424531 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2184  cysteine desufuration protein SufE  38.76 
 
 
137 aa  88.6  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000219554  hitchhiker  0.00000283333 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1777  Fe-S metabolism associated SufE  35.77 
 
 
164 aa  87.8  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0862185  normal  0.039925 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01363  Cysteine desulfurase SufE subunit  35.94 
 
 
136 aa  87.8  5e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.837457  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1762  SufS subfamily cysteine desulfurase  40.52 
 
 
572 aa  87.8  5e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3517  Fe-S metabolism associated SufE  38.66 
 
 
142 aa  87.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0960536  normal  0.75307 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2685  Fe-S metabolism associated SufE  37.39 
 
 
141 aa  87.4  6e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3036  Fe-S metabolism associated SufE  35.88 
 
 
147 aa  87.4  6e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.011002 
 
 
-
 
NC_004310  BR0574  hypothetical protein  36.52 
 
 
141 aa  87.4  7e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.594133  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0575  hypothetical protein  36.52 
 
 
141 aa  87.4  7e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0424  cysteine desulfuration protein SufE  37.1 
 
 
135 aa  86.3  1e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.617411  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1641  Fe-S metabolism associated SufE  35.82 
 
 
141 aa  86.3  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.234613  normal  0.31626 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1746  cysteine desufuration protein SufE  36.97 
 
 
140 aa  86.7  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133663  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1471  cysteine desufuration protein SufE  37.72 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00486624  normal  0.0737338 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1973  SufE protein  33.58 
 
 
142 aa  85.9  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1506  cysteine desufuration protein SufE  37.72 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000138977 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1942  Fe-S metabolism associated SufE  37.19 
 
 
143 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0211559  normal  0.278491 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1852  cysteine desufuration protein SufE  38.39 
 
 
140 aa  85.5  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000534736  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1797  cysteine desufuration protein SufE  37.72 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000335199  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0681  Fe-S metabolism associated SufE  33.58 
 
 
142 aa  85.9  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1487  cysteine desufuration protein SufE  37.72 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0255513  hitchhiker  0.000000000108827 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1968  cysteine desufuration protein SufE  37.72 
 
 
138 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0109106  hitchhiker  0.0000000878422 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2589  cysteine desufuration protein SufE  38.39 
 
 
140 aa  85.5  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.403656  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0461  cysteine desufuration protein SufE  36.52 
 
 
144 aa  85.1  3e-16  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.197192  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0974  sufE protein  33.59 
 
 
141 aa  85.1  3e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0228427  normal  0.828222 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1176  Fe-S metabolism associated SufE  31.58 
 
 
141 aa  85.1  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5927  hypothetical protein  33.82 
 
 
151 aa  85.1  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>